任务挑战赛-【赛题解读】T4：Bio-OS流程规范扩展

[yifanchen90]

背景介绍

Bio-OS 作为一个开源开放的生信分析平台，兼容 GA4GH 的 WES\TES 协议，为生物信息学研究提供了一个强大生物信息科研工具体系。然而，目前 Bio-OS 平台仅支持 WDL 语言作为其流程规范语言，这在一定程度上限制了用户的使用。为了进一步扩展 Bio-OS 平台的功能，本次大赛的主题是基于 WES 扩展 Bio-OS 平台支持的流程规范语言，请从 CWL、Nextflow 和 Snakemake 选择1种或者多种进行实现。

任务介绍

本次生物信息开发大赛的任务是基于GA4GH提出的WES规范（https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas）设计并实现一个扩展方案，使 Bio-OS 平台能够支持多种流程规范语言。具体来说，参赛者需要完成以下任务：

1. 熟悉 Bio-OS 平台的架构和工作原理，掌握其工作流管理和调度等功能。
2. 了解 WES\TES 协议的基本原理和使用方法，掌握其与 Bio-OS 平台的集成方法。
3. 了解 CWL、Nextflow 和 Snakemake 等流程规范语言的基本语法和语义，掌握其常用的命令和参数。
4. 设计一个基于 WES 扩展 Bio-OS 平台支持的流程规范语言的方案，包括解析和转换流程规范语言、实现工作流管理和调度等功能。
5. 实现扩展方案，包括编写相关的代码和配置文件、测试和调试等。
6. 展示扩展后的 Bio-OS 平台的效果，包括使用新的流程规范语言提交工作流、监控和管理工作流等。

提交内容

请将以下提交内容发送到邮箱: [email protected]

1. 一个名称为"生信挑战-T4-队伍名称"的md或word文件
   （示例文档https://github.com/Bio-OS/bioos/blob/main/docs/static/%E6%96%B9%E6%A1%88%E8%AE%BE%E8%AE%A1%E6%A8%A1%E7%89%88.doc仅作为参考，非必须参照）

• 对整体流程规范扩展的方案设计介绍
• 扩展的工作流功能使用说明
• 包含一个视频链接（如上传到B站或其他网站，附上链接，如视频不大也可以直接发送邮箱）

2. 将源代码提交PR到https://github.com/Bio-OS/bioos中

评分标准

本次比赛的评分标准包括以下几个方面：

1. 难度基础分（权重10%）

• T1：Notebook插件可视化工具集成 --难度基础分6分
• T2：实现工作流运行任务监控 -- 难度基础分8分
• T3：命令行工具实现Bio-OS Notebook使用 -- 难度基础分8分
• T4：Bio-OS流程规范扩展 -- 难度基础分 10分

2. 方案设计：监控方案的合理性、完整性和可扩展性。（权重20%） （示例文档https://github.com/Bio-OS/bioos/blob/main/docs/static/%E6%96%B9%E6%A1%88%E8%AE%BE%E8%AE%A1%E6%A8%A1%E7%89%88.doc 仅作为参考，非必须参照）
3. Demo效果：DEMO效果展示，Demo视频中可尽量展示完整的操作及参数配置及结果生成。（权重20%）
4. 代码实现：通过提交的源代码进行code review，将从代码质量、可维护性、可读性多个维度进行评分。（权重30%）

• 代码质量：是否正确的实现了预期功能和需求，是否处理了预期的错误情况并提供了清晰地错误消息和处理方式，是否考虑可配置参数
• 可维护性：是否易于修改和维护，包括代码的模块化程度、复用性，是否易于扩展
• 可读性：代码是否易于阅读和理解，包括变量名、函数名、注释等命名是否清晰，代码结构是否合理

4. 文档编写（20%）

• 内容准确性：是否准确、完整、清晰的表达了所需信息
• 文档可读性：文档的结构是否合理，逻辑清晰，是否易于阅读和理解，是否使用了恰当的图表和图片等

[bytedance-oss-robot]

I think we can close this issue.

[bytedance-oss-robot]

@yifanchen90