diff --git a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html index c7572b07..1e6b67f7 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/cyto_dl_base_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html index 4ff34521..e954bb7d 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/cyto_dl_model/segmentation_plugin_model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/api/data.html b/_modules/cyto_dl/api/data.html index 6b1dd856..ba21e6f6 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/data.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/data.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • @@ -434,7 +436,8 @@

    Source code for cyto_dl.api.data

         INSTANCE_SEG = "instance_seg"
     LABEL_FREE = "labelfree"
     SEGMENTATION_PLUGIN = "segmentation_plugin"
-    SEGMENTATION = "segmentation"
    + SEGMENTATION = "segmentation" + SEGMENTATION_ARRAY = "segmentation_array"
    [docs]class HardwareType(Enum): diff --git a/_modules/cyto_dl/api/model.html b/_modules/cyto_dl/api/model.html index 9bb96fe9..7977d553 100644 --- a/_modules/cyto_dl/api/model.html +++ b/_modules/cyto_dl/api/model.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • @@ -524,19 +526,19 @@

    Source code for cyto_dl.api.model

         async def _predict_async(self):
         return evaluate(self.cfg)
 
-
    [docs]    def train(self, run_async=False):
+
    [docs]    def train(self, run_async=False, data=None):
         if self.cfg is None:
             raise ValueError("Configuration must be loaded before training!")
         if run_async:
             return self._train_async()
-        return train_model(self.cfg)
    
+        return train_model(self.cfg, data)
    
 
-
    [docs]    def predict(self, run_async=False):
+
    [docs]    def predict(self, run_async=False, data=None):
         if self.cfg is None:
             raise ValueError("Configuration must be loaded before predicting!")
         if run_async:
             return self._predict_async()
-        return evaluate(self.cfg)
    
+        return evaluate(self.cfg, data)
    diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html index 64c77a45..b3016613 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/csv_saver.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html index 532a69f1..bb2dcbb0 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/image_saver.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html index 8786cf70..6fd626f7 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/layer_freeze.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html index 094368ec..3253c3b2 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/model_utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html b/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html index 10050f86..7158693c 100644 --- a/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html +++ b/_modules/cyto_dl/callbacks/outlier_detection.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html index de42124c..a16db171 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/readers.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html index 7f5bd070..4e6d3965 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/filter.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html index 304a3284..82c66077 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/group_cols.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html index 8cf49839..f50aeaf2 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/misc.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html index d8bc9698..d478016e 100644 --- a/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html +++ b/_modules/cyto_dl/dataframe/transforms/split.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html new file mode 100644 index 00000000..6b3dea9a --- /dev/null +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/array.html @@ -0,0 +1,512 @@ + + + + + + + + cyto_dl.datamodules.array - cyto-dl 0.1.8 documentation + + + + + + + + + + + + + + + + Contents + + + + + + Menu + + + + + + + + Expand + + + + + + Light mode + + + + + + + + + + + + + + Dark mode + + + + + + + Auto light/dark mode + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
    +
    +
    + +
    +
    +
    cyto-dl 0.1.8 documentation
     +
    +
    +
    + +
    + +
    +
    + +
    +
    +
    + + + + + Back to top + +
    +
    + +
    + +
    +
    +

    Source code for cyto_dl.datamodules.array

    +from typing import Callable, Dict, List, Sequence, Union
+
+import numpy as np
+from monai.data import DataLoader, Dataset
+from monai.transforms import Compose
+from omegaconf import ListConfig, OmegaConf
+
+
+
    [docs]def make_array_dataloader(
+    data: Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]]],
+    transforms: Union[Sequence[Callable], Callable],
+    source_key: str = "input",
+    **dataloader_kwargs,
+):
+    """Create a dataloader from a an array dataset.
+
+    Parameters
+    ----------
+    data:  Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]],
+        If a numpy array (prediction only), the dataloader will be created with a single source_key.
+        If a list each element must be a numpy array (for prediction) or a dictionary containing numpy array values (for training).
+
+    transforms: Union[Sequence[Callable], Callable],
+        Transforms to apply to each sample
+
+    dataloader_kwargs:
+        Additional keyword arguments are passed to the
+        torch.utils.data.DataLoader class when instantiating it (aside from
+        `shuffle` which is only used for the train dataloader).
+        Among these args are `num_workers`, `batch_size`, `shuffle`, etc.
+        See the PyTorch docs for more info on these args:
+        https://pytorch.org/docs/stable/data.html#torch.utils.data.DataLoader
+    """
+    if isinstance(transforms, (list, tuple, ListConfig)):
+        transforms = Compose(transforms)
+    data = OmegaConf.to_object(data)
+    if isinstance(data, (list, tuple, ListConfig)):
+        data = [{source_key: d} if isinstance(d, np.ndarray) else d for d in data]
+    elif isinstance(data, np.ndarray):
+        data = [{source_key: data}]
+    else:
+        raise ValueError(
+            f"Invalid data type: {type(data)}. Data must be a numpy array or list of numpy arrays."
+        )
+
+    dataset = Dataset(data, transform=transforms)
+
+    return DataLoader(dataset, **dataloader_kwargs)
    
