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# Creación de la base de datos de Aloctonas
rm(list=ls(all=TRUE)) # Borrar todo los objetos
invisible(capture.output(gc())) # Limpiar la memoria
library(readxl)
library(RColorBrewer)
library(readr)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(rgdal)
library(raster)
library(knitr)
library(sp)
library(sf)
library(readxl)
library(gdistance)
library(rgeos)
library(ggplot2)
library(ggimage)
library(maptools)
library(sf)
library(smoothr)
library(worms)
library(stringi)
library(lubridate)
library(mapview)
library(stringr)
library(beepr)
#library(xlsx)
library(tidygeocoder)
library(rvest)
library(magrittr)
library(jsonlite)
library(rgbif)
library(writexl)
print("Elegir la carpeta Archivos de la base de datos de Aloctonas")
path=choose.dir()
setwd(path) # Elegir la carpeta Archivos de la base de datos de Aloctonas
Archivos_excel=dir()[which(str_detect(dir(), ".xlsx"))]
# "BD_primeros registros_CAN.xlsx", ####
# "BD_primeros registros_ESAL.xlsx", ####
# "BD_primeros registros_LEBA.xlsx", ####
# "BD_primeros registros_NOR.xlsx", ####
# "BD_primeros registros_SUD.xlsx" ####
# EAI5
BD_Primeros=NULL
demarcacion=c("CAN", "ESAL", "LEBA", "NOR", "SUD")
for (i in 1:5) {
Paginas=excel_sheets(paste("BD_primeros registros_",demarcacion,".xlsx",sep="")[i])
Excel=read_excel(paste("BD_primeros registros_",demarcacion,".xlsx",sep="")[i], sheet = Paginas[1])
Excel=data.frame(Excel)
Prueba=colnames(Excel)[which(is.na(Excel[1,]))]
Excel[1,which(is.na(Excel[1,]))]=Prueba
Prueba=Excel[1,which(is.na(Excel[2,]))]
Excel[2,which(is.na(Excel[2,]))]=Prueba
colnames(Excel)=Excel[2,]
Excel2=Excel[-c(1,2),]
Excel2=data.frame(Excel2, row.names = c(1:length(Excel2[,1])))
# "Scientific.name" "Latitude (N)" "Longitude (E)"
temp=data.frame(Excel2[,c("Scientific.name", "Latitude..N.", "Longitude..E.", "Year", "Reference", "Other.relevant.references")])
temp$Archivo=rep(paste("BD_primeros registros_",demarcacion,".xlsx",sep="")[i], length(temp[,1]))
temp$Demarcacion=rep(demarcacion[i], length(temp[,1]))
temp$EAI=rep("EAI5", length(temp[,1]))
temp$Coord_Originales=paste(temp$Longitude..E.,temp$Latitude..N.,sep="_")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,temp)
}
Abundancia=rep(NA, length(BD_Primeros$Scientific.name))
BD_Primeros=cbind(BD_Primeros,Abundancia)
colnames(BD_Primeros)=c("Specie","Latitud","Longitud","Year_First_record","First_Reference","Other_relevant_reference","Archivo","Demarcacion","EAI","Coord_Originales","Abundancia")
BD_primeros_registros=BD_Primeros
BD_Primeros$Specie=trimws(BD_Primeros$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]") #elimina los espacios finales de todas las especies
# "BD_registros completos_todas demarcaciones.xlsx" ####
# EAI5
Paginas=excel_sheets("BD_registros completos_todas demarcaciones.xlsx")
Excel=read_excel("BD_registros completos_todas demarcaciones.xlsx", sheet = Paginas[1])
Excel=data.frame(Excel)
Prueba=colnames(Excel)[which(is.na(Excel[1,]))]
Excel[1,which(is.na(Excel[1,]))]=Prueba
Prueba=Excel[1,which(is.na(Excel[2,]))]
Excel[2,which(is.na(Excel[2,]))]=Prueba
colnames(Excel)=Excel[2,]
Excel2=Excel[-c(1,2),]
Excel2=data.frame(Excel2, row.names = c(1:length(Excel2[,1])))
# 11, 23, 24, 26, 27 Columnas
temp=data.frame(Excel2[,c(11, 23, 24, 26, 27)])
# Juntar coordenadas en dos unicas columnas combinando en las que hay y no hay
temp$Lat.Y.1[which(is.na(temp$Lat.Y.1))]=temp$Lat.Y[which(is.na(temp$Lat.Y.1))]
temp$Long.X.1[which(is.na(temp$Long.X.1))]=temp$Long.X[which(is.na(temp$Long.X.1))]
Excel2$Archivo=rep("BD_registros completos_todas demarcaciones.xlsx", length(Excel2[,1]))
# Transformar Fechas numericas en fechas normales
a=which(as.numeric(Excel2$Fecha.de.regist..Exacta)>10000)
if (length(a)!=0) {
Excel2$Fecha.de.regist..Exacta.[a]=as.character(as.Date(as.numeric(Excel2$Fecha.de.regist..Exacta.[a])
,origin = "1899-12-30"))
}
# Convertir lugares en coordenadas
temp0=length(Excel2$Zona)
temp01=rep(0,temp0)
Todo=data.frame(Zona=temp01,Lat.Y=temp01,Lat.Y.1=temp01,Long.X=temp01,Long.X.1=temp01)
temp1=which(!is.na(Excel2$Zona))
temp2=which(!is.na(Excel2$Lat.Y))
temp3=which(!is.na(Excel2$Lat.Y.1))
temp4=which(!is.na(Excel2$Long.X))
