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预测model3中dynamic SEIR模型的loss #6

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today-y opened this issue Feb 22, 2020 · 3 comments
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预测model3中dynamic SEIR模型的loss #6

today-y opened this issue Feb 22, 2020 · 3 comments

Comments

@today-y
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today-y commented Feb 22, 2020

在文件model3里的dynamic SEIR模型预测时,在每个epoch里,模型的loss不会变化,导致最后模型估算出的beta值不收敛,随着epoch数的增加会越来越低

@YiranJing
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@today-y

谢谢你提出的问题,你说的没错,我这个代码在update ### beta过程中有bug。不过我今天依旧没有检测出来loss不更新的问题,但是update的代码的一些bug今天发现了。我会再继续检测我的bug在哪里的。

不过其实现在的情况是beta其实很低了,因为全国已经开始出现下降,目前为止拟合的也很好,看下图。而且我之前那个对beta function的假设本身也不合理。
image

所以我其实下一步想换一种方法来估计传染率,看这个ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2829081/, lambda = beta*S/N,is a poisson process

@YiranJing YiranJing pinned this issue Feb 23, 2020
@YiranJing YiranJing unpinned this issue Feb 23, 2020
@kolore
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kolore commented Mar 5, 2020

在train当中,E_to_I = (self.rateAl * self.Exposed[t])
I_to_R = (self.Infected[t] * self.rateIR)
self.I_pre.append(self.Infected[t] + E_to_I - I_to_R)
rateAl 、Exposed[t]、Infected[t]、rateIR都是定值,所以I_pre没有改变,loss就也不会变

@Eddie-yz
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@today-y

谢谢你提出的问题,你说的没错,我这个代码在update ### beta过程中有bug。不过我今天依旧没有检测出来loss不更新的问题,但是update的代码的一些bug今天发现了。我会再继续检测我的bug在哪里的。

不过其实现在的情况是beta其实很低了,因为全国已经开始出现下降,目前为止拟合的也很好,看下图。而且我之前那个对beta function的假设本身也不合理。
image

所以我其实下一步想换一种方法来估计传染率,看这个ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2829081/, lambda = beta*S/N,is a poisson process

我用了piecewise linear来刻画beta和gamma随时间的变化,然后去拟合infectious的变化趋势。

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