+
    +
    +
    +
    + +
    + + +
    +
    +
    +
    + Copyright © 2023 +
    + Made with Sphinx and @pradyunsg's + + Furo + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + +
    +
    + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html index 09afa948..4fd8cb65 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/data_dict.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html index 5da1ddc9..9608d39b 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/dataframe_datamodule.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html index 58abe4d7..b9142520 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/grouped_dataframe_datamodule.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html index 45373e0b..1340e557 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/dataframe/utils.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html index 55de574a..520f328e 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/folder.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html index 84b07239..f758fc16 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/multidim_image.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html b/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html index db777fd8..f96a146f 100644 --- a/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html +++ b/_modules/cyto_dl/datamodules/smartcache.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • diff --git a/_modules/cyto_dl/eval.html b/_modules/cyto_dl/eval.html index eae3d946..37672bcc 100644 --- a/_modules/cyto_dl/eval.html +++ b/_modules/cyto_dl/eval.html @@ -199,6 +199,7 @@
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • +
  • cyto_dl.datamodules.array module
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
  • cyto_dl.datamodules.folder module
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • @@ -372,6 +373,7 @@
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • +
  • cyto_dl.utils.array module
  • cyto_dl.utils.config module
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • @@ -430,8 +432,9 @@

    Source code for cyto_dl.eval

     import hydra
 from lightning import Callback, LightningDataModule, LightningModule, Trainer
 from lightning.pytorch.loggers import Logger
+from monai.data import DataLoader as MonaiDataLoader
 from omegaconf import DictConfig, ListConfig, OmegaConf
-from torch.utils.data import DataLoader
+from torch.utils.data import DataLoader as TorchDataLoader
 
 from cyto_dl import utils
 
@@ -443,7 +446,7 @@ 
    Source code for cyto_dl.eval
     
 
 @utils.task_wrapper
-def evaluate(cfg: DictConfig) -> Tuple[dict, dict, dict]:
+def evaluate(cfg: DictConfig, data=None) -> Tuple[dict, dict, dict]:
     """Evaluates given checkpoint on a datamodule testset.
 
     This method is wrapped in optional @task_wrapper decorator which applies extra utilities
@@ -464,9 +467,8 @@ 
    Source code for cyto_dl.eval
     