temp5=which(!is.na(Excel2$Long.X.1))
# Sustituto las lineas que tienen datos en el Excel2 por un 1
Todo$ID=seq(1:temp0)
Todo$Zona[temp1]=1
Todo$Lat.Y[temp2]=1
Todo$Lat.Y.1[temp3]=1
Todo$Long.X[temp4]=1
Todo$Long.X.1[temp5]=1
oca=which(Todo$Zona==0) # para saber que lineas tienen NA's
Todo=Todo[-oca,]# elimino las lineas que contenian NA's
Todo$Suma=rowSums(Todo[,c(2,3,4,5)]) # sumo las lineas para saber cuales tenian datos de coordenadas en el Excel 2
Todo=Todo[-which(Todo$Suma>=1),] # para eliminar las lineas que si que tiene coordenadas reales y quedarme solo con las que tiene un sitio escrito en letras
# Añadir a la zona el nombre de España para centrar mas la busqueda
tempXX=paste(Excel2$Zona[Todo$ID],
#Excel2$Localidades.muestreadas[Todo$ID],
", España",sep = "")
# Limpiar de caracteres extraños
tempXX=str_replace(tempXX, "\\s*\\([^\\)]+\\)?", "")
tempXX=str_replace_all(tempXX, "[:digit:]", "")
tempXX=str_replace_all(tempXX, "\\)", "")
tempXX=str_replace_all(tempXX, "\\(", "")
tempXX=stri_replace_all_charclass(tempXX, "\\p{WHITE_SPACE}", " ")
tempXX=trimws(tempXX, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
#View(data.frame(tempXX))
#tempXX=Excel2$Zona[Todo$ID] # Sin añadir España
# Coordenadas a partir de Nombres ####
# Modificar si quiero el registro de coordenadas de arcgis
# arcgis=geo(tempXX, method = "arcgis",
#api_options = list(iq_region = "eu"), full_results = TRUE)
arcgis=NA
##########################################################
# iq=NULL
# for (i in 1:length(tempXX)) {
# iq_temp=geo(tempXX[i], method = "iq",
# api_options = list(iq_region = "eu"), full_results = TRUE)
# iq=rbind(iq,iq_temp)
# Sys.sleep(5)
# }
# Geocoding con IQ, no es muy bueno.
# iq=geo(tempXX, method = "iq",
# api_options = list(iq_region = "eu"), full_results = TRUE)
#
#
# iq_2=geo(iq$address[which(is.na(iq$lat))], method = "iq",
# api_options = list(iq_region = "eu"), full_results = TRUE)
#
# iq[which(is.na(iq$lat)),]=iq_2
#plot(bing$long,bing$lat)
plot(arcgis$long,arcgis$lat)
#plot(iq$long,iq$lat)
#bing=data.frame(ID=Todo$ID,bing)
arcgis=data.frame(ID=Todo$ID,arcgis)
#mapview(arcgis[!is.na(arcgis$lat),], xcol = "long", ycol = "lat", crs = 4326, grid = F)
#mapview(temp[!is.na(temp$Lat.Y.1),], xcol = "Long.X.1", ycol = "Lat.Y.1", crs = 4326, grid = F)
# Modificar si quiero el registro de coordenadas de arcgis
temp$Lat.Y.1[arcgis$ID]=arcgis$arcgis
temp$Long.X.1[arcgis$ID]=arcgis$arcgis
# temp$Lat.Y.1[arcgis$ID]=arcgis$lat
# temp$Long.X.1[arcgis$ID]=arcgis$long
##########################################################
Specie=Excel2$nombre.aceptado
Latitud=temp$Lat.Y.1
Longitud=temp$Long.X.1
Year_First_record=paste(as.character(Excel2$Fecha.Asociada..Cita..años.que.cubre.la.publi.),as.character(Excel2$Fecha.de.regist..Exacta.),sep="_") # Fecha asociada_Fecha exacta
First_Reference=paste(Excel2$Artículo,Excel2$Ref.Manag.,Excel2$Ref..carpeta,sep="_") # Primer numero es Ref. Manager, segundo numero Ref. carpeta
Other_relevant_reference=rep(NA,length(Specie))
Archivo=rep("BD_registros completos_todas demarcaciones.xlsx", length(Specie))
EAI=rep("EAI5", length(Specie))
temp=Excel2[,c("Sudatlántico", "Norantlántico", "Canarias", "Levante.Balear", "Estrecho.Alborán")]
for (i in 1:dim(temp)[2]) {
temp[,i]=as.numeric(temp[,i])
}
tempDemarca=c("SUD","NOR", "CAN", "LEBA", "ESAL")
for (i in 1:length(tempDemarca)) {
temp[which(temp[,i]==1),i]=tempDemarca[i]
}
Demarcacion=unite(temp, Demarcacion ,c(1:5), sep = "-", remove = TRUE)
Abundancia2=unite(Excel2, Abundancia ,c(94,95,105), sep = "/", remove = TRUE)
Abundancia=Abundancia2$Abundancia
Coord_Originales=paste(Excel2$Localidades.muestreadas,Excel2$Zona,Excel2$Long.X,Excel2$Lat.Y,Excel2$Long.X.1,Excel2$Lat.Y.1,sep="_")
tempBD=cbind(Specie,
Latitud,
Longitud,
Year_First_record,
First_Reference,
Other_relevant_reference,
Archivo,
Demarcacion,
EAI,
Coord_Originales,
Abundancia
)
UTM_Mod=which(as.numeric(tempBD$Latitud)>100)
#25830 ETRS89 // 32630 WGS84 UTM +proj=utm +zone=31 +datum=WGS84 +units=m +no_defs // 4326 WGS84
#WGS84+GRS80 / Mercator "+proj=merc +lon_0=0 +k=1 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs"
#ED50 / UTM zone 30N "+proj=utm +zone=30 +ellps=intl +towgs84=-87,-98,-121,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
