整理: エンジンマニフェストにモデルモジュールを追加

[tarepan]

内容

エンジンマニフェストに関するモデルをエンジンマニフェストモジュール下へ移動するリファクタリングを提案します。

追記:
#1359 で方向性が変わる場合、本 PR は大幅変更となる。一旦 review 不可。

関連 Issue

ref #1278 (comment)

[tarepan]

#1359 受け入れの方向性であるため、本 PR は close とする。