     # remove aux section after resolving and before instantiating
     utils.remove_aux_key(cfg)
-
-    data = hydra.utils.instantiate(cfg.data)
-    if not isinstance(data, (LightningDataModule, DataLoader)):
+    data = utils.create_dataloader(cfg.data, data)
+    if not isinstance(data, (LightningDataModule, TorchDataLoader, MonaiDataLoader)):
         if isinstance(data, MutableMapping) and not data.dataloaders:
             raise ValueError(
                 "If the `data` config for eval/prediction is a dict it must have a "
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
index aef983e8..35937bdc 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/aicsimage_loader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html
index 64e451b4..902b0fb0 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/monai_bio_reader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html
index d82630d3..2e512cc2 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/numpy_reader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html
index 6656eae9..42d6cd51 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/ome_zarr_reader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html
index 0ae92def..1e2c8602 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/polygon_loader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html b/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html
index f335237d..84950c19 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/io/skimage_reader.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html
index c4568f94..de17ebfb 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/add_meta.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html
index b815ead2..76572545 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/bright_sampler.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html
index 7b3cfba9..05792df2 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/clip.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html
index ab3f61ec..280e75fd 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/contrastadjust.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html
index fd5dd91b..d622b07b 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/merge.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html
index 3cb4e5c3..3152a16d 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/multiscale_cropper.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html
index cb3ffbf4..3871fea6 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/pad.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html
index b10dd29b..33e6bc85 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/project.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html
index 6a754287..361ed8e8 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/save.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html b/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html
index bd0c5ed1..18b4996d 100644
--- a/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html
+++ b/_modules/cyto_dl/image/transforms/track_transforms.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html b/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html
index ae3e2af6..9c68352c 100644
--- a/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html
+++ b/_modules/cyto_dl/loggers/mlflow.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/base_model.html b/_modules/cyto_dl/models/base_model.html
index 8105137f..852cf18a 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/base_model.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/base_model.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html b/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html
index 306a442f..e64e0212 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/basic_model.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html b/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html
index a129a769..ec743d09 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/classification/classification.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html b/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html
index 5bcd2097..81855c28 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/classification/timepoint_classification.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html b/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html
index d574885e..1dc92797 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/contrastive/contrastive.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html
index 1247824f..6e179b0a 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/gan.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html
index 0bc7f98a..59f44ca7 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/multi_task.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html
index afabcfb0..580458f9 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/instance_seg.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html
index e88728b4..5e804bf1 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/noise_annealer.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html
index cbcdeefb..277761b3 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/act_thresh_label.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html
index 946f6d03..f03606a4 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/auto_thresh.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html
index 01d92c48..d8325555 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/im2im/utils/postprocessing/dict_to_im.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html b/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html
index 47391a87..72a1e6d0 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/utils/mlflow.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html b/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html
index 45b7e3de..416f39bb 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/utils/utils.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html
index a2ebbd45..2a25c572 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/base_vae.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html
index 8d2bcd39..e3451886 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/abstract_prior.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html
index 0d9db4aa..47ee3097 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/gaussian.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html
index 0bc244da..be3e965e 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/identity_prior.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html
index 4ccfc07a..880e876d 100644
--- a/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html
+++ b/_modules/cyto_dl/models/vae/priors/joint_prior.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html
index 6388f4fc..a39a3681 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/multi_scale_discriminator.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html
index 8330957f..6050ce51 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/discriminators/n_layer_discriminator.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html
index a95878af..f1ef51cb 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/base_head.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html
index 58f75825..f3a5a26c 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html
index c0deec7d..b94bf128 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/gan_head_superres.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html
index 52d6aaa6..0ba328e6 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/mae_head.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html
index 8971e318..14f82ef4 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/mask_head.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html
index 8a095b0c..d7392631 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/res_blocks_head.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html b/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html
index d33ea9b9..178c7a83 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/head/vic_reg.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html b/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html
index 8afd96ce..824e87c7 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/hr_skip.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html
index 884d7bd4..d810f1e7 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/adversarial_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html
index 0796f804..95427c89 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/chamfer_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html
index 45da8ec0..d5cbab2d 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/continuous_bernoulli.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html
index 68771276..96d3c66a 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/cosine_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html
index aa940e78..2744ad02 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gan_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html
index fc1134ee..6faf6eff 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/gaussian_nll_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html
index 86e95119..addd1fa5 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/loss_wrapper.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html
index 0fc36f61..dc63fc54 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/threshold_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html
index 88ec3b7d..b2b10d00 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/vic_reg.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html
index 7d848e34..63b2caf0 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weibull.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html
index 44f893ce..708e25a4 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/losses/weighted_mse_loss.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html b/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html
index ec670a26..f482e51f 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/mlp.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html b/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html
index 973d3dd3..3aed7d86 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/res_unit.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html b/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html
index d429f559..6df27147 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/spatial_transformer.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html b/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html
index 1c35306e..86ed66c8 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/track_sequence_predictor.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html
index ab6e78d7..b60c5956 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/cross_attention.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html
index 6b28b629..cda7aace 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/intermediate_weigher.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html
index 11b5b767..5bb388c5 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/blocks/patchify.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html
index 52ee0f30..c70da02f 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/cross_mae.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html
index 304d5ce4..69b6fbb9 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/mae.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html
index d35543d3..bdcc46ff 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/seg.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html b/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html
index 886d8d89..51e3c0ee 100644
--- a/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html
+++ b/_modules/cyto_dl/nn/vits/utils.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/train.html b/_modules/cyto_dl/train.html
index 83733494..38013d47 100644
--- a/_modules/cyto_dl/train.html
+++ b/_modules/cyto_dl/train.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -447,7 +449,7 @@ 
    Source code for cyto_dl.train
     
