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Hirokazu Chiba edited this page Jun 14, 2023 · 29 revisions
  • in taxonをどうするか
  • RDFポータルを使うようにSPARQListを更新するか
    • branchのRDFを使わないようにして書き換えるか
  • humanのgene_infoがあれば、unclassifiedというカテゴリも作れるはず。
    • protein-codingに絞ればよい?
    • HomoloGeneのときにはあったけど、なくなってしまったGene IDはどうする? =>omitでよいか
    • HomoloGeneにあるけど、protein-codingでない遺伝子はどうする =>omitでよいか
  • TogoDXのメタスタンザとして、オーソログの詳細情報?

2023-05-17

Add group properties

  • dct:identifier
  • rdfs:label

Fix URI namespace

  • homologene: http://identifiers.org/homologene/

2023-03-31

Use standardized ontologies

  • orth:taxon -> obo:RO_0002162 (in taxon)
  • orth:protein -> sio:SIO_010078 (encodes)

Modify URI namespace

  • homologene: https://identifiers.org/homologene/

Modify URI prefix

  • taxonomy: http://identifiers.org/taxonomy/

Old URIs

  • orthordf: http://purl.org/net/orthordf/
    • orthordf:taxid
    • orthordf:refseq
  • group: http://purl.org/net/orthordf/homologene/group/
  • group: http://purl.org/orthordf/homologene/group/
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