salmonでのtranscriptへのmappingについて

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14:45-15:45　NGSデータ検索（NCBI SRA、ENA、DDBJ、AOEなど） ……仲里 猛留さん（DBCLS）のPDF資料を拝見させていただきました。

AJACS83では説明されていなかったのですが、transcriptへのmappingでのコマンドで、--validateMappingsのコマンドはどういった作用をもたらすのでしょうか。絶対に必要なのでしょうか？
私の環境で行ったときは、--validateMappingsをしなくてもquant.sfファイルが出力ができたので伺いました。

よろしくお願い致します。

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お返事遅くなりましてすみません。
公式のドキュメント https://salmon.readthedocs.io/en/latest/salmon.html を見ると「マッピングの感度と特異性の両方が向上し、その結果、定量精度が向上します。」とあります。また、他のオプションと組み合わせることでさらに感度・精度の向上を試みることもできるようです。
必須か必須でないかというと必須ではないですが、公式見解としては入れるのをオススメしている、というところでしょうか。
えてしてこういうオプションは（今回は実際に試していないですが）精度を上げると時間がかかるので、精度重視かスピード重視かによるかとも思います。実際の解析データの質や量にも依存するので、これを入れたから劇的に精度が上がるかというとそうでもない場合もあるかとは思います。
（なかざと）

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ありがとうございます。
参考にさせていただきます。