 
 @utils.task_wrapper
-def train(cfg: DictConfig) -> Tuple[dict, dict]:
+def train(cfg: DictConfig, data=None) -> Tuple[dict, dict]:
     """Trains the model. Can additionally evaluate on a testset, using best weights obtained during
     training.
 
@@ -481,7 +483,7 @@ 
    Source code for cyto_dl.train
         utils.remove_aux_key(cfg)
 
     log.info(f"Instantiating data <{cfg.data.get('_target_', cfg.data)}>")
-    data = hydra.utils.instantiate(cfg.data)
+    data = utils.create_dataloader(cfg.data, data)
     if not isinstance(data, LightningDataModule):
         if not isinstance(data, MutableMapping) or "train_dataloaders" not in data:
             raise ValueError(
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/array.html b/_modules/cyto_dl/utils/array.html
new file mode 100644
index 00000000..c57211a5
--- /dev/null
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/array.html
@@ -0,0 +1,506 @@
+
+
+  
+    
+    
+
+    
+        cyto_dl.utils.array - cyto-dl 0.1.8 documentation
+      
+    
+    
+    
+    
+
+
+
+  
+    
+    
+    
+
+
+  
+    Contents
+    
+      
+    
+  
+  
+    Menu
+    
+      
+      
+      
+    
+  
+  
+    Expand
+    
+      
+    
+  
+  
+    Light mode
+    
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+    
+  
+  
+    Dark mode
+    
+      
+      
+    
+  
+  
+    Auto light/dark mode
+    
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+    
+  
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
    
+  
    
+    
    
+      
+    
    
+    
    
+      
    cyto-dl 0.1.8 documentation
    
+    
    
+    
    
+      
    
+        
+      
    
+      
+    
    
+  
    
+  
+  
    
+    
    
+      
    
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+        
    
+        
    
+          
    Source code for cyto_dl.utils.array
    +import hydra
+import numpy as np
+from omegaconf import OmegaConf
+
+
+
    [docs]def create_dataloader(data_cfg, data=None):
+    """Create a dataloader from a data config and optional data."""
+    data_cfg = OmegaConf.to_object(data_cfg)
+    if data is not None:
+        # inference, using make_array_dataloader
+        if "data" in data_cfg:
+            data_cfg["data"] = data
+        # training, has train_dataloaders/val_dataloaders
+        for split in ("train", "val", "test"):
+            if f"{split}_dataloaders" in data_cfg:
+                data_cfg[f"{split}_dataloaders"]["data"] = data[split]
+
+    # Instantiate the dataloader with the dataset
+    dataloader = hydra.utils.instantiate(data_cfg)
+
+    return dataloader
    
+
+
+
    [docs]def extract_array_predictions(output, task_heads=None):
+    """Converts output from model.predict() to a dictionary of numpy arrays per head."""
+    predictions = {}
+    for batch_pred in output:
+        # ignore io_map
+        _, batch_pred = batch_pred
+        # if no task_heads are provided, use all
+        if task_heads is None:
+            task_heads = list(batch_pred.keys())
+        # combine all predictions per-head
+        for head in task_heads:
+            if head not in predictions:
+                predictions[head] = []
+            predictions[head] += batch_pred[head]["pred"]
+    # stack head predictions into numpy array
+    for head, pred in predictions.items():
+        predictions[head] = np.stack(pred)
+
+    return predictions
    
+
    
+        
    
+      
    
+      
    
+        
+        
    
+          
+          
+        
    
+        
    
+          
    
+            
    
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+            
    
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+            
+            Furo
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+          
    
