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pres_psi(1)p(survey p obs).out
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PRESENCE - Presence/Absence-Site Occupancy data analysis
Tue May 30 20:56:35 2017, Version 12.0_170523.
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==>i=paodata.pao
==>j=.\pres36f08cd62ed.dm
==>l=pres_psi(1)p(survey p obs).out
==>
==>quiet
==>maxfn=32000
==>name=psi(1)p(SURVEY + Obs)
==>lmt=1
varcov: nsig=6 eps=1.000000e-002
no model name N,T-->72,5
********* Input Data summary *******
Number of sites = 72
Number of sampling occasions = 5
Number of states = 0
Number of missing observations = 98
Data checksum = 53860
NSiteCovs-->1
site_covname[0]=psi.int
NSampCovs-->7
samp_covname[0]=p.int
samp_covname[1]=p.SURVEY2
samp_covname[2]=p.SURVEY3
samp_covname[3]=p.SURVEY4
samp_covname[4]=p.SURVEY5
samp_covname[5]=p.Obs2
samp_covname[6]=p.Obs3
Primary periods=1 Secondary periods: 5
Naive occupancy estimate = 0.4861
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Weta
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N=72 T=5 Groups=1 bootstraps=0
-->site 72
Matrix 1: rows=2, cols=2
-,a1
psi 1
========================
Matrix 2: rows=6, cols=8
-,b1,b2,b3,b4,b5,b6,b7
p1 1 p.SURVEY2 p.SURVEY3 p.SURVEY4 p.SURVEY5 p.Obs2 p.Obs3
p2 1 p.SURVEY2 p.SURVEY3 p.SURVEY4 p.SURVEY5 p.Obs2 p.Obs3
p3 1 p.SURVEY2 p.SURVEY3 p.SURVEY4 p.SURVEY5 p.Obs2 p.Obs3
p4 1 p.SURVEY2 p.SURVEY3 p.SURVEY4 p.SURVEY5 p.Obs2 p.Obs3
p5 1 p.SURVEY2 p.SURVEY3 p.SURVEY4 p.SURVEY5 p.Obs2 p.Obs3
========================
Matrix 3: rows=0, cols=0
========================
Matrix 4: rows=0, cols=0
========================
Matrix 5: rows=0, cols=0
========================
Matrix 6: rows=0, cols=0
========================
modtype=1
Custom Model:
Number of significant digits = 7.9
Model has been fit using the logistic link.
Number of parameters = 8
Number of function calls = 208
-2log(likelihood) = 242.5466
AIC = 258.5466
Untransformed Estimates of coefficients for covariates (Beta's)
======================================================================
estimate std.error
A1 psi : 0.580449 0.409322
B1 p1 : -1.342789 0.525332
B2 p1.p.SURVEY2 : -0.137662 0.547360
B3 p1.p.SURVEY3 : -0.964098 0.596730
B4 p1.p.SURVEY4 : -0.047049 0.560648
B5 p1.p.SURVEY5 : 1.048458 0.561759
B6 p1.p.Obs2 : 0.748096 0.465990
B7 p1.p.Obs3 : 1.104372 0.458802
============================================================
Individual Site estimates of <psi>
Site estimate Std.err 95% conf. interval
psi 1 site 1 : 0.6412 0.0942 0.4448 - 0.7994
============================================================
Individual Site estimates of <p1>
Site estimate Std.err 95% conf. interval
p1 1 site 1 : 0.2071 0.0862 0.0853 - 0.4223
p2 1 site 1 : 0.4071 0.1195 0.2064 - 0.6444
p3 1 site 1 : 0.1738 0.0796 0.0663 - 0.3841
p4 1 site 1 : 0.4291 0.1251 0.2165 - 0.6716
p5 1 site 1 : . . . - .
============================================================
DERIVED parameter - Psi-conditional = [Pr(occ | detection history)]
Site psi-cond Std.err 95% conf. interval
psi-cond 1 site 1 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 2 site 2 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 3 site 3 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 4 site 4 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 5 site 5 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 6 site 6 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 7 site 7 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 8 site 8 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 9 site 9 : 0.2838 0.1368 0.0958 - 0.5971
psi-cond 10 site 10 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 11 site 11 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 12 site 12 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 13 site 13 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 14 site 14 : 0.2156 0.1265 0.0596 - 0.5437
psi-cond 15 site 15 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 16 site 16 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 17 site 17 : 0.3340 0.1401 0.1274 - 0.6328
psi-cond 18 site 18 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 19 site 19 : 0.3340 0.1401 0.1274 - 0.6328
psi-cond 20 site 20 : 0.2846 0.1374 0.0958 - 0.5988
psi-cond 21 site 21 : 0.4015 0.1434 0.1724 - 0.6836
psi-cond 22 site 22 : 0.4015 0.1434 0.1724 - 0.6836
psi-cond 23 site 23 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 24 site 24 : 0.4015 0.1434 0.1724 - 0.6836
psi-cond 25 site 25 : 0.4015 0.1434 0.1724 - 0.6836
psi-cond 26 site 26 : 0.4191 0.1370 0.1931 - 0.6850
psi-cond 27 site 27 : 0.4191 0.1370 0.1931 - 0.6850
psi-cond 28 site 28 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 29 site 29 : 0.4191 0.1370 0.1931 - 0.6850
psi-cond 30 site 30 : 0.3661 0.1386 0.1519 - 0.6506
psi-cond 31 site 31 : 0.3661 0.1386 0.1519 - 0.6506
psi-cond 32 site 32 : 0.3661 0.1386 0.1519 - 0.6506
psi-cond 33 site 33 : 0.3661 0.1386 0.1519 - 0.6506
psi-cond 34 site 34 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 35 site 35 : 0.1832 0.1115 0.0495 - 0.4913
psi-cond 36 site 36 : 0.1832 0.1115 0.0495 - 0.4913
psi-cond 37 site 37 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 38 site 38 : 0.3116 0.1344 0.1170 - 0.6073
psi-cond 39 site 39 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 40 site 40 : 0.2582 0.1271 0.0866 - 0.5611
psi-cond 41 site 41 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 42 site 42 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 43 site 43 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 44 site 44 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 45 site 45 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 46 site 46 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 47 site 47 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 48 site 48 : 0.2868 0.1339 0.1002 - 0.5921
psi-cond 49 site 49 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 50 site 50 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 51 site 51 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 52 site 52 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 53 site 53 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 54 site 54 : 0.2868 0.1339 0.1002 - 0.5921
psi-cond 55 site 55 : 0.2868 0.1339 0.1002 - 0.5921
psi-cond 56 site 56 : 0.2868 0.1339 0.1002 - 0.5921
psi-cond 57 site 57 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 58 site 58 : 0.1198 0.0876 0.0261 - 0.4093
psi-cond 59 site 59 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 60 site 60 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 61 site 61 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 62 site 62 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 63 site 63 : 0.2525 0.1281 0.0820 - 0.5611
psi-cond 64 site 64 : 0.2525 0.1281 0.0820 - 0.5611
psi-cond 65 site 65 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 66 site 66 : 0.2525 0.1281 0.0820 - 0.5611
psi-cond 67 site 67 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 68 site 68 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 69 site 69 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
psi-cond 70 site 70 : 0.2187 0.1273 0.0610 - 0.5467
psi-cond 71 site 71 : 0.2187 0.1273 0.0610 - 0.5467
psi-cond 72 site 72 : 1.0000 0.0000 1.0000 - 1.0000
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