#ETRS89-extended / LAEA Europe "+proj=laea +lat_0=52 +lon_0=10 +x_0=4321000 +y_0=3210000 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
#ETRS89 / UTM zone 31N "+proj=utm +zone=31 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
# capaWGS84_UTM_31N <- spTransform(demarcaciones, CRS("+proj=utm +zone=31 +datum=WGS84 +units=m +no_defs"))
# capaWGS84_UTM_30N <- spTransform(demarcaciones, CRS("+proj=utm +zone=30 +datum=WGS84 +units=m +no_defs"))
# plot(capaETRS89_UTM_31N) ### ### Puntos en Cataluña
# points(as.numeric(tempBD$Longitud[UTM_Mod]),as.numeric(tempBD$Latitud[UTM_Mod]))
#
# plot(capaETRS89_UTM_30N) ### ### Puntos en Cataluña
# points(as.numeric(tempBD$Longitud[UTM_Mod]),as.numeric(tempBD$Latitud[UTM_Mod]))
for (i in 1:length(UTM_Mod)) {
if (as.numeric(tempBD$Latitud[UTM_Mod[i]])>4295601) {
p1 = st_point(c(as.numeric(tempBD$Longitud[UTM_Mod[i]]),as.numeric(tempBD$Latitud[UTM_Mod[i]])))
sfc = st_sfc(p1, crs = "+proj=utm +zone=31 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs")
sfct = st_transform(sfc, 4326)
tempBD$Latitud[UTM_Mod[i]]=as.character(sfct[[1]][2])
tempBD$Longitud[UTM_Mod[i]]=as.character(sfct[[1]][1])
} else {
p1 = st_point(c(as.numeric(tempBD$Longitud[UTM_Mod[i]]),as.numeric(tempBD$Latitud[UTM_Mod[i]])))
sfc = st_sfc(p1, crs = "+proj=utm +zone=30 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs")
sfct = st_transform(sfc, 4326)
tempBD$Latitud[UTM_Mod[i]]=as.character(sfct[[1]][2])
tempBD$Longitud[UTM_Mod[i]]=as.character(sfct[[1]][1])
}
}
BD_registros_completos_todas_demarcaciones=tempBD
#View(BD_registros_completos_todas_demarcaciones)
#tempBD$Latitud[7]="41.131" # Comprobar si es as?
#BD_registros_completos_todas_demarcaciones$Latitud[7]="41.131"
plot(BD_registros_completos_todas_demarcaciones$Longitud,
BD_registros_completos_todas_demarcaciones$Latitud)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx" ####
# EAI4
Paginas=excel_sheets("Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx")
temp=NULL
#for (i in 1:3) {
#Excel=data.frame(read_excel(Archivos_excel[7], sheet = Paginas[i]))
Excel_Algas=data.frame(read_excel("Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx", sheet = Paginas[1]))
Excel_Invert=data.frame(read_excel("Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx", sheet = Paginas[2]))
Excel_Peces=data.frame(read_excel("Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx", sheet = Paginas[3]))
#Excel=data.frame(Excel)[,c("Genero_especie","Latitud","Longitud")]
#temp=rbind(temp,Excel)
#}
# Intento de extraer la densidad de cada lugar (est? sin terminar)
# Peces=unique(Excel_Peces$Genero_especie)
# Sitios=unique(Excel_Peces$ID_DIVE)
#
# for (i in 1:length(Sitios)) {
# for (j in 1:length(Peces)) {
# temp=which(Excel_Peces$ID_DIVE==Sitios[1]&Excel_Peces$Genero_especie==Peces[1])
# temp2=c(Excel_Peces)
# }
# }
temp_Excel_Algas=data.frame(Excel_Algas[,c("Genero_especie","Latitud","Longitud","FECHA","Presencia.0.50","CAMPAÑA")])
temp_Excel_Invert=data.frame(Excel_Invert[,c("Genero_especie","Latitud","Longitud","FECHA","N","CAMPAÑA")])
temp_Excel_Peces=data.frame(Excel_Peces[,c("Genero_especie","Latitud","Longitud","FECHA","N","CAMPAÑA")])
colnames(temp_Excel_Algas)=c("Genero_especie","Latitud","Longitud","FECHA","N","CAMPAÑA")
temp=rbind(temp_Excel_Algas,temp_Excel_Invert, temp_Excel_Peces)
class(temp)
Archivo=rep("Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas.xlsx",length(temp$Genero_especie))
Year_First_record=as.character(temp$FECHA)
First_Reference=rep(NA,length(temp$Genero_especie))
Other_relevant_reference=temp$CAMPAÑA
Demarcacion=rep("LEBA",length(temp$Genero_especie))
Abundancia=temp$N
EAI=rep("EAI4", length(temp$Genero_especie))
Coord_Originales=paste(temp$Longitud,temp$Latitud,sep="_")
tempBD=cbind(Specie=temp$Genero_especie,
Latitud=as.character(temp$Latitud),
Longitud=as.character(temp$Longitud),
Year_First_record,
First_Reference,
Other_relevant_reference,
Archivo,
Demarcacion,
EAI,
Coord_Originales,
Abundancia)
Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas=data.frame(tempBD)
#plot(Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas$Longitud,