+          
    
+            
+          
    
+        
    
+        
+      
    
+    
    
+    
+  
    
+
    
+    
+    
+    
+    
+
\ No newline at end of file
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/config.html b/_modules/cyto_dl/utils/config.html
index e77e5d7e..646d0050 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/config.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/config.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html b/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html
index f815749e..26c7b047 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/download_test_data.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html b/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html
index 3051a2db..e386ff23 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/dummy_dataset.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html b/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html
index eb5474e7..a5352446 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/pylogger.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html b/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html
index afa1736c..db37e47d 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/rich_utils.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html b/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html
index a83c8aba..36bccc28 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/rotation.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html b/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html
index 5dbea910..7e37d2aa 100644
--- a/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html
+++ b/_modules/cyto_dl/utils/template_utils.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -428,13 +430,13 @@ 
    Source code for cyto_dl.utils.template_utils
    import warnings
 from importlib.util import find_spec
 from pathlib import Path
-from typing import Any, Callable, Dict, List
+from typing import Any, Callable, List
 
 import hydra
 from lightning import Callback
 from lightning.pytorch.loggers import Logger
 from lightning.pytorch.utilities import rank_zero_only
-from omegaconf import DictConfig, OmegaConf
+from omegaconf import DictConfig
 
 from cyto_dl.loggers import MLFlowLogger
 
@@ -467,14 +469,14 @@ 
    Source code for cyto_dl.utils.template_utils
        - Logging the output dir
     """
 
-    def wrap(cfg: DictConfig):
+    def wrap(cfg: DictConfig, data: Any = None):
         # apply extra utilities
         extras(cfg)
 
         # execute the task
         try:
             start_time = time.time()
-            out = task_func(cfg=cfg)
+            out = task_func(cfg=cfg, data=data)
         except Exception as ex:
             log.exception("")  # save exception to `.log` file
             raise ex
diff --git a/_modules/index.html b/_modules/index.html
index 89b9b5d4..5b13aa2b 100644
--- a/_modules/index.html
+++ b/_modules/index.html
@@ -199,6 +199,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -372,6 +373,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -436,6 +438,7 @@ 
    All modules for which code is available
    
 
  • cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols
    • 
 
  • cyto_dl.dataframe.transforms.misc
    • 
 
  • cyto_dl.dataframe.transforms.split
    • 
+
  • cyto_dl.datamodules.array
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule
    • 
@@ -513,6 +516,7 @@ 
    All modules for which code is available
    
 
  • cyto_dl.nn.vits.seg
    • 
 
  • cyto_dl.nn.vits.utils
    • 
 
  • cyto_dl.train
    • 
+
  • cyto_dl.utils.array
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset
    • 
diff --git a/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt b/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt
new file mode 100644
index 00000000..da00d654
--- /dev/null
+++ b/_sources/cyto_dl.datamodules.array.rst.txt
@@ -0,0 +1,7 @@
+cyto\_dl.datamodules.array module
+=================================
+
+.. automodule:: cyto_dl.datamodules.array
+   :members:
+   :undoc-members:
+   :show-inheritance:
diff --git a/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt b/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt
index 90e6f4d7..4003387d 100644
--- a/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt
+++ b/_sources/cyto_dl.datamodules.rst.txt
@@ -20,6 +20,7 @@ Submodules
 .. toctree::
    :maxdepth: 4
 
+   cyto_dl.datamodules.array
    cyto_dl.datamodules.data_dict
    cyto_dl.datamodules.folder
    cyto_dl.datamodules.multidim_image
diff --git a/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt b/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt
new file mode 100644
index 00000000..0992458f
--- /dev/null
+++ b/_sources/cyto_dl.utils.array.rst.txt
@@ -0,0 +1,7 @@
+cyto\_dl.utils.array module
+===========================
+
+.. automodule:: cyto_dl.utils.array
+   :members:
+   :undoc-members:
+   :show-inheritance:
diff --git a/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt b/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt
index a99db12c..86130a41 100644
--- a/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt
+++ b/_sources/cyto_dl.utils.rst.txt
@@ -20,6 +20,7 @@ Submodules
 .. toctree::
    :maxdepth: 4
 
+   cyto_dl.utils.array
    cyto_dl.utils.config
    cyto_dl.utils.download_test_data
    cyto_dl.utils.dummy_dataset
diff --git a/api.html b/api.html
index 6a66591b..3eba7bc5 100644
--- a/api.html
+++ b/api.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html
index 46a483db..f26697ca 100644
--- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html
+++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.cyto_dl_base_model.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html
index ffbf30a9..6e437e14 100644
--- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html
+++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html
index c088dcb4..02cb8f56 100644
--- a/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html
+++ b/cyto_dl.api.cyto_dl_model.segmentation_plugin_model.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.api.data.html b/cyto_dl.api.data.html
index 73500793..51440c12 100644
--- a/cyto_dl.api.data.html
+++ b/cyto_dl.api.data.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -512,6 +514,11 @@
 SEGMENTATION = 'segmentation'#
 
