L'objectif de ce module est de vous familiariser avec l'environnement Unix, les principales commandes du shell et l'utilisation d'un cluster de calcul.
- Rappel des prérequis : https://du-bii.github.io/accueil/activites_preparatoires/
- Lien court vers cette page : https://huit.re/dubii-m1
- Le serveur Jupyter Hub de l'IFB : https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/
- Hélène Chiapello, INRAE,
<[email protected]>(co-responsable) - Pierre Poulain, Université de Paris,
<[email protected]>(co-responsable) - Benoist Laurent, CNRS,
<[email protected]> - Julien Seiler, IGBMC,
<[email protected]> - Thomas Denecker, IFB,
<[email protected]> - Paulette Lieby, IFB,
<[email protected]>
Lundi 01/03/2021 après-midi
Instructeurs : Hélène Chiapello & Pierre Poulain
Helpers : Benoist Laurent, Paulette Lieby & Thomas Denecker
Introduction - Tutoriel - Bonnes pratiques
Mardi 02/03/2021 après-midi
Instructeurs : Hélène Chiapello & Benoist Laurent
Helpers : Pierre Poulain, Paulette Lieby & Thomas Denecker
Présentation - Tutoriels : Extraction et flux de données, Expressions régulières, Compression et archivage, Travail à distance (ssh & scp)
Jeudi 04/03/2021 matin
Instructeurs : Benoist Laurent & Hélène Chiapello
Helper : Pierre Poulain & Thomas Denecker
Présentation - Tutoriels : rsync, scripts Bash, scripts Bash NGS
Mardi 09/03/2021 matin
Instructeurs : Julien Seiler & Pierre Poulain
Helpers : Hélène Chiapello, Benoist Laurent, Olivier Sand & Thomas Denecker
Présentation - Learn SLURM in 5 minutes
QCM #1. Pour le vendredi 5 mars 18h00.
QCM #2. Pour le vendredi 12 mars 18h00.
Mini-projet. Pour le vendredi 19 mars 18h00.
Installer un shell Linux sur sa machine
Ce contenu est mis à disposition selon les termes de la licence Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International (CC BY-SA 4.0). Consultez le fichier LICENSE pour plus de détails.