# Coincidencias_INFRAROK1120_Lista_Especies_Robert_Comas$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Copia de FD_20N17_EAI_DM_20LEBA-CATALU_D1A.xlsx" ####
# EAI4
Paginas=excel_sheets("Copia de FD_20N17_EAI_DM_20LEBA-CATALU_D1A.xlsx")
Excel=read_excel("Copia de FD_20N17_EAI_DM_20LEBA-CATALU_D1A.xlsx", sheet = Paginas[3])
Excel=data.frame(Excel, row.names = c(1:length(Excel$`DM Marina`)))
Excel[2,which(is.na(Excel[2,]))]=colnames(Excel)[which(is.na(Excel[2,]))]
colnames(Excel)=Excel[2,]
Excel=Excel[-c(1,2),]
names(Excel)
unique(Excel$DM.Marina)
Excel$DM.Marina="LEBA"
Archivo=rep("Copia de FD_20N17_EAI_DM_20LEBA-CATALU_D1A.xlsx", length(Excel$Especie))
First_Reference=rep(NA,length(Excel$Especie))
Other_relevant_reference=rep(NA,length(Excel$Especie))
Abundancia=rep(NA,length(Excel$Especie))
EAI=rep("EAI4", length(Excel$Especie))
Coord_Originales=paste(Excel$Longitud,Excel$Latitud,sep="_")
temp1=as.Date(as.numeric(Excel$Fecha), origin = "1899-12-30")
temp1[which(is.na(temp1))]=Excel$Fecha[which(is.na(temp1))]
temp3=which(temp1<as.Date("1-1-1906", format="%d-%m-%Y"))
temp1=as.character(temp1)
temp1[temp3]="2013"
#25830 ETRS89 // 32630 WGS84 UTM +proj=utm +zone=31 +datum=WGS84 +units=m +no_defs // 4326 WGS84
#WGS84+GRS80 / Mercator "+proj=merc +lon_0=0 +k=1 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs"
#ED50 / UTM zone 30N "+proj=utm +zone=30 +ellps=intl +towgs84=-87,-98,-121,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
#ETRS89-extended / LAEA Europe "+proj=laea +lat_0=52 +lon_0=10 +x_0=4321000 +y_0=3210000 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
#ETRS89 / UTM zone 30N "+proj=utm +zone=31 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs"
for (i in 1:length(Excel$Especie)) {
if (is.na(Excel$Latitud[i])) {
Excel$Latitud[i]=NA
Excel$Longitud[i]=NA
next
}
p1 = st_point(c(as.numeric(Excel$Latitud[i]),as.numeric(Excel$Longitud[i])))
sfc = st_sfc(p1, crs = "+proj=utm +zone=31 +datum=WGS84 +units=m +no_defs")
sfct = st_transform(sfc, 4326)
Excel$Latitud[i]=sfct[[1]][2]
Excel$Longitud[i]=sfct[[1]][1]
}
tempBD=cbind(Specie=Excel$Especie,
Latitud=as.character(Excel$Latitud), # esta mal en el EXCEL original
Longitud=as.character(Excel$Longitud), # esta mal en el EXCEL original
Year_First_record=temp1,
First_Reference,
Other_relevant_reference=Excel$...23,
Archivo,
Demarcacion=Excel$DM.Marina,
EAI,
Coord_Originales,
Abundancia)
Copia_FD_20N17_EAI_DM_20LEBA_CATALU_D1A=data.frame(tempBD)
# plot(Copia_FD_20N17_EAI_DM_20LEBA_CATALU_D1A$Longitud,Copia_FD_20N17_EAI_DM_20LEBA_CATALU_D1A$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Datos invasoras 2008-2020_EIJF.xlsx" ####
# EAI3
Paginas=excel_sheets("Datos invasoras 2008-2020_EIJF.xlsx")
Estaciones=data.frame(read_excel("Datos invasoras 2008-2020_EIJF.xlsx", sheet = Paginas[8]))
Estaciones$Nom[which(Estaciones$Nom=="Na Ginalet")]="Na Guinalet"
Estaciones$Nom[which(Estaciones$Nom=="Roca de sa Sals")]="Roca de Sa Sal"
Estaciones$Nom[which(Estaciones$Nom=="Far (Aire)")]="Far Illa de l'Aire"
Estaciones$Nom[which(Estaciones$Nom=="Cala Blanes")]="Cala'n Blanes"
Estaciones$Nom[which(Estaciones$Nom=="Cavalleria")]="Cap Cavalleria"
temp=NULL
for (i in 1:7) {
Excel=data.frame(read_excel("Datos invasoras 2008-2020_EIJF.xlsx", sheet = Paginas[i]))
temp=rbind(temp,Excel)
}
temp$Latitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Longitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Coord_Originales=rep(NA,length(temp[,1]))
for (i in 1:length(Estaciones[,1])) {
temp$Latitud[which(temp$location==Estaciones[i,2])]=Estaciones[i,3]
temp$Longitud[which(temp$location==Estaciones[i,2])]=Estaciones[i,4]
temp$Coord_Originales[which(temp$location==Estaciones[i,2])]=paste(Estaciones[i,2],Estaciones[i,4],Estaciones[i,3],sep="_")
}
tempBD=cbind(Specie=temp$species,
Latitud=as.character(temp$Latitud),
Longitud=as.character(temp$Longitud),
Year_First_record=as.character(temp$date),
First_Reference=rep(NA,length(temp$date)),
Other_relevant_reference=rep(NA,length(temp$date)),
Archivo=rep("Datos invasoras 2008-2020_EIJF.xlsx", length(temp$date)),
Demarcacion=rep("LEBA", length(temp$date)),
EAI=rep("EAI3", length(temp$date)),
Coord_Originales=temp$Coord_Originales,
Abundancia=temp$Mean.abundance....)
