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<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Investigación reproducible con R</title>
<meta charset="utf-8">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="chrome=1">
<meta name="generator" content="pandoc" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<meta name="apple-mobile-web-app-capable" content="yes">
<link rel="stylesheet" media="all" href="libs/ioslides-13.5.1/fonts/fonts.css">
<link rel="stylesheet" media="all" href="libs/ioslides-13.5.1/theme/css/default.css">
<link rel="stylesheet" media="only screen and (max-device-width: 480px)" href="libs/ioslides-13.5.1/theme/css/phone.css">
<base target="_blank">
<script type="text/javascript">
var SLIDE_CONFIG = {
// Slide settings
settings: {
title: 'Investigación reproducible con R',
useBuilds: true,
usePrettify: true,
enableSlideAreas: true,
enableTouch: true,
favIcon: 'reproducible-research_files/logo.png',
},
// Author information
presenters: [
]
};
</script>
<style type="text/css">
b, strong {
font-weight: bold;
}
em {
font-style: italic;
}
slides > slide {
-webkit-transition: all 0.4s ease-in-out;
-moz-transition: all 0.4s ease-in-out;
-o-transition: all 0.4s ease-in-out;
transition: all 0.4s ease-in-out;
}
.auto-fadein {
-webkit-transition: opacity 0.6s ease-in;
-webkit-transition-delay: 0.4s;
-moz-transition: opacity 0.6s ease-in 0.4s;
-o-transition: opacity 0.6s ease-in 0.4s;
transition: opacity 0.6s ease-in 0.4s;
opacity: 0;
}
slides > slide:not(.nobackground):before {
font-size: 12pt;
content: "";
position: absolute;
bottom: 20px;
left: 60px;
background: url(reproducible-research_files/logo.png) no-repeat 0 50%;
-webkit-background-size: 30px 30px;
-moz-background-size: 30px 30px;
-o-background-size: 30px 30px;
background-size: 30px 30px;
padding-left: 40px;
height: 30px;
line-height: 1.9;
}
</style>
<link rel="stylesheet" href="styles.css" type="text/css" />
</head>
<body style="opacity: 0">
<slides class="layout-widescreen">
<slide class="title-slide segue nobackground">
<aside class="gdbar"><img src="reproducible-research_files/logo.png"></aside>
<!-- The content of this hgroup is replaced programmatically through the slide_config.json. -->
<hgroup class="auto-fadein">
<h1 data-config-title><!-- populated from slide_config.json --></h1>
<h2 data-config-subtitle><!-- populated from slide_config.json --></h2>
<p data-config-presenter><!-- populated from slide_config.json --></p>
</hgroup>
</slide>
<slide class=''><hgroup><h2>De que vamos a hablar:</h2></hgroup><article id="de-que-vamos-a-hablar">
<ol>
<li>Intro:
<ul>
<li>Que es <em>reproducible research</em> y para que?</li>
<li>Sobrevuelo historico</li>
<li>Algunas herramientas y flujos de trabajo</li>
</ul></li>
<li><strong>knitr y rmarkdown</strong></li>
</ol>
</article></slide><slide class='segue dark nobackground'><hgroup class = 'auto-fadein'><h2>Intro</h2></hgroup><article id="intro">
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Que es <em>reproducible research</em>?</h2></hgroup><article id="que-es-reproducible-research" class="build">
<p><em>"Creo que metimos los datos que no eran!"</em></p>
<p><em>"Como es que generamos esta gráfica?"</em></p>
<p><em>"De donde vienen esos datos? Creo que toca actualizarlos!"</em></p>
<p><em>"Y este error qué? Antes no salia!"</em></p>
<p><a href='https://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/presentations/repro_research_RDS2015.pdf' title=''>Basdo en notas de Karl Broman</a></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Que es <em>reproducible research</em>?</h2></hgroup><article id="que-es-reproducible-research-1">
<p><a href='https://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility#Reproducible_research' title=''>De wikipedia (en inglés)</a>:</p>
<p><em>"El termino investigación reproducible (<em>reproducible research</em>) se refiere a la idea de que el producto final de una investigación <del>academica</del> es el artículo en conjunto con todo el ambiente computacional usado para producir los reseltudas en el articulo como el codigo, los datos, etc. que pueden ser usados para <strong>reproducir</strong> los resultados y crear nuevo trabajo basado en la investigación."</em></p>
<p>Ver por ejemplo <a href='https://statistics.stanford.edu/sites/default/files/EFS%20NSF%20474.pdf' title=''>WaveLab and Reproducible Research</a> en particular las anecdotas en la sección 2.</p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Que es <em>reproducible research</em>?</h2></hgroup><article id="que-es-reproducible-research-2">
