From eefa4f1c1e84d2671131cb44cc815da319685eef Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: adbartni <abartnik@bnac.net>
Date: Thu, 12 Oct 2023 13:23:56 -0400
Subject: [PATCH] Specify odk docker version

---
 seed-via-docker.sh                  |   2 +-
 src/ontology/make_uberon_imports.sh |   2 +-
 src/ontology/reports/edges.tsv      | 444 ++++++++++++++--------------
 src/ontology/reports/synonyms.tsv   |   6 +-
 src/ontology/run.bat                |   2 +-
 src/ontology/run.sh                 |   2 +-
 6 files changed, 229 insertions(+), 229 deletions(-)

diff --git a/seed-via-docker.sh b/seed-via-docker.sh
index 82accff..9bb1f8e 100755
--- a/seed-via-docker.sh
+++ b/seed-via-docker.sh
@@ -2,4 +2,4 @@
 
 set -e
 
-docker run -v $HOME/.gitconfig:/root/.gitconfig -v $PWD:/work -w /work --rm -ti obolibrary/odkfull /tools/odk.py seed "$@"
+docker run -v $HOME/.gitconfig:/root/.gitconfig -v $PWD:/work -w /work --rm -ti obolibrary/odkfull:v1.2.27 /tools/odk.py seed "$@"
diff --git a/src/ontology/make_uberon_imports.sh b/src/ontology/make_uberon_imports.sh
index 85d57d0..75af314 100755
--- a/src/ontology/make_uberon_imports.sh
+++ b/src/ontology/make_uberon_imports.sh
@@ -64,5 +64,5 @@ docker run \
     -v $PWD/../../:/work \
     -w /work/src/ontology \
     --rm -ti \
-    obolibrary/odkfull \
+    obolibrary/odkfull:v1.2.27 \
         bash -c "cp uberon_filtered.owl imports/uberon_import.owl"
diff --git a/src/ontology/reports/edges.tsv b/src/ontology/reports/edges.tsv
index 4bdd29b..4df23ea 100644
--- a/src/ontology/reports/edges.tsv
+++ b/src/ontology/reports/edges.tsv
@@ -1,253 +1,255 @@
 ?x	?p	?y
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000698>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013683>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002581>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000681>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000680>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0010225>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000663>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000601>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006445>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008885>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000704>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002688>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022716>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000625>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022352>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000702>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022534>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000683>	<http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002180>	<http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33375>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000667>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0003329>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000652>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000702>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000391>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000375>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000661>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000501>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0001897>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000389>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000423>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000728>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000293>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000511>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000704>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002766>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006094>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006088>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000386>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000367>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000625>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022438>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002688>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002624>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000698>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013684>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000656>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000293>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000511>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000692>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000503>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000514>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000738>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000663>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	_:B6fa465bfX2D996cX2D43d3X2D97a8X2Dc9814902fc57genid297
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002980>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000609>	<http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000051>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000613>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000698>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0009897>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000677>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000688>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000655>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008884>
 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002751>
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-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013683>
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+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0028715>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0008884>
 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000525>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0003327>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000703>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002943>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000625>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002771>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000702>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006093>
 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006446>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013683>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006114>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000614>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022352>
-<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000665>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0003528>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002769>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000388>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000688>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000359>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002703>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0022353>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000642>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013683>
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+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000701>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006094>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002973>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000699>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013683>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002751>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000652>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000702>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000698>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002629>
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+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000703>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002943>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000700>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002771>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0035933>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006088>
 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000667>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0000955>
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+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136>	<http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0006514>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000385>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000366>
+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000681>	<http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000299>	<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000680>
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index 7c8cc57..c0e9cb7 100644
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+<http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000389>	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>	"T1 GRE sequence"@en	
 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000509>	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>	"DeepGRAI analysis"@en	
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 <http://purl.obolibrary.org/obo/MRIO_0000649>	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>	"Desikan-Killiany brain atlas image data set"@en	
diff --git a/src/ontology/run.bat b/src/ontology/run.bat
index 0dbb303..d3e50ec 100644
--- a/src/ontology/run.bat
+++ b/src/ontology/run.bat
@@ -1 +1 @@
-docker run -v %cd%\..\..\:/work -w /work/src/ontology -e ROBOT_JAVA_ARGS='' -e JAVA_OPTS='' --rm -ti obolibrary/odkfull %*
\ No newline at end of file
+docker run -v %cd%\..\..\:/work -w /work/src/ontology -e ROBOT_JAVA_ARGS='' -e JAVA_OPTS='' --rm -ti obolibrary/odkfull:v1.2.27 %*
diff --git a/src/ontology/run.sh b/src/ontology/run.sh
index 0f1bbff..e59ce7b 100755
--- a/src/ontology/run.sh
+++ b/src/ontology/run.sh
@@ -9,4 +9,4 @@
 # we therefore map the whole repo (../..) to a docker volume.
 #
 # See README-editors.md for more details.
-docker run -v $PWD/../../:/work -w /work/src/ontology -e ROBOT_JAVA_ARGS='-Xmx128G -XX:ActiveProcessorCount=64' -e JAVA_OPTS='' --rm -ti obolibrary/odkfull "$@"
+docker run -v $PWD/../../:/work -w /work/src/ontology -e ROBOT_JAVA_ARGS='-Xmx128G -XX:ActiveProcessorCount=64' -e JAVA_OPTS='' --rm -ti obolibrary/odkfull:v1.2.27 "$@"