Datos_invasoras_2008_2020_EIJF=data.frame(tempBD)
# plot(Datos_invasoras_2008_2020_EIJF$Longitud, Datos_invasoras_2008_2020_EIJF$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD=tempBD[-which(is.na(tempBD$Specie)),]
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx" ####
# EAI1
Paginas=excel_sheets("Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx")
Coordenadas=data.frame(read_excel("Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx", sheet = Paginas[6]))
Sitios=data.frame(read_excel("Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx", sheet = Paginas[7]))
Sitios=Sitios[19:30,1:2]
colnames(Sitios)=Sitios[1,1:2]
Sitios=Sitios[-1,]
Sitios$ID_ZONA=as.numeric(Sitios$ID_ZONA)
temp=NULL
for (i in 1:3) {
Estaciones=data.frame(read_excel("Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx", sheet = Paginas[i]))[,c("ZONA","Genero_especie")]
temp=rbind(temp, Estaciones)
}
temp$Latitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Longitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$date=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Coord_Originales=rep(NA,length(temp[,1]))
for (i in 1:length(Sitios[,1])) {
temp[which(temp$ZONA==Sitios[i,1]),c(3,4,5)]=unique(Coordenadas[which(Sitios[i,2]==Coordenadas$Zona),c(7,8,3)])
temp[which(temp$ZONA==Sitios[i,1]),6]=paste(unique(Coordenadas[which(Sitios[i,2]==Coordenadas$Zona),c(4,5,6,8,7)]),collapse = "_")
}
temp=temp[,-1]
temp$Archivo=rep("Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721.xlsx", length(temp[,1]))
tempBD=cbind(Specie=temp$Genero_especie,
Latitud=as.character(temp$Latitud),
Longitud=as.character(temp$Longitud),
Year_First_record=as.character(as.POSIXct(temp$date, origin = "1970-01-01", tz = "UTC")),
First_Reference=rep(NA,length(temp$date)),
Other_relevant_reference=rep(NA,length(temp$date)),
Archivo=temp$Archivo,
Demarcacion=rep("LEBA", length(temp$date)),
EAI=rep("EAI1", length(temp$date)),
Coord_Originales=temp$Coord_Originales,
Abundancia=rep(NA,length(temp$date))
)
Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721=data.frame(tempBD)
# plot(Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721$Longitud, Datos_NIS_LIC_MENORCA_0721$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Datos_NIS_RAS_0721.xlsx" ####
# EAI2
Paginas=excel_sheets("Datos_NIS_RAS_0721.xlsx")
Coordenadas=data.frame(read_excel("Datos_NIS_RAS_0721.xlsx", sheet = Paginas[3]))
Sitios=data.frame(read_excel("Datos_NIS_RAS_0721.xlsx", sheet = Paginas[2]))
Sitios=Sitios[31:65,1:2]
colnames(Sitios)=Sitios[1,1:2]
Sitios=Sitios[-1,]
Sitios$`ID_ZONA/ID_RAS`=as.numeric(Sitios$`ID_ZONA/ID_RAS`)
temp=data.frame(read_excel("Datos_NIS_RAS_0721.xlsx", sheet = Paginas[1]))
temp$Latitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Longitud=rep(NA,length(temp[,1]))
temp$Coord_Originales=rep(NA,length(temp[,1]))
for (i in 1:length(Sitios[,1])) {
temp[which(temp$ZONA==Sitios[i,1]),c(13,14)]=unique(Coordenadas[which(Sitios[i,2]==Coordenadas$Zona),c(6,7)])
temp[which(temp$ZONA==Sitios[i,1]),15]=paste(unique(Coordenadas[which(Sitios[i,2]==Coordenadas$Zona),c(3,4,5,7,6)]),collapse = "_")
}
temp$Archivo=rep("Datos_NIS_RAS_0721.xlsx", length(temp[,1]))
tempBD=cbind(
Specie=temp$Genero_especie,
Latitud=as.character(temp$Latitud),
Longitud=as.character(temp$Longitud),
Year_First_record=as.character(temp$FECHA),
First_Reference=rep(NA,length(temp$CAMPAÑA)),
Other_relevant_reference=rep(NA,length(temp$CAMPAÑA)),
Archivo=temp$Archivo,
Demarcacion=rep("LEBA", length(temp$CAMPAÑA)),
EAI=rep("EAI2", length(temp$CAMPAÑA)),
Coord_Originales=temp$Coord_Originales,
Abundancia=temp$N
)
Datos_NIS_RAS_0721_copy=data.frame(tempBD)
# plot(Datos_NIS_RAS_0721_copy$Longitud,Datos_NIS_RAS_0721_copy$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021.xlsx" ####
# EAI4
Paginas=excel_sheets("Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021.xlsx")
temp=data.frame(read_excel("Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021.xlsx", sheet = Paginas[1]))
temp$Archivo=rep("Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021.xlsx", length(temp[,1]))
temp$EAI=rep("EAI4", length(temp[,1]))
tempBD=cbind(
Specie=temp$ESPECIE,
Latitud=as.character(temp$LATITUD_INI),
Longitud=as.character(temp$LONGITUD_INI),
Year_First_record=temp$FECHA,
First_Reference=rep(NA,length(temp$CAMPAÑA)),