    
 
+
    
+
    
+SEGMENTATION_ARRAY = 'segmentation_array'#
    
+
    
+
 
    
 
    
 SEGMENTATION_PLUGIN = 'segmentation_plugin'#
    
@@ -635,6 +642,7 @@
 
  • ExperimentType.INSTANCE_SEG
    • 
 
  • ExperimentType.LABEL_FREE
    • 
 
  • ExperimentType.SEGMENTATION
    • 
+
  • ExperimentType.SEGMENTATION_ARRAY
    • 
 
  • ExperimentType.SEGMENTATION_PLUGIN
    • 
 
 
diff --git a/cyto_dl.api.html b/cyto_dl.api.html
index a47deb60..f1a882d7 100644
--- a/cyto_dl.api.html
+++ b/cyto_dl.api.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -470,6 +472,7 @@ 
    SubmodulesExperimentType.INSTANCE_SEG
 
  • ExperimentType.LABEL_FREE
    • 
 
  • ExperimentType.SEGMENTATION
    • 
+
  • ExperimentType.SEGMENTATION_ARRAY
    • 
 
  • ExperimentType.SEGMENTATION_PLUGIN
    • 
 
 
diff --git a/cyto_dl.api.model.html b/cyto_dl.api.model.html
index 4c983d2d..0829b733 100644
--- a/cyto_dl.api.model.html
+++ b/cyto_dl.api.model.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -460,7 +462,7 @@
 
 
    
 
    
-predict(run_async=False)[source]#
    
+predict(run_async=False, data=None)[source]#
 
    
 
 
    
@@ -481,7 +483,7 @@
 
 
    
 
    
-train(run_async=False)[source]#
    
+train(run_async=False, data=None)[source]#
 
    
 
 
    
diff --git a/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html b/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html
index b7cf4a3e..9ea99c86 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.callback_utils.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html b/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html
index 9f63e52d..1f424c9e 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.csv_saver.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.html b/cyto_dl.callbacks.html
index e9dcfb47..fbfa3fbb 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.image_saver.html b/cyto_dl.callbacks.image_saver.html
index bc12d8b8..20980638 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.image_saver.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.image_saver.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html b/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html
index 6c5a6838..03fea59f 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.latent_walk.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html b/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html
index 64f822c3..baf34cf9 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.layer_freeze.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.model_utils.html b/cyto_dl.callbacks.model_utils.html
index 0b9e9ee4..391c081e 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.model_utils.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.model_utils.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html b/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html
index d99c7bf0..e707a034 100644
--- a/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html
+++ b/cyto_dl.callbacks.outlier_detection.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.compile.html b/cyto_dl.compile.html
index 77eeb646..ef250487 100644
--- a/cyto_dl.compile.html
+++ b/cyto_dl.compile.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.html b/cyto_dl.dataframe.html
index 10052b3a..5e54430e 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.readers.html b/cyto_dl.dataframe.readers.html
index 3f0589fb..ffba5547 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.readers.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.readers.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html
index 62ba35cf..df2c8021 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.filter.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html
index 73957faa..d48c3d72 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -427,7 +429,7 @@
 
    cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols module#
    
 
    
 
    
-class cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.GroupCols(groups: Dict[str, str | Dict | None], dtypes: Dict[str, str | dtype | type | None] | None = None)[source]#
    
+class cyto_dl.dataframe.transforms.group_cols.GroupCols(groups: Dict[str, str | Dict | None], dtypes: Dict[str, dtype | type | str | None] | None = None)[source]#
 
    Bases: Transform
    
 
    
 
    Parameters:
    
diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.html
index 891e708a..a9448bf9 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.transforms.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html
index 8c90e966..8bd578a9 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.misc.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html b/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html
index ef346fc4..d9c38879 100644
--- a/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html
+++ b/cyto_dl.dataframe.transforms.split.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.datamodules.array.html b/cyto_dl.datamodules.array.html
new file mode 100644
index 00000000..f3a4a04e
--- /dev/null
+++ b/cyto_dl.datamodules.array.html
@@ -0,0 +1,526 @@
+
+
+  
+    
+    
+
+
+    
+        cyto_dl.datamodules.array module - cyto-dl 0.1.8 documentation
+      
+    
+    
+    
+    
+
+
+
+  
+    
+    
+    
+
+
+  
+    Contents
+    
+      
+    
+  
+  
+    Menu
+    
+      
+      
+      
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+  
+  
+    Expand
+    
+      
+    
+  
+  
+    Light mode
+    
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+    
+  
+  
+    Dark mode
+    
+      
+      
+    
+  
+  
+    Auto light/dark mode
+    
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+      
+    
+  
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
    
+  
    
+    
    
+      
+    
    
+    
    
+      
    cyto-dl 0.1.8 documentation
    
+    
    
+    
    
+      
    
+        
+      
    
+      
+    
    
+  
    
+  
+  
    
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+        
    
+        
    
+          
    
+
    cyto_dl.datamodules.array module#
    
+
    
+
    
+cyto_dl.datamodules.array.make_array_dataloader(data: ndarray | List[ndarray] | List[Dict[str, ndarray]], transforms: Sequence[Callable] | Callable, source_key: str = 'input', **dataloader_kwargs)[source]#
    
+
    Create a dataloader from a an array dataset.
    
+
    
+
    Parameters:
    
+
      
+
    • data (Union[np.ndarray, List[np.ndarray], List[Dict[str, np.ndarray]],) – If a numpy array (prediction only), the dataloader will be created with a single source_key.
+If a list each element must be a numpy array (for prediction) or a dictionary containing numpy array values (for training).
      • 
+
    • transforms (Union[Sequence[Callable], Callable],) – Transforms to apply to each sample
      • 
+
    • dataloader_kwargs – Additional keyword arguments are passed to the
+torch.utils.data.DataLoader class when instantiating it (aside from
+shuffle which is only used for the train dataloader).
+Among these args are num_workers, batch_size, shuffle, etc.
+See the PyTorch docs for more info on these args:
+https://pytorch.org/docs/stable/data.html#torch.utils.data.DataLoader
      • 
+
    
+
    
+
    
+
    
+
+
    
+
+        
    
+      
    
+      
+    
    
+    
+  
    
+
    
+    
+    
+    
+    
+
\ No newline at end of file
diff --git a/cyto_dl.datamodules.data_dict.html b/cyto_dl.datamodules.data_dict.html
index 7c51fdb1..914ef7dc 100644
--- a/cyto_dl.datamodules.data_dict.html
+++ b/cyto_dl.datamodules.data_dict.html
@@ -3,7 +3,7 @@
   
     
     
-
+
 
     
         cyto_dl.datamodules.data_dict module - cyto-dl 0.1.8 documentation
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -464,14 +466,14 @@
               
    
               
             
-          
+          
               
               
    
                 
    
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-                
    cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    
+                
    cyto_dl.datamodules.array module
    
                 
               
    
                 
diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html
index 08b4f716..9028b1c4 100644
--- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html
+++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.dataframe_datamodule.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html
index 50488920..a196d328 100644
--- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html
+++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.grouped_dataframe_datamodule.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.html
index 7ad5a86c..dea8ee53 100644
--- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.html
+++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.html
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
diff --git a/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html b/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html
index aa1ed9c3..38bdbfac 100644
--- a/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html
+++ b/cyto_dl.datamodules.dataframe.utils.html
@@ -3,7 +3,7 @@
   
     
     
-
+
 
     
         cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module - cyto-dl 0.1.8 documentation
@@ -200,6 +200,7 @@
 
  • cyto_dl.datamodules.dataframe.utils module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.datamodules.array module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.data_dict module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.folder module
    • 
 
  • cyto_dl.datamodules.multidim_image module
    • 
@@ -373,6 +374,7 @@
 
  • cyto_dl.utils.spharm.rotation module
    • 
 
 
+
  • cyto_dl.utils.array module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.config module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.download_test_data module
    • 
 
  • cyto_dl.utils.dummy_dataset module
    • 
@@ -487,12 +489,12 @@