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Getting Started

1）预修课程准备

  1. 基本生物课程： 如《遗传学》和/或《分子生物学》
  2. 基本统计课程： 如《概率论》和/或《生物统计》
  3. 基本数学课程： 如《线性代数》
  4. 基本计算机课程：如《C语言》

2）Learning Materials

see more learning materials in Appendix I. Keep Learning

3）GitHub - Document your work

  • GitHub for students (shared code and scripts）
    • Write documents with Markdown Language

4) 使用说明

除非特殊说明，本章中的命令均是在自己电脑的 Terminal （终端）程序中进行。

每一章的操作都在一个独立的目录（位于用户家目录下）下进行，我们称其为章节目录。如 GSEA 这一章中提到 “以下操作均在 gsea/ 目录下进行。”，指的就是在 /home/test/gsea 下进行该章所有操作。

每一步的结果都可以在章节目录的 success/ 的相应文件夹中查看。（比如第一步没有在 gsea/input/ 中生成要求的文件的话，可以直接从 gsea/success/input 中拷贝，然后继续下一步。）

5）Docker

We provide a Linux Docker, which is a modern solution of setting up a virtual Linux OS. (For advanced users, the Docker is based on Ubuntu 18.04, which means you need to use apt to install additional softwares.)

5a）安装 Docker

从 Docker 官网下载 Mac 版本的 Docker 程序，安装并运行。

注意： Windows 系统不予介绍，因为 Docker 官网只支持 64 位的企业版 Windows。

运行以下命令，检查 Docker 是否正常安装

docker info

5b）载入镜像

首先将该教程配套的 Docker image，lulab.tar.gz，下载到桌面。（高级用户也可以使用其它目录，但下文的 ~/Desktop 也要作出相应修改）。

docker load < ~/Desktop/lulab.tar.gz

5c) 创建容器 {#create-container}

mkdir ~/Desktop/share
docker run --name=lulab -v ~/Desktop/share:/home/test/share -dt --restart unless-stopped lulab

这里我们新建了一个名为 lulab 的容器（除非有特殊说明，接下来的章节中所有操作均在该容器中进行），同时设置该容器能一直在后台保持运行状态（-dt --restart），并且该容器的 /home/test/share 与自己电脑的 ~/Desktop/share 共享文件。

5d）使用容器 {#use-container}

每次运行书中的命令前，先进入到容器中的 bash

> docker exec -it lulab bash

然后再执行相关操作, 如下图所示。

![](.gitbook/assets/bash in container.gif)

图1. 进入容器中的 bash（这里演示的是 Linux 的 Ternimal）

如果想要查看容器中的文件，可在容器中将其复制（cp）到 /home/test/share，然后打开自己电脑的 ~/Desktop/share 文件夹。

5e）恢复容器

如果你不小心执行了错误操作，以至于无法正常执行本教程中的某个 pipeline，可以删除该容器，然后新建一个干净的容器，从头开始。

docker rm -f lulab

然后重复 5c) 创建容器 命令

6）演示视频

6a) 如何在mac电脑使用docker

@youtube

<iframe width="400" height="300" src="https://www.youtube.com/embed/c1ldhV7dAhg" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>

@bilibili

<iframe width="400" height="300" src="https://player.bilibili.com/player.html?aid=30426956&cid=53094338&page=1" allowfullscreen></iframe>

7) Homework

  1. Register a GitHub account, create a repository. and write a README.md file online.
  2. Install Docker on your own machine, dowload the docker image file, Bioinfo_docker.tar, from this tutorial, then run it.