Other_relevant_reference=temp$CAMPAÑA,
Archivo=temp$Archivo,
Demarcacion=temp$Demarcación,
EAI=temp$EAI,
Coord_Originales=paste(temp$LONGITUD_INI,temp$LATITUD_INI,sep="_"),
Abundancia=temp$ABUNDANCIA
)
tempBD[which(is.na(tempBD[,4])),4]=temp$AÑO[which(is.na(tempBD[,4]))]
Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021=data.frame(tempBD)
# plot(Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021$Longitud, Especies_Aloctonas_MEDITS_todo_RC_19042021$Latitud)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Especies_Exotiques_Invasores_GVA_092021.xlsx" ####
# EAI4
Paginas=excel_sheets("Especies_Exotiques_Invasores_GVA_092021.xlsx")
temp=data.frame(read_excel("Especies_Exotiques_Invasores_GVA_092021.xlsx", sheet = Paginas[2]))
Coord_Originales=paste(temp$UTM.1X1,temp$UTM.10X10,temp$Topònim,temp$Municipi,temp$Província,sep="_")
############# WARNING!!!!! Mucho tiempo de proceso
# capa <- readOGR(dsn = "D:/2021 - ALOCTONAS", layer = "UTM 1x1 PIBAL")
# capaWGS84 <- spTransform(capa, CRS("+init=epsg:4326"))
#writeOGR(capaWGS84, ".", "capaWGS84", driver = "ESRI Shapefile") #also you were missing the driver argument
capaWGS84 <- readOGR(dsn = path, layer = "capaWGS84")
Coordenadas=NULL
for (i in 1:length(temp$UTM.1X1)) {
if (is.na(temp$UTM.1X1[i])){
temp2_Coordenadas=c(NA,NA)
Coordenadas=rbind(Coordenadas,temp2_Coordenadas)
next}
temp_Coordenadas=capaWGS84@polygons[[which(capaWGS84$COD1X1==temp$UTM.1X1[i])]]@Polygons[[1]]@coords
temp2_Coordenadas=c((max(temp_Coordenadas[,1])+min(temp_Coordenadas[,1]))/2,
(max(temp_Coordenadas[,2])+min(temp_Coordenadas[,2]))/2)
Coordenadas=rbind(Coordenadas,temp2_Coordenadas)
}
temp$Archivo=rep("Especies_Exotiques_Invasores_GVA_092021.xlsx", length(temp[,1]))
tempBD=cbind(
Specie=temp$Espècie,
Latitud=as.character(Coordenadas[,2]),
Longitud=as.character(Coordenadas[,1]),
Year_First_record=temp$Any,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=temp$Tipus.observació,
Archivo=temp$Archivo,
Demarcacion=rep("LEBA",length(temp$Espècie)),
EAI=rep("EAI4", length(temp$Espècie)),
Coord_Originales=Coord_Originales,
Abundancia=rep(NA,length(temp$Espècie))
)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
head(BD_Primeros)
# "Exoticas FD EEI D_ESAL, LEBA y SUD.xlsx" ####
# EAI3
#### Datum ETRS89
temp1=data.frame(read_excel("Exoticas FD EEI D_ESAL.xlsx", sheet = 1))
temp2=data.frame(read_excel("Exoticas FD EEI D_LEBA.xlsx", sheet = 1))
temp3=data.frame(read_excel("Exoticas FD EEI D_SUD.xlsx", sheet = 1))
colnames(temp1)[which(!is.na(temp1[2,]))]=temp1[2,which(!is.na(temp1[2,]))]
colnames(temp2)[which(!is.na(temp2[2,]))]=temp2[2,which(!is.na(temp2[2,]))]
colnames(temp3)[which(!is.na(temp3[2,]))]=temp3[2,which(!is.na(temp3[2,]))]
temp1=temp1[-c(1,2),]
temp2=temp2[-c(1,2),]
temp3=temp3[-c(1,2),]
temp1=data.frame(temp1, row.names = 1:length(temp1[,1]))
temp2=data.frame(temp2, row.names = 1:length(temp2[,1]))
temp3=data.frame(temp3, row.names = 1:length(temp3[,1]))
colnames(temp3)=colnames(temp1)
temp1$Archivo=rep("Exoticas FD EEI D_ESAL.xlsx", length(temp1[,1]))
temp2$Archivo=rep("Exoticas FD EEI D_LEBA.xlsx", length(temp2[,1]))
temp3$Archivo=rep("Exoticas FD EEI D_SUD.xlsx", length(temp3[,1]))
temp_final=rbind(temp1,temp2,temp3)
Coord_Originales=paste(temp_final$CC.AA.que.corresponde,temp_final$Coordenada.X,temp_final$Coordenada.Y,sep="_")
#head(temp_final)
for (i in 1:length(temp_final[,1])) {
temp_point=as.numeric(c(temp_final$Coordenada.X[i],temp_final$Coordenada.Y[i]))
if (sum(is.na(temp_point))>=1) {
temp_final$Coordenada.X[i]=NA
temp_final$Coordenada.Y[i]=NA
next
}
temp_point_2=st_point(temp_point)
temp_point_3=st_sfc(temp_point_2, crs=25830 )
temp_point_4=st_transform(temp_point_3, crs=4326)
temp_final$Coordenada.X[i]=as.character(temp_point_4[[1]][1])
temp_final$Coordenada.Y[i]=as.character(temp_point_4[[1]][2])
}
tempBD=cbind(
Specie=temp_final$Especie.EI..ver.pestaña.7.,
Latitud=temp_final$Coordenada.Y,
Longitud=temp_final$Coordenada.X,
Year_First_record=as.character(temp_final$Fecha.o.periodo),
First_Reference=rep(NA,length(temp_final$Especie.EI..ver.pestaña.7.)),
Other_relevant_reference=temp_final$Observaciones..comentarios,
Archivo=temp_final$Archivo,
Demarcacion=temp_final$DM.Marina,
EAI=rep("EAI3", length(temp_final$Coordenada.X)),
Coord_Originales=Coord_Originales,
Abundancia=temp_final$Abundancia..número.de.individuos.
