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Bio- OS的部署文档,讲到Cromwell安装 那里,提到了两种安装方式。
第一种通过helm安装,之后测试示例的CramToBam流程 就无法通过,该流程需要cromwell调用docker,但Cromwell的容器中没有docker。
那好,然后更换第二种jar包安装。但文档中只给出了jar包的配置文件,另外一个非常重要的东西,bioos-storage-pvc需要另外手工配置,然而文档里没有说明!希望文档中,按我下面回复的意思,把这段补充完整吧!
bioos-storage-pvc
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
这里说一下手动部署 bioos-storage-pvc 的过程,亲测可行。
首先,撰写 bioos-storage-pvc.yaml 内容如下:
bioos-storage-pvc.yaml
apiVersion: v1 kind: PersistentVolumeClaim metadata: namespace: bioos name: bioos-storage-pvc spec: storageClassName: nfs-csi accessModes: - ReadWriteMany resources: requests: storage: 50Gi
然后,用下面的命令,启动pvc:
kubectl apply -f bioos-storage-pvc.yaml
等到pvc启动成功,用下面的代码看看 pvc:
kubectl get pvc -n bioos
之后,找到NAS上该pvc新生成的路径,将其挂载到工作节点上:
mkdir -p /nfs/bioos-storage mount -t nfs -o rw,soft ${NAS_IP}:${NFS_PATH}/bioos-storage/pvc-****** /nfs/bioos-storage
工作机挂载点 /nfs/bioos-storage对应的Cromwell配置文件application.conf中的文件存储路径。
/nfs/bioos-storage
application.conf
之后,再依据后面的说明,依次安装cromwell的jar包盒bio-os。
Sorry, something went wrong.
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Bio- OS的部署文档,讲到Cromwell安装 那里,提到了两种安装方式。
第一种通过helm安装,之后测试示例的CramToBam流程 就无法通过,该流程需要cromwell调用docker,但Cromwell的容器中没有docker。
那好,然后更换第二种jar包安装。但文档中只给出了jar包的配置文件,另外一个非常重要的东西,
bioos-storage-pvc
需要另外手工配置,然而文档里没有说明!希望文档中,按我下面回复的意思,把这段补充完整吧!The text was updated successfully, but these errors were encountered: