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# carrega funcoes----
source("_src/funcoes.R")
# Libraries
library(optparse)
library(rmarkdown)
################################################################################
## Parsing command line arguments
################################################################################
if (sys.nframe() == 0L) {
option_list <- list(
make_option("--dir",
help = ("Caminho até o diretório com os arquivos csv com base sivep gripe"),
default = "../dados/SIVEP-Gripe",
metavar = "dir"),
make_option("--outputDir",
default = "../dados_processados/integridade_SIVEP",
help = ("Diretório de destino"),
metavar = "outputDir"),
make_option("--facetEstados",
default = "TRUE",
help = ("Fazer facets de estados?"),
metavar = "facetEstados"),
make_option("--updateGit", default = "FALSE",
help = ("Fazer git add, commit e push?"),
metavar = "updateGit")
)
parser_object <- OptionParser(usage = "Rscript %prog [Opções] [ARQUIVO]\n",
option_list = option_list,
description = "Script para checar base")
opt <- parse_args(parser_object, args = commandArgs(trailingOnly = TRUE),
positional_arguments = TRUE)
dir <- opt$options$dir
out.dir <- opt$options$outputDir
facet.estados <- opt$options$facetEstados
update.git <- opt$options$updateGit
}
file.names <- list.files(dir, pattern = paste0(".*202.*", ".(csv|zip|csv.xz)$"), full.names = TRUE)
datas <- stringr::str_extract(file.names,
"(19|20)\\d\\d[_ /.](0[1-9]|1[012])[_ /.](0[1-9]|[12][0-9]|3[01])") %>%
as.Date(format = "%Y_%m_%d")
if (file.exists(paste0(out.dir, "/db.info.csv"))) {
old.db.info <- read.csv(paste0(out.dir, "/db.info.csv"))
# só datas novas serão analisadas
old.db.info$data <- as.Date(old.db.info$data)
datasn <- datas[which(! datas %in% old.db.info$data)]
old_dados_covid_br <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_covid_br.csv"))
old_dados_covid_br$dt_sin_pri <- as.Date(old_dados_covid_br$dt_sin_pri)
old_dados_srag_br <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_srag_br.csv"))
old_dados_srag_br$dt_sin_pri <- as.Date(old_dados_srag_br$dt_sin_pri)
old_dados_obcovid_br <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_obcovid_br.csv"))
old_dados_obcovid_br$dt_evoluca <- as.Date(old_dados_obcovid_br$dt_evoluca)
old_dados_obsrag_br <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_obsrag_br.csv"))
old_dados_obsrag_br$dt_evoluca <- as.Date(old_dados_obsrag_br$dt_evoluca)
if (facet.estados) {
old_dados_covid_est <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_covid_est.csv"))
old_dados_covid_est$dt_sin_pri <- as.Date(old_dados_covid_est$dt_sin_pri)
old_dados_srag_est <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_srag_est.csv"))
old_dados_srag_est$dt_sin_pri <- as.Date(old_dados_srag_est$dt_sin_pri)
old_dados_obcovid_est <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_obcovid_est.csv"))
old_dados_obcovid_est$dt_evoluca <- as.Date(old_dados_obcovid_est$dt_evoluca)
old_dados_obsrag_est <- read.csv(paste0(out.dir, "/dados_obsrag_est.csv"))
old_dados_obsrag_est$dt_evoluca <- as.Date(old_dados_obsrag_est$dt_evoluca)
}
}
if (length(datasn) == 0) {
db.info <- old.db.info
} else {
db.info <- data.frame(data = datasn,
file = basename(file.names[which(datas == datasn)]),
size.read = NA,
size.file = NA,
casos.covid = NA,
casos.srag = NA,
obitos.covid = NA,
obitos.srag = NA)
}
dados_covid_br <- list()
dados_srag_br <- list()
dados_obcovid_br <- list()
dados_obsrag_br <- list()
if (facet.estados) {
dados_covid_est <- list()
dados_srag_est <- list()
dados_obcovid_est <- list()
dados_obsrag_est <- list()
}
N <- length(datasn)
for (i in seq(length.out = N)) {
data <- format(db.info[i,"data"], "%Y_%m_%d")
print(paste("Lendo base de dados de", data))
dados <- read.sivep(dir = dir, escala = "pais",
data = data)
db.info[i, "size.read"] <- dim(dados)[1]
db.info[i, "size.file"] <- count.lines(paste0(dir, "/", db.info[i, "file"]))