)
#plot(temp_final$Coordenada.X,temp_final$Coordenada.Y)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
#mapview(pruebas, xcol = "Longitud", ycol = "Latitud", crs = 4326, grid = F)
#25830 ETRS89 - 32630 WGS84 UTM - 4326 WGS84 - 42310 WGS84+GRS80 / Mercator
#WGS84+GRS80 / Mercator ("+proj=merc +lat_ts=0 +lon_0=0 +k=1.000000 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=WGS84 +units=m +no_defs no_defs")
#mapview(pruebas2, xcol = "Longitud", ycol = "Latitud", crs = 4326, grid = F)
# "Marines al litoral català.xlsx" ####
# EAI2
Paginas=excel_sheets("Marines al litoral català.xlsx")
temp=data.frame(read_excel("Marines al litoral català.xlsx", sheet = Paginas[2]))
#Le añado el 31T porque es el cuadrante que le toca. Las originales no lo llevan.
temp$UTM.10...10.km[which(temp$UTM.10...10.km!="-")]=paste("31T",temp$UTM.10...10.km[which(temp$UTM.10...10.km!="-")],sep="")
temp$UTM.1...1.km[which(temp$UTM.1...1.km!="-")]=paste("31T",temp$UTM.1...1.km[which(temp$UTM.1...1.km!="-")],sep="")
temp$Archivo=rep("Marines al litoral català.xlsx", length(temp[,1]))
temp$Coord_Originales=paste(temp$UTM.10...10.km,temp$UTM.1...1.km,temp$UTM_X,temp$UTM_Y,sep="_")
############# WARNING!!!!! Mucho tiempo de proceso
# capa10 <- readOGR(dsn = "D:/2021 - ALOCTONAS", layer = "UTM 10x10 PIBAL")
# capaWGS84_10 <- spTransform(capa10, CRS("+init=epsg:4326")) # WGS84
#writeOGR(capaWGS84_10, ".", "capaWGS84_10", driver = "ESRI Shapefile")
capaWGS84_10 <- readOGR(dsn = path, layer = "capaWGS84_10")
#mapview(capaWGS84_10)
Coordenadas10=NULL
for (i in 1:length(temp$UTM.10...10.km)) {
if (temp$UTM.10...10.km[i]=="-"){
temp2_Coordenadas=c(NA,NA)
Coordenadas10=rbind(Coordenadas10,temp2_Coordenadas)
next}
temp_Coordenadas=capaWGS84_10@polygons[[which(capaWGS84_10$CUADRICULA==temp$UTM.10...10.km[i])]]@Polygons[[1]]@coords
temp2_Coordenadas=c((max(temp_Coordenadas[,1])+min(temp_Coordenadas[,1]))/2,
(max(temp_Coordenadas[,2])+min(temp_Coordenadas[,2]))/2)
Coordenadas10=rbind(Coordenadas10,temp2_Coordenadas)
}
Coordenadas10=data.frame(Coordenadas10)
#mapview(Coordenadas10[which(!is.na(Coordenadas10$X1)),], xcol = "X1", ycol = "X2", crs = 4326, grid = F)
Coordenadas1=NULL
for (i in 1:length(temp$UTM.1...1.km)) {
if (temp$UTM.1...1.km[i]=="-"){
temp2_Coordenadas=c(NA,NA)
Coordenadas1=rbind(Coordenadas1,temp2_Coordenadas)
next}
temp_Coordenadas=capaWGS84@polygons[[which(capaWGS84$COD1X1==temp$UTM.1...1.km[i])]]@Polygons[[1]]@coords
temp2_Coordenadas=c((max(temp_Coordenadas[,1])+min(temp_Coordenadas[,1]))/2,
(max(temp_Coordenadas[,2])+min(temp_Coordenadas[,2]))/2)
Coordenadas1=rbind(Coordenadas1,temp2_Coordenadas)
}
Coordenadas1=data.frame(Coordenadas1)
#mapview(Coordenadas1[which(!is.na(Coordenadas1$X1)),], xcol = "X1", ycol = "X2", crs = 4326, grid = F)
Coordenadas1[which(is.na(Coordenadas1$X1)),]=Coordenadas10[which(is.na(Coordenadas1$X1)),]
#mapview(Coordenadas1[which(!is.na(Coordenadas1$X1)),], xcol = "X1", ycol = "X2", crs = 4326, grid = F)
for (i in 1:length(temp[,1])) {
temp_point=as.numeric(c(temp$UTM_X[i],temp$UTM_Y[i]))
if (temp$UTM_X[i]=="-") {
temp$UTM_X[i]=NA
temp$UTM_Y[i]=NA
next
}
temp_point_2=st_point(temp_point)
temp_point_3=st_sfc(temp_point_2, crs="+proj=utm +zone=31 +datum=WGS84 +units=m +no_defs" )
temp_point_4=st_transform(temp_point_3, crs=4326)
temp$UTM_X[i]=as.character(temp_point_4[[1]][1])
temp$UTM_Y[i]=as.character(temp_point_4[[1]][2])
}
temp[which(is.na(temp$UTM_X)),c(7,8)]=Coordenadas1[which(!is.na(Coordenadas1$X1)),]
#plot(temp$UTM_X,temp$UTM_Y)
tempBD=cbind(
Specie=temp$Espècie,
Latitud=temp$UTM_Y,
Longitud=temp$UTM_X,
Year_First_record=temp$Any,
First_Reference=paste(temp$Autor.s,temp$Font,temp$Referencia,sep=" / "),
Other_relevant_reference=paste(temp$Estatus.a.Catalunya, temp$Localitat, sep= " / "),