<p>Rproducibilidad vs replicabilidad.</p>
<p>Reproducible vs valido.</p>
<p><a href='https://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility' title=''>De wikipedia (en inglés)</a>: <em>Reproducibilidad es la capacidad de un <strong>experimento</strong> o <strong>estudio</strong> de ser duplicado. … Hablamos de <strong>replicar</strong> un experimento cuando este se reproduce. La reproducibilidad es uno de los principios fundamentales del metodo cientifico.</em></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Por qué <em>reproducible research</em>?</h2></hgroup><article id="por-que-reproducible-research">
<ul class = 'build'>
<li>Para colaborar.</li>
<li>Por uno mismo!</li>
<li>Por la ciencia y su desarrollo.</li>
<li>Para fomentar la transparencia.</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico </h2><h3> Raices</h3></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-raices">
<ul>
<li>Stanford:
<ul>
<li><a href='http://cs.stanford.edu/~uno/' title=''>Donald Knuth</a> y la idea de <a href='https://en.wikipedia.org/wiki/Literate_programming' title=''><em>Literate programming</em></a>: <a href='http://www.literateprogramming.com/' title=''>http://www.literateprogramming.com/</a></li>
<li><a href='http://sepwww.stanford.edu/doku.php?id=sep:research:reproducible' title=''><em>Stanford Exploration Project</em></a></li>
<li><a href='http://statweb.stanford.edu/~wavelab/' title=''>WaveLab</a></li>
</ul></li>
<li><p><a href='http://www.literateprogramming.com/knuthweb.pdf' title=''><code>WEB</code></a> la primera implementación de <em>literate programming</em>: \(\TeX\) + PASCAL.</p></li>
<li><p><a href='https://www.cs.tufts.edu/~nr/noweb/' title=''><code>noweb</code></a> por <a href='http://www.cs.tufts.edu/~nr/' title=''>Norman Ramsey</a> <em>literate programming</em> simple, extensible, independiente de lenguajes.</p></li>
</ul>
<p>Mucho más en: <a href='http://reproducibleresearch.net/links/' title=''>http://reproducibleresearch.net/links/</a></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico:</h2></hgroup><article id="sobrevuelo-historico">
<p><a href='http://www.literateprogramming.com/knuthweb.pdf' title='WEB'><img src='reproducible-research_files/WEB.png' title=''/></a></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico </h2><h3> Sweave</h3></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-sweave">
<p><a href='http://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/' title=''>Sweave</a> por <a href='http://www.statistik.lmu.de/~leisch/' title=''>Friedrich Leisch</a> sintaxis de <code>noweb</code> con \(\LaTeX\) + S (i.e. R)</p>
<pre class = 'prettyprint lang-r'>help("Sweave", package="utils") </pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico</h2></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-1">
<div class="centered">
<p><a href='http://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/Sweave-manual.pdf' title='WEB'><img src='reproducible-research_files/Sweave.png' title=''/></a></p></div>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico </h2><h3> knitr</h3></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-knitr">
<p><a href='http://yihui.name/knitr/' title=''>knitr</a>: <em>a <a href='https://github.com/yihui/knitr#motivation' title=''>neater</a> versión of Sweave</em></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico </h2><h3> rmarkdown</h3></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-rmarkdown">
<p>Documentos dinamicos con R:</p>
<p><a href='http://rmarkdown.rstudio.com/' title=''>RMarkdown</a> = knitr con <a href='https://daringfireball.net/projects/markdown/' title=''>markdown</a> + <a href='http://pandoc.org/' title=''>pandoc</a> =</p>
<div class="centered">
<p><a href='http://rmarkdown.rstudio.com/' title='WEB'><img src='http://rmarkdown.rstudio.com/images/RMarkdownOutputFormats.png' title=''/></a></p></div>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Sobrevuelo historico </h2><h3> Jupyter (antes iPython)</h3></hgroup><article id="sobrevuelo-historico-jupyter-antes-ipython">
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Algunas herramientas y flujos de trabajo</h2></hgroup><article id="algunas-herramientas-y-flujos-de-trabajo">
<p>Pero hacer <em>reproducible research</em> bueno o util requiere más que entrelazar prosa y codigo.</p>
<p>Niveles de calidad:</p>
<ul>
