batch.sh

#!/bin/bash

if [ ! -f ~/apikey.sh ]; then
  echo "api key not found. Please specify your Nomisweb API key in ./apikey.sh, e.g.:"
  echo "export NOMIS_API_KEY=0x0123456789abcdef0123456789abcdef01234567"
  exit 1
fi
. ~/apikey.sh

#TODO check conda source activate default

# batch submission

regions="E06000001 E06000002 E06000003 E06000004 E06000005 E06000006 E06000007 E06000008 E06000009 E06000010 E06000011 E06000012 E06000013 E06000014 \
E06000015 E06000016 E06000017 E06000018 E06000019 E06000020 E06000021 E06000022 E06000023 E06000024 E06000025 E06000026 E06000027 E06000028 E06000029 \
E06000030 E06000031 E06000032 E06000033 E06000034 E06000035 E06000036 E06000037 E06000038 E06000039 E06000040 E06000041 E06000042 E06000043 E06000044 \
E06000045 E06000046 E06000047 E06000049 E06000050 E06000051 E06000052 E06000053 E06000054 E06000055 E06000056 E06000057 E07000004 E07000005 E07000006 \
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E07000106 E07000107 E07000108 E07000109 E07000110 E07000111 E07000112 E07000113 E07000114 E07000115 E07000116 E07000117 E07000118 E07000119 E07000120 \
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W06000001 W06000002 W06000003 W06000004 W06000005 W06000006 W06000008 W06000009 W06000010 W06000011 W06000012 W06000013 W06000014 W06000015 W06000016 \ W06000018 W06000019 W06000020 W06000021 W06000022 W06000023 W06000024 \
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S12000039 S12000040"

# max run time (NB Birmingham takes longest at ~?h)
qsub_params="-l h_rt=8:0:0"

for region in $regions; do
  export REGION=$region
  echo Submitting job for $REGION
  qsub -o ./logs -e ./logs_error $qsub_params run.sh
  sleep 1
done