3.2.kegg.md

3.2.KEGG

1) Pipeline

2) Data Structure

2a) getting software & data

1. go to David

2. 参考 文件获取方式下载 KEGG_gene.txt 文件，其内容如下所示，包含了很多基因的ID：

   ENSG00000001036
   ENSG00000003756
   ENSG00000008018
   ENSG00000012048
   ENSG00000043355
   ENSG00000074755
   ENSG00000079616
   ENSG00000089280
   ENSG00000100591
   ENSG00000100941
   ENSG00000101109
   ENSG00000101974
   ENSG00000104611
   ENSG00000104738
   ENSG00000105738
   ENSG00000113318
   ENSG00000114867
   ENSG00000116221
   ENSG00000116857
   ENSG00000117724
   ENSG00000119285
   ENSG00000121774
   ENSG00000127663
   ENSG00000127884
   ENSG00000128159
   ENSG00000129187
   ENSG00000130640
   ENSG00000131473
   ENSG00000134287
   ENSG00000134644
   ENSG00000136628
   ENSG00000137273
   ENSG00000146263
   ENSG00000153187
   ENSG00000160285
   ENSG00000164818
   ENSG00000164944
   ENSG00000167325
   ENSG00000167548
   ENSG00000170448
   ENSG00000179632
   ENSG00000183207
   ENSG00000187954
   ENSG00000196700
   ENSG00000196924
   ENSG00000198604
   ENSG00000198886
   ENSG00000198899
   ENSG00000206503
   ENSG00000223609
   ENSG00000272822
   

2b) Input

File format	Information contained in file	File description	Notes
txt	Ensembl Gene id	Ensembl gene id (i.e. Homo sapiens ENSG00000001036)

2c) Output

File format	Information contained in file	File description	Notes
txt	Output information	The KEGG ontology & enrichment results of each gene

3) Running Steps

1. 将上文中的基因ID粘贴到文本框中
2. 选择 ENSEMBL_GENE_ID
3. 选择 Gene List
4. Submit List

图1 运行DAVID

结果如下图所示

图2 KEGG 富集结果

5) Homework

1. 本章中用 KEGG 分析的基因与上一章中用 GO 分析的基因是完全一样的，请比较两章的结果，总结两种方法得到的生物学意义有哪些异同。
2. 挑战题：自己找差异表达文献，用其中的基因进行 KEGG 富集分析，并于文献中的结果作比较