## 1.1 casos covid ####
dados2 <- dados %>%
filter(pcr_sars2 == 1 | classi_fin == 5) %>% #covid com nova classificacao
select(dt_notific, dt_sin_pri, dt_pcr, dt_digita, sg_uf) %>%
mutate(dt_pcr_dig = pmax(dt_pcr, dt_digita, dt_notific, na.rm = TRUE)) %>%
filter(!is.na(dt_pcr_dig))
dados_covid_br[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_sin_pri) %>%
summarise(n = n())
db.info[i, "casos.covid"] <- sum(dados_covid_br[[i]]$n)
if (facet.estados) {
dados_covid_est[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_sin_pri, sg_uf) %>%
summarise(n = n())
}
## 1.2. casos srag ####
dados2 <- dados %>%
select(dt_notific, dt_sin_pri, dt_digita, sg_uf) %>%
mutate(dt_pcr_dig = pmax(dt_digita, dt_notific, na.rm = TRUE)) %>% # nome aqui é pcr mas não tem pcr
filter(!is.na(dt_pcr_dig))
dados_srag_br[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_sin_pri) %>%
summarise(n = n())
db.info[i, "casos.srag"] <- sum(dados_srag_br[[i]]$n)
if (facet.estados) {
dados_srag_est[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_sin_pri, sg_uf) %>%
summarise(n = n())
}
## 2.1. obitos covid ####
dados2 <- dados %>%
filter(pcr_sars2 == 1 | classi_fin == 5) %>% # covid com nova classificacao
filter(evolucao == 2) %>%
filter(!is.na(dt_evoluca)) %>%
mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
na.rm = TRUE)) %>%
select(dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra, sg_uf) %>%
filter(! is.na(dt_encerra))
dados_obcovid_br[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_evoluca) %>%
summarise(n = n())
db.info[i, "obitos.covid"] <- sum(dados_obcovid_br[[i]]$n)
if (facet.estados) {
dados_obcovid_est[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_evoluca, sg_uf) %>%
summarise(n = n())
}
## 2.2. obitos srag ####
dados2 <- dados %>%
filter(evolucao == 2) %>%
filter(!is.na(dt_evoluca)) %>%
mutate(dt_encerra = pmax(dt_encerra, dt_digita, dt_evoluca,
na.rm = TRUE)) %>%
select(dt_evoluca, dt_notific, dt_encerra, sg_uf) %>%
filter(! is.na(dt_encerra))
dados_obsrag_br[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_evoluca) %>%
summarise(n = n())
db.info[i, "obitos.srag"] <- sum(dados_obsrag_br[[i]]$n)
if (facet.estados) {
dados_obsrag_est[[i]] <- dados2 %>%
group_by(dt_evoluca, sg_uf) %>%
summarise(n = n())
}
}
if (N > 0) {
data_v <- as.character(datasn)
names(dados_covid_br) <- data_v
names(dados_srag_br) <- data_v
names(dados_obcovid_br) <- data_v
names(dados_obsrag_br) <- data_v
dados_covid_br <- bind_rows(dados_covid_br, .id="data")
dados_srag_br <- bind_rows(dados_srag_br, .id="data")
dados_obcovid_br <- bind_rows(dados_obcovid_br, .id="data")
dados_obsrag_br <- bind_rows(dados_obsrag_br, .id="data")
if (facet.estados) {
names(dados_covid_est) <- data_v
names(dados_srag_est) <- data_v
names(dados_obcovid_est) <- data_v
names(dados_obsrag_est) <- data_v
dados_covid_est <- bind_rows(dados_covid_est, .id="data")
dados_srag_est <- bind_rows(dados_srag_est, .id="data")
dados_obcovid_est <- bind_rows(dados_obcovid_est, .id="data")
dados_obsrag_est <- bind_rows(dados_obsrag_est, .id="data")
}
if (exists("old.db.info")) {
db.info <- rbind(db.info, old.db.info)
dados_covid_br <- rbind(dados_covid_br, old_dados_covid_br)
dados_srag_br <- rbind(dados_srag_br, old_dados_srag_br)
dados_obcovid_br <- rbind(dados_obcovid_br, old_dados_obcovid_br)
dados_obsrag_br <- rbind(dados_obsrag_br, old_dados_obsrag_br)
if (facet.estados) {
dados_covid_est <- rbind(dados_covid_est, old_dados_covid_est)
dados_srag_est <- rbind(dados_srag_est, old_dados_srag_est)
dados_obcovid_est <- rbind(dados_obcovid_est, old_dados_obcovid_est)
dados_obsrag_est <- rbind(dados_obsrag_est, old_dados_obsrag_est)
}
}
write.csv(db.info, paste0(out.dir, "/db.info.csv"), row.names = FALSE)
