From 6f98a2ce62685c622cce130aa53b2e1ae8ce0618 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Keiko Sakuma <58160927+sakumakeiko@users.noreply.github.com> Date: Mon, 6 Nov 2023 12:04:01 +0900 Subject: [PATCH] Update TogoID_ja.md --- services/TogoID_ja.md | 10 ++++++---- 1 file changed, 6 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/services/TogoID_ja.md b/services/TogoID_ja.md index e971726e..e47f5ecb 100644 --- a/services/TogoID_ja.md +++ b/services/TogoID_ja.md @@ -4,10 +4,12 @@ TogoID は 生命科学分野におけるデータベース(DB)のID間の対応 ## TogoID の特徴 -- 利用者の持つIDあるいはIDリスト(数十から数千〜)を入力することで、変換可能なDBが列挙され、対応するIDに変換することができます。1対1のID変換だけでなく、数珠つなぎのように複数のDB間をまたぐ変換も可能です。 -- TogoIDでは、変換されたIDをすぐに他のサービスで利用できるようクリップボードにコピーする機能があるほか、変換されたIDリスト、IDに対応するURL、そして変換経路のすべてのIDを含むデータをCSV形式でダウンロードすることができます。 -- ID間の対応関係は、各DBのRDFデータ、API、フラットファイルからの抽出によって整備しており、2021年7月現在、60以上のDB、150以上のIDペアが対象になっています(随時拡張中)。対象DBのIDに関するメタデータや、IDペアの更新方法、更新頻度などを管理することで、常に最新のID間の対応関係を得られるようにしています。 - - [https://github.com/dbcls/togoid-config](https://github.com/dbcls/togoid-config) +- IDリストを入力することで、直接変換可能なDBが列挙され、対応するIDに変換することができます。1対1のID変換だけでなく、あるDBを経由してさらに他のDBのIDに変換することも可能です。 +- 等価なものに対するID間の変換だけでなく、「 バリアントが位置する遺伝子」のように、何らかの生物学的意味で関係する別概念のIDに変換することも可能です。関係の意味はオントロジーで整理しており、ウェブUI上ではDB間をつなぐ矢印上に意味が表示されます。 +- 変換結果は、CSVやTSVの形式でダウンロードしたりクリップボードにコピーしたりできます。 +- ID間の対応関係は、各DBのRDFデータ、API、フラットファイルからの抽出によって整備しており、2023年11月現在、70以上のDBが対象になっています。 +- データは毎週定期更新を行っており、常に最新に近いデータを参照して変換できます。 +- 対象DBのIDに関するメタデータや、IDペアの取得方法は、GitHub レポジトリ TogoID-config ([https://github.com/togoid/togoid-config](https://github.com/togoid/togoid-config)) で管理しています。また、誰でも新規のIDペアの取得方法を追加して、プルリクエストを送ることができます。 - ウェブインターフェイスだけでなく、APIも用意しており、他のアプリケーションからのID変換にも利用することができます。 - 例1: [https://api.togoid.dbcls.jp/convert?ids=5460,6657,9314,4609&route=ncbigene,ensembl_gene&format=json](https://api.togoid.dbcls.jp/convert?ids=5460,6657,9314,4609&route=ncbigene,ensembl_gene&format=json) - 例2: [https://api.togoid.dbcls.jp/convert?ids=5460,6657,9314,4609&route=ncbigene,ensembl_gene,uniprot&format=json](https://api.togoid.dbcls.jp/convert?ids=5460,6657,9314,4609&route=ncbigene,ensembl_gene,uniprot&format=json)