<li>Se pueden reproducir (regenerar) las tablas y graficas?</li>
<li>Coincide el codigo con lo que dice la documentación?</li>
<li>Se explica claramente por qué se hace lo que se hace? (e.g. selección de parametros)</li>
<li>Sirve el codigo con otros datos?</li>
<li>Se puede extender el codigo para hacer otras cosas?</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Algunas herramientas y flujos de trabajo</h2></hgroup><article id="algunas-herramientas-y-flujos-de-trabajo-1">
<p><a href='http://kbroman.org/steps2rr/' title=''>Recomendaciones generales</a>:</p>
<ol>
<li>Todo programado</li>
<li><a href='http://stats.stackexchange.com/a/3191' title=''>Organizar datos y codigos - definir una estructura</a> (e.g. <a href='http://stackoverflow.com/a/1434424' title=''>LCFD</a>, <a href='projecttemplate.net' title=''>ProjectTemplate</a>, <a href='http://stackoverflow.com/a/1266400' title=''>Paquetes</a> <a href='http://r-pkgs.had.co.nz' title=''>no es tan dificil</a>))</li>
<li>Automatizar los procesos (<a href='' title=''>GNU Make</a>)</li>
<li>Reportes reproducibles - <em>literate <strong>analysis</strong> + programming</em></li>
<li><em>No repetirse</em>: encapsular codigo reutilizable en funciones (documentando <em>literate programing</em>).</li>
<li>Encapsular las funciones en paquetes/modulos - (extensibilidad y portabilidad).</li>
<li>Sistemas de control de version (<a href='' title=''>git</a> + <a href='' title=''>GitHub</a>/<a href='' title=''>bitbucket</a>)</li>
<li>Portabilidad: manejo de dependencias / ambientes virtuales (e.g. <a href='' title=''>packrat</a>)</li>
<li>Validez del codigo: pruebas <a href='' title=''>testthat</a></li>
</ol>
<p><a href='http://www.stat.ubc.ca/~jenny/STAT545A/block19_codeFormattingOrganization.html' title=''>http://www.stat.ubc.ca/~jenny/STAT545A/block19_codeFormattingOrganization.html</a></p>
<ul>
<li>Python <em>stack</em> SciPy o Anaconda + Jupyter <a href='http://pythonhosted.org/Sumatra/' title=''>http://pythonhosted.org/Sumatra/</a></li>
</ul>
</article></slide><slide class='segue dark nobackground'><hgroup class = 'auto-fadein'><h2>rmarkdown</h2></hgroup><article id="rmarkdown">
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Cómo se hacen reportes reproducibles en R?</h2></hgroup><article id="como-se-hacen-reportes-reproducibles-en-r">
<p>Knitr + markdown + pandoc = rmarkdown</p>
<ul>
<li>rmarkdown: Paquete de Rstudio</li>
<li>Funciona con un click dentro del IDE Rstudio</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Por qué usar markdown?</h2></hgroup><article id="por-que-usar-markdown">
<ul>
<li>Fácil de aprender y usar.</li>
<li>Mantener la atención en el contenido y no en lo estético.</li>
<li>Flexible… inicialmente para HTML pero se puede convertir a diferentes formatos</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Qué es markdown?</h2></hgroup><article id="que-es-markdown">
<ul>
<li>Markup language: diseñados para producir contenidos con texto plano</li>
<li>Ejemplo: Latex… markup language para crear pdf's</li>
<li>Convertir a varios formatos (HMTL/pdf/word)</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Markdown - HTML</h2></hgroup><article id="markdown---html">
<img src='img/rmarkdown-html.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Markdown - HTML</h2></hgroup><article id="markdown---html-1">
<img src='img/rmarkdown-html2.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Knitr y Pandoc</h2></hgroup><article id="knitr-y-pandoc">
<ul>
<li>Knitr: Mejora sobre Sweave. Renderizar reportes que a su vez corran código. Ejemplo de uso: publicaciones científicas - actualizar gráficos</li>
<li>Pandoc: La navaja suiza para convertir documentos… markdown, reStructuredText, textile, HTML, DocBook, LaTeX, MediaWiki markup, TWiki markup, OPML, Emacs Org-Mode, Txt2Tags, Microsoft Word docx, LibreOffice ODT, EPUB</li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Cómo se escribe en formato rmarkdown (.Rmd)?</h2></hgroup><article id="como-se-escribe-en-formato-rmarkdown-.rmd">
<ul>
<li>Yaml frontmatter</li>
<li>Chunks</li>
<li>Markdown normal</li>
</ul>
<img src='img/rmarkdown-rmd.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Chunks</h2></hgroup><article id="chunks">
<p>Los chunks son conceptos que vienen del paquete knitr.<br/>Comienzan con tres <strong>back ticks</strong> y <code>{r }</code></p>
<p><code>r 1 + 1</code></p>
<p><code>#> [1] 2</code> #> [1] 2</p>
<p>Tiene múltiples opciones dependiendo de lo que se quiera a la salida.</p>