Archivo=temp$Archivo,
Demarcacion=rep("LEBA",length(temp$Espècie)),
EAI=rep("EAI2", length(temp$Espècie)),
Coord_Originales=temp$Coord_Originales,
Abundancia=rep(NA,length(temp$Espècie))
)
tempBD=data.frame(tempBD)
tempBD$Specie=trimws(tempBD$Specie, "both", whitespace = "[ \\h\\v]")
BD_Primeros=rbind(BD_Primeros,tempBD)
# Especies sueltas Bases de datos ####
temp_path=paste(path,dir()[which(!str_detect(dir(),"\\."))],sep="\\") # Selecciona automaticamente la carpeta donde estan las tablas sueltas
Dir_Especies_tablas_datos=dir(temp_path)
Archivos_excel=Dir_Especies_tablas_datos[which(str_detect(Dir_Especies_tablas_datos, ".xlsx"))] # Selecciona solo los archivos *.xlsx
Excel=read_excel(paste(temp_path, Archivos_excel[1], sep="\\"))
Excel=data.frame(Excel)
tempBD1=cbind(
Specie=gsub("_"," ",Archivos_excel[1]),
Latitud=Excel$Lat,
Longitud=Excel$Long,
Year_First_record=Excel$Fecha,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=Excel$Referencia,
Archivo=Archivos_excel[1],
Demarcacion=NA,
EAI=NA,
Coord_Originales=paste(Excel$Nom,Excel$Long,Excel$Lat,sep="_"),
Abundancia=NA
)
tempBD1=data.frame(tempBD1)
tempBD1$Year_First_record[32]=as.character(as.Date(as.numeric(tempBD1$Year_First_record[32]), origin = "1899-12-30"))
tempBD1$Year_First_record[32]=as.character(format(as.Date(tempBD1$Year_First_record[32], format="%Y-%m-%d"),"%d/%m/%Y"))
Excel=read_excel(paste(temp_path,
Archivos_excel[2], sep="\\"))
Excel=data.frame(Excel)
tempBD2=cbind(
Specie=gsub("_"," ",Archivos_excel[2]),
Latitud=Excel$Lat,
Longitud=Excel$Long,
Year_First_record=NA,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=Excel$Reference,
Archivo=Archivos_excel[2],
Demarcacion=NA,
EAI=NA,
Coord_Originales=paste(Excel$local,Excel$zona,Excel$Provincia,Excel$CCAA,Excel$Long,Excel$Lat,sep="_"),
Abundancia=NA
)
tempBD2=data.frame(tempBD2)
Excel=read_excel(paste(temp_path,
Archivos_excel[3], sep="\\"))
Excel=data.frame(Excel)
tempBD3=cbind(
Specie=gsub("_"," ",Archivos_excel[3]),
Latitud=Excel$Lat,
Longitud=Excel$Long,
Year_First_record=Excel$Fecha,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=Excel$Referencia,
Archivo=Archivos_excel[3],
Demarcacion=NA,
EAI=NA,
Coord_Originales=paste(Excel$Nom,Excel$Long,Excel$Lat,sep="_"),
Abundancia=NA
)
tempBD3=data.frame(tempBD3)
temp=which(tempBD3$Year_First_record>40000)
tempBD3$Year_First_record[temp]=as.character(as.Date(as.numeric(tempBD3$Year_First_record[temp]), origin = "1899-12-30"))
tempBD3$Year_First_record[temp]=as.character(format(as.Date(tempBD3$Year_First_record[temp], format="%Y-%m-%d"),"%d/%m/%Y"))
Excel=read_excel(paste(temp_path,
Archivos_excel[4], sep="\\"))
Excel=data.frame(Excel)
tempBD4=cbind(
Specie=gsub("_"," ",Archivos_excel[4]),
Latitud=Excel$Lat,
Longitud=Excel$Long,
Year_First_record=Excel$Fecha,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=Excel$Referencia,
Archivo=Archivos_excel[4],
Demarcacion=NA,
EAI=NA,
Coord_Originales=paste(Excel$Lugar,Excel$Long,Excel$Lat,sep="_"),
Abundancia=NA
)
tempBD4=data.frame(tempBD4)
temp=which(!is.na(as.numeric(tempBD4$Year_First_record)))
tempBD4$Year_First_record[temp]=as.character(as.Date(as.numeric(tempBD4$Year_First_record[temp]), origin = "1899-12-30"))
tempBD4$Year_First_record[temp]=as.character(format(as.Date(tempBD4$Year_First_record[temp], format="%Y-%m-%d"),"%d/%m/%Y"))
tempBD4$Year_First_record[c(31,32,33)]=gsub(pattern = "Ago-",replacement = "",tempBD4$Year_First_record[c(31,32,33)])
Excel=read_excel(paste(temp_path,
Archivos_excel[5], sep="\\"))
Excel=data.frame(Excel)
tempBD5=cbind(
Specie=gsub("_"," ",Archivos_excel[5]),
Latitud=Excel$Lat,
Longitud=Excel$Long,
Year_First_record=Excel$Fecha,
First_Reference=NA,
Other_relevant_reference=Excel$Referencia,