Skip to content
Toyofumi Fujiwara edited this page Dec 3, 2019 · 11 revisions

Welcome to the nando wiki!

http://biohackathon.org/resource/faldo に置いている FALDO オントロジーの場合は、 GitHub で管理されている Turtle 版のオントロジーファイルを、 rapper で OWL (RDF/XML) に変換して、 XSLT で OWL から XHTML に変換していました。

faldo.ttl を真似して難病のオントロジーを ttl ファイルにしておけば、 下記の更新スクリプトのようなやり方で HTML まで生成できると思います。

オントロジーを http://nanbyodata.jp/xxx/yyy などの URI を使って作成し、 最終的に出来上がったものを nanbyoudata.jp でホスティングすれば良さそうです。

% cat /data/biohackathon/bin/update.sh #!/bin/sh

export PATH="/data/biohackathon/local/bin:$PATH" cd /data/biohackathon/update wget --no-check-certificate https://github.com/OBF/FALDO/raw/master/faldo.ttl 2> /dev/null rapper -i turtle -o rdfxml-abbrev faldo.ttl > faldo.rdf 2> /dev/null xsltproc --output faldo.html owl2xhtml.xsl faldo.rdf 2> /dev/null mv -f faldo.ttl faldo.rdf faldo.html /data/biohackathon/www/resource

添付の owl2xhtml.xsl を適当に書き換えるとヘッダなどや見た目を自由に変更できます。

なお、rapper と xsltproc はインストールしてください。

Content-type negotiation でオントロジーファイルや HTML を返し分ける Nginx の設定は 下記のようにしていました。

location /resource { root /data/biohackathon/www;

   types {
       application/xslt+xml   xsl;
       application/xml        xml;
       application/rdf+xml    rdf;
       application/rdf+xml    owl;
       text/turtle            ttl;
   }
   default_type text/html;
   try_files $uri $uri.$rdf_suffix =404;

}

Clone this wiki locally