「genome-asia.ucsc.edu からの応答時間が長すぎます。」と表示されます
運悪く、いま、UCSCゲノムブラウザのAsiaのミラーサイトが落ちているようです。 http://genome.ucsc.edu/ あるいは、http://genome-euro.ucsc.edu/ で読み替えて、ご利用ください。
(後日再開していることを確認しました)
坊農先生のお話と実習の速度が速すぎて、全くついていけません。ゲノムブラウザのお話も、同じことをしたつもりでも、違うサイトに飛んでしまい、全くついていけない状態が続いています。
もう少し、スピードダウンして頂くことは可能でしょうか？
時間の都合もあり申し訳ありません。YouTube経由でご覧になっていれば一時停止や、歯車マークから再生速度が変えられます。
また、この講義は、後日、統合TVにて公開予定です。統合TVの動画では、再生速度の調整も可能ですし、何回も見返すことができますので、合わせてご利用いただければと思います。
アノテーションとキュレーションの違いは何でしょうか。
文脈によりますが、プログラムで処理して意味（ここが遺伝子です。この遺伝子の機能はこれです、など）を付与するのがアノテーションで、 その結果を踏まえて人手でチェックして修正したものがキュレーションです。
（自動アノテーション、マニュアルキュレーションといった使い方をします）
5'側と３’側の並びが逆かどうかはどうしたらわかりますか？
ゲノムブラウザであれば、遺伝子の向きに→→→や←←←のように書いてあるので、それが遺伝子の向きです。
エキソンの配列だけ見たい場合はどのように表示させればよいでしょうか。
また、詳細に塩基配列が見たいときはどのようにしたら良いのでしょうか。
UCSC Genome Browserですと画面の上のZoom in部分のボタンの中にbaseがあるのでこれを押すと、塩基配列が見える解像度で表示されます。
UCSCとEnsemblの使い分けはありますか？ 一般的なモデル動物ならUCSCでOKでしょうか？
UCSCとEnsemblの使い分けは、一般的なモデル生物が対象であれば、使いやすさや好き嫌いで決めても良いと思います(私見)。
両方使ってみて、データの共通点や違いが見えてくると思いますので、利用しやすい方を使われるとよいとおもいます。
ゲノムブラウザ上で、アミノ酸配列データにたどり着くには、どの方法が簡単でしょうか？（直接のリンクはあるのですか？）
Humanの場合、初期状態の表示で上部にあるGENCODEのデータをクリックすると個別の遺伝子の"Description and Page Index"が表示されます。続いて、"Sequence and Links to Tools and Databases"の"Protein"のリンクをクリックするとアミノ酸配列データにたどり着きます。 以下、ACE2の例です。
blastnのDBで、nr/ntには、ESTのデータやNGSのデータは含まれていない、という理解でよろしいでしょうか？（結局、どこまでの情報が入っているんだろうか・・とわからなくなることが多いです）
BLASTのページ でデータベースのnr/ntと書いてある右の ? をクリックすると詳しい説明が見られます。 GenBank+PDB+RefSeqで ESTなどは入っていません。
blastnで混合塩基を高い割合で含む短い配列（例えば、16塩基中に混合塩基が半数の配列）をQueryとして用いることはできますか。最適な設定はありますか。
blastは、20塩基以下のような短い配列だとqueryとして受け付けてくれないとおもいます。目的にもよりますが、短い配列は講義でも紹介のあったBLATを使うことが多いです。
NCBIのサイトを使えば基本的になんでもできるという考えでいいのでしょうか？
基本的には何でもできる気もしないではないですが、もっと便利なもの、かゆいところに手が届くものもたくさんあるかとは思います。手前味噌ですが、統合TVで検索するとヒントが得られるかもしれません。
バイオインフォマティクスをするにあたって、windows PCは都合が悪いのでしょうか。先ほど坊農先生の本の目次にMacを買うという項目を見かけたので質問します。
たとえばNGS解析をやろうとすると、ソフトを入れる前にWindowsの場合はCygwinを入れて、などなど障壁が高かったのですが、最近はWindowsでもLinuxベースの環境が作りやすくなったので、以前ほどMacでないといけないことはなくなった気はします。
バイオインフォマティクスを始めて、データベースを活用しながら自分の持っている菌株の特徴や遺伝子発現を他種と比較しようと思うとどんなロードマップになるでしょうか。Unixコードなどの知識必須でしょうか？
NGSデータから新たな知識を導出するためのデータ解析リテラシー @ AJACS浜松 でデータ解析の基礎とデータ解析プロセスをどう設計・実践していくかの技術を学べます。
UCSCのデータには植物の情報はないのでしょうか？
本家ではなさそうですが、同じシステムで他がメンテナンスしているところはあります。
参考：http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Other_genome_browsers
ゲノム同士の比較をしたい場合はどのようなツールがありますか？
NGSデータを活用して「比較ゲノム」を行うための流れについて、調べ方のヒントになるtogo TV番組等ございましたら教えて頂きたいです。
NGSデータ解析については、NGSハンズオン講習会の一連の動画が参考になるとおもいます。
https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=handson&page=1&query=NGS