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Hirokazu Chiba edited this page Jun 14, 2023
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29 revisions
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in taxon
をどうするか - RDFポータルを使うようにSPARQListを更新するか
- branchのRDFを使わないようにして書き換えるか
- humanのgene_infoがあれば、unclassifiedというカテゴリも作れるはず。
- protein-codingに絞ればよい?
- HomoloGeneのときにはあったけど、なくなってしまったGene IDはどうする? =>omitでよいか
- HomoloGeneにあるけど、protein-codingでない遺伝子はどうする =>omitでよいか
- TogoDXのメタスタンザとして、オーソログの詳細情報?
Add group properties
dct:identifier
rdfs:label
Fix URI namespace
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homologene:
http://identifiers.org/homologene/
Use standardized ontologies
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orth:taxon
->obo:RO_0002162
(in taxon) -
orth:protein
->sio:SIO_010078
(encodes)
Modify URI namespace
-
homologene:
https://identifiers.org/homologene/
Modify URI prefix
-
taxonomy:
http://identifiers.org/taxonomy/
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orthordf:
http://purl.org/net/orthordf/
orthordf:taxid
orthordf:refseq
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group:
http://purl.org/net/orthordf/homologene/group/
-
group:
http://purl.org/orthordf/homologene/group/