<p><code>echo, eval, message, warning, results, fig.width, fig.height...</code></p>
<p>Ver opciones <a href='http://yihui.name/knitr/options/' title=''>http://yihui.name/knitr/options/</a></p>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Yaml front matter</h2></hgroup><article id="yaml-front-matter">
<p>Lo que va al comienzo del archivo <code>.Rmd</code> Se pueden definir formatos y otras propiedades, incluso definir parámetros para automatizar reportes.</p>
<pre > ---
title: "Hola, soy Rmarkdown"
date: "2016-02-17"
output: html_document
---</pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Resultado?</h2></hgroup><article id="resultado">
<img src='img/rmarkdown-result.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Cómo se compila?</h2></hgroup><article id="como-se-compila">
<img src='img/rmarkdown-button.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Cómo se compila sin ayuda de Rstudio?</h2></hgroup><article id="como-se-compila-sin-ayuda-de-rstudio">
<pre class = 'prettyprint lang-r'>library(rmarkdown)
render("index.Rmd")
browseURL("index.html")</pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Nuestro turno: Primero lo primero:</h2></hgroup><article id="nuestro-turno-primero-lo-primero">
<pre class = 'prettyprint lang-r'>install.packages(c("knitr", "rmarkdown"))</pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Nuestro turno</h2></hgroup><article id="nuestro-turno">
<pre > Title
====================
This is an R Markdown document.
```{{r results='asis'}}
library(knitr)
kable(head(cars), 'html')
```
You can also embed plots, for example:
```{{r fig.width=7, fig.height=6, echo=FALSE}}
plot(cars)
```</pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Qué más? Tablas interactivas</h2></hgroup><article id="que-mas-tablas-interactivas">
<img src='img/rmarkdown-interactive-tables.png' title=''/>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>¿Qué más? Gráficos interactivas</h2></hgroup><article id="que-mas-graficos-interactivas">
<img src='img/rmarkdown-interactive-graphs.png' title=''/>
<pre > library(plotly)
p <- ggplot(data = d, aes(x = carat, y = price, colour = clarity)) +
geom_point(aes(text = cut), size = 3) + geom_smooth() + facet_wrap(~ clarity)
ggplotly(p)</pre>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Otros ejemplos</h2></hgroup><article id="otros-ejemplos">
<ul>
<li><p>Estilo Tufte: <a href='http://cran.r-project.org/web/packages/tufterhandout/vignettes/example.html' title=''>HTML</a>, <a href='http://rmarkdown.rstudio.com/examples/tufte-handout.pdf' title=''>pdf</a> documents.</p></li>
<li><p>Kmeans <a href='https://rpubs.com/dnchari/kmeans' title=''>https://rpubs.com/dnchari/kmeans</a></p></li>
<li><p>Mapas y proyecciones <a href='https://rpubs.com/hrbrmstr/coord_proj_stress_test' title=''>https://rpubs.com/hrbrmstr/coord_proj_stress_test</a></p></li>
<li><p>Htmlwidgets de Redes <a href='https://rpubs.com/yoshio/99778' title=''>https://rpubs.com/yoshio/99778</a></p></li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Rmarkdown avanzado</h2></hgroup><article id="rmarkdown-avanzado">
<ul>
<li><p>Opciones globales <code>knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)</code></p></li>
<li><p>Pasar parámetros <a href='http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html' title=''>http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html</a></p>
<pre > params:
start: !r as.Date("2015-01-01")
snapshot: !r as.POSIXct("2015-01-01 12:30:00")</pre></li>
<li>Documentos reactivos (embber shiny)</li>
<li><p>Cambiar el template de html</p></li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Otros recursos</h2></hgroup><article id="otros-recursos">
<ul>
<li><a href='https://github.com/cpsievert/slides' title=''>https://github.com/cpsievert/slides</a></li>
<li><a href='http://rmarkdown.rstudio.com' title=''>http://rmarkdown.rstudio.com</a></li>
<li><a href='http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/using_markdown' title=''>http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/using_markdown</a></li>
<li><a href='http://yihui.name/knitr/' title=''>http://yihui.name/knitr/</a></li>
</ul>
</article></slide><slide class=''><hgroup><h2>Gracias!</h2></hgroup><article id="gracias">
<p>No olvidar</p>
<pre >sessionInfo()</pre>
<p>O mejor</p>
<pre >devtools::session_info()</pre></article></slide>
<slide class="backdrop"></slide>
</slides>
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