From 797a0f61a629dc80adab84a098f0a54013773f89 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Paulocracy <36934614+Paulocracy@users.noreply.github.com> Date: Tue, 13 Feb 2024 14:54:10 +0100 Subject: [PATCH] Small fixes for metabolites with __ and _ IDs --- ECC2/model.sbml | 4772 ++++++++++++++++++++++--------------------- ECC2comp/model.sbml | 2046 ++++++++++--------- 2 files changed, 3439 insertions(+), 3379 deletions(-) diff --git a/ECC2/model.sbml b/ECC2/model.sbml index 6996c0d..6e483d7 100644 --- a/ECC2/model.sbml +++ b/ECC2/model.sbml @@ -2505,7 +2505,7 @@ - + @@ -2867,7 +2867,7 @@ - + @@ -4258,7 +4258,7 @@ - + @@ -6656,6 +6656,8 @@ + + @@ -6775,6 +6777,8 @@ + + @@ -7524,7 +7528,7 @@ - + @@ -7538,7 +7542,7 @@ - + @@ -7552,7 +7556,7 @@ - + @@ -12160,6 +12164,8 @@ + + @@ -12255,6 +12261,8 @@ + + @@ -13229,6 +13237,8 @@ + + @@ -13324,6 +13334,8 @@ + + @@ -15853,6 +15865,8 @@ + + @@ -15887,7 +15901,7 @@ - + @@ -16064,7 +16078,7 @@ - + @@ -16114,8 +16128,8 @@ - - + + @@ -16195,7 +16209,7 @@ - + @@ -16273,8 +16287,8 @@ - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -36321,23 +36368,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -36389,27 +36435,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -36431,6 +36456,49 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -36452,49 +36520,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -36538,6 +36563,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -36584,6 +36630,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -36607,22 +36675,24 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + @@ -36655,30 +36725,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -36750,28 +36796,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -36794,6 +36818,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -37078,27 +37124,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -37122,6 +37147,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -37165,6 +37211,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -37189,21 +37256,22 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -37232,28 +37300,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -37559,22 +37605,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -37606,22 +37652,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -37693,6 +37739,52 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -37716,45 +37808,23 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -37784,115 +37854,91 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -37923,6 +37969,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -37947,28 +38015,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -38034,6 +38080,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -38077,27 +38144,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -38429,27 +38475,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -38472,6 +38497,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -38514,27 +38560,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -38598,6 +38623,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -38797,27 +38843,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -38839,6 +38864,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39117,6 +39163,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39141,28 +39209,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -39185,27 +39231,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -39228,6 +39253,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39271,28 +39317,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -39317,6 +39341,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39609,22 +39655,21 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -39655,42 +39700,22 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -39719,6 +39744,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39764,43 +39810,43 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -39828,21 +39874,43 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -39871,65 +39939,22 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -39957,21 +39982,64 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40000,65 +40068,86 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40086,49 +40175,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40151,27 +40197,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40193,6 +40218,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40215,6 +40261,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40237,42 +40304,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -40300,27 +40346,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40342,6 +40367,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40472,6 +40518,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -40495,21 +40562,22 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -40538,28 +40606,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40711,30 +40757,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40760,28 +40782,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40807,27 +40807,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40852,31 +40831,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -40905,15 +40859,107 @@ - + - + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -41231,29 +41277,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -41300,6 +41323,29 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -41384,6 +41430,49 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -41428,49 +41517,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -41535,6 +41581,49 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -41559,49 +41648,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -41996,27 +42042,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -42038,6 +42063,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42253,28 +42299,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -42319,28 +42343,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -42363,6 +42365,50 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42428,64 +42474,22 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -42514,6 +42518,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42536,22 +42561,43 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42667,28 +42713,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -42711,6 +42735,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42733,6 +42779,29 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -42800,29 +42869,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -42976,27 +43022,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -43019,6 +43044,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -43086,21 +43132,63 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -43152,21 +43240,22 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -43194,64 +43283,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -43305,28 +43351,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -43351,6 +43375,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -43437,107 +43483,150 @@ - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -43565,64 +43654,63 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -43651,27 +43739,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -43693,27 +43760,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -43760,21 +43806,21 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -43804,21 +43850,21 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -44134,6 +44180,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -44157,28 +44225,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -44287,27 +44333,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -44329,6 +44354,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -44392,27 +44438,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -44434,44 +44459,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -44522,22 +44524,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -44566,6 +44568,50 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -44675,31 +44721,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -44744,21 +44765,25 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + @@ -44787,6 +44812,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -44967,27 +45013,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -45012,6 +45037,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -45341,27 +45387,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -45385,6 +45410,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -45408,27 +45454,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -45450,6 +45475,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -45648,6 +45694,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -45672,22 +45740,21 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -45715,27 +45782,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -45842,27 +45888,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -45884,6 +45909,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -45972,6 +46018,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -46014,27 +46081,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -46164,27 +46210,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -46206,6 +46231,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -46248,22 +46294,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -46294,43 +46340,22 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -46359,6 +46384,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -46511,28 +46557,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -46556,6 +46580,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -46752,22 +46798,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -46795,22 +46841,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + diff --git a/ECC2comp/model.sbml b/ECC2comp/model.sbml index 22eb602..97e16c2 100644 --- a/ECC2comp/model.sbml +++ b/ECC2comp/model.sbml @@ -343,7 +343,7 @@ - + @@ -1554,6 +1554,8 @@ + + @@ -1599,6 +1601,8 @@ + + @@ -1644,6 +1648,8 @@ + + @@ -1767,6 +1773,8 @@ + + @@ -1834,6 +1842,8 @@ + + @@ -4878,7 +4888,7 @@ - + @@ -4930,7 +4940,7 @@ - + @@ -4969,6 +4979,8 @@ + + @@ -5003,6 +5015,8 @@ + + @@ -5097,7 +5111,7 @@ - + @@ -5154,7 +5168,7 @@ - + @@ -5214,7 +5228,7 @@ - + @@ -5325,7 +5339,7 @@ - + @@ -5354,7 +5368,7 @@ - + @@ -5451,7 +5465,7 @@ - + @@ -5480,7 +5494,7 @@ - + @@ -5523,7 +5537,7 @@ - + @@ -5557,7 +5571,7 @@ - + @@ -5630,7 +5644,7 @@ - + @@ -5670,7 +5684,7 @@ - + @@ -5707,7 +5721,7 @@ - + @@ -5743,7 +5757,7 @@ - + @@ -5780,7 +5794,7 @@ - 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+ @@ -8010,7 +8024,7 @@ - + @@ -8047,7 +8061,7 @@ - + @@ -8122,7 +8136,7 @@ - + @@ -8147,29 +8161,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -8191,21 +8182,23 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -8255,23 +8248,21 @@ - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -8300,6 +8291,29 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -8345,6 +8359,29 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -8366,23 +8403,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -8411,22 +8447,46 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -8456,45 +8516,23 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -8524,115 +8562,91 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -8662,27 +8676,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -8746,6 +8739,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -8858,22 +8872,21 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -8904,42 +8917,22 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -8968,6 +8961,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -8990,43 +9004,43 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -9054,21 +9068,43 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9097,107 +9133,107 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -9226,65 +9262,86 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9312,91 +9369,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -9418,6 +9390,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9439,6 +9432,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9523,6 +9537,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9546,21 +9581,22 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -9589,28 +9625,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -9653,30 +9667,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -9702,28 +9692,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -9749,27 +9717,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -9794,6 +9741,56 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -9819,28 +9816,45 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -10043,28 +10057,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -10087,6 +10079,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -10175,107 +10189,150 @@ - + - + - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -10303,64 +10360,63 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -10389,27 +10445,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -10431,42 +10466,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -10496,42 +10510,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -10559,21 +10552,21 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -10601,44 +10594,21 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -10689,22 +10659,22 @@ - + - + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + @@ -10733,6 +10703,50 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -10798,31 +10812,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -10867,6 +10856,31 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -10955,27 +10969,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -10999,21 +10992,21 @@ - + - + - - - - - - - - - + + + + + + + + + @@ -11041,6 +11034,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -11086,6 +11100,28 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -11110,28 +11146,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -11176,6 +11190,27 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -11218,27 +11253,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -11324,27 +11338,6 @@ - - - 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