write.csv(dados_covid_br, paste0(out.dir, "/dados_covid_br.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_srag_br, paste0(out.dir, "/dados_srag_br.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_obcovid_br, paste0(out.dir, "/dados_obcovid_br.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_obsrag_br, paste0(out.dir, "/dados_obsrag_br.csv"), row.names=FALSE)
if (facet.estados) {
write.csv(dados_covid_est, paste0(out.dir, "/dados_covid_est.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_srag_est, paste0(out.dir, "/dados_srag_est.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_obcovid_est, paste0(out.dir, "/dados_obcovid_est.csv"), row.names=FALSE)
write.csv(dados_obsrag_est, paste0(out.dir, "/dados_obsrag_est.csv"), row.names=FALSE)
}
} else {
db.info <- old.db.info
dados_covid_br <- old_dados_covid_br
dados_srag_br <- old_dados_srag_br
dados_obcovid_br <- old_dados_obcovid_br
dados_obsrag_br <- old_dados_obsrag_br
if (facet.estados) {
dados_covid_est <- old_dados_covid_est
dados_srag_est <- old_dados_srag_est
dados_obcovid_est <- old_dados_obcovid_est
dados_obsrag_est <- old_dados_obsrag_est
}
}
### plots
N <- dim(db.info)[1]
plot.covid <- ggplot(dados_covid_br,
aes(x = dt_sin_pri, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do primeiro sintoma") +
ylab("Número de novos casos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
NULL
plot.srag <- ggplot(dados_srag_br,
aes(x = dt_sin_pri, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do primeiro sintoma") +
ylab("Número de novos casos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
NULL
plot.obitos.covid <- ggplot(dados_obcovid_br,
aes(x = dt_evoluca, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do óbito") +
ylab("Número de novos óbitos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
NULL
plot.obitos.srag <- ggplot(dados_obsrag_br,
aes(x = dt_evoluca, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do óbito") +
ylab("Número de novos óbitos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
NULL
## plots com facets por estado
if (facet.estados) {
plot.covid.est <- ggplot(dados_covid_est,
aes(x = dt_sin_pri, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do primeiro sintoma") +
ylab("Número de novos casos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
facet_wrap(~ sg_uf, scales="free", ncol=4) +
NULL
plot.srag.est <- ggplot(dados_srag_est,
aes(x = dt_sin_pri, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do primeiro sintoma") +
ylab("Número de novos casos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
facet_wrap(~ sg_uf, scales="free", ncol=4) +
NULL
plot.obitos.covid.est <- ggplot(dados_obcovid_est,
aes(x = dt_evoluca, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do óbito") +
ylab("Número de novos óbitos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
facet_wrap(~ sg_uf, scales="free", ncol=4) +
NULL
plot.obitos.srag.est <- ggplot(dados_obsrag_est,
aes(x = dt_evoluca, y = n, group = factor(data))) +
geom_line(aes(col = factor(data))) +
scale_x_date(date_labels = "%d/%b", limits = c(as.Date("2020-03-15"), NA)) +
xlab("Dia do óbito") +
ylab("Número de novos óbitos") +
plot.formatos +
scale_colour_manual(name = "data base", values = viridis::viridis(N), labels = sort(db.info$data)) +
facet_wrap(~ sg_uf, scales="free", ncol=4) +
NULL
}
if (!file.exists(out.dir))
dir.create(out.dir, showWarnings = TRUE, recursive = TRUE)
data <- max(db.info$data)
fname <- paste0('integridade_SIVEP_', data, '.html')
render(input = 'integridade_sivep.Rmd',
output_file = fname,
output_dir = out.dir)
if (update.git) {
tabelas <- paste("db.info.csv",
"dados_covid_br.csv",
"dados_srag_br.csv",
"dados_obcovid_br.csv",
"dados_obsrag_br.csv")
if (facet.estados) {
tabelas <- paste(tabelas,
"dados_covid_est.csv",
"dados_srag_est.csv",
"dados_obcovid_est.csv",
"dados_obsrag_est.csv")
}
system(paste("cd", out.dir, "&& git pull"))
system(paste("cd", out.dir, "&& git add", fname, tabelas,
"&& git commit -m ':robot: relatório integridade SIVEP de",
max(db.info$data), "'",
"&& git push")
)
}