- § 3：定義自經區條例用詞：自經區、示範事業、區內一般事業、區內事業、申設機關、國際醫療機構
- § 6：臚列管理機關掌管的17項事務
- §13：規定自經區有兩種申請方式，由行政院核定：用舊的產業區申請，或是來劃新的區域
- 所有「鬆綁現有法規」的法條，都注明「由主管機關訂定」或「由主管機關會同中央機關訂定」，卻並未訂定規範
在第六條草案中，將各種核准證明、勞工行政、環境評估、環境維護、環保審查等權責都規劃給管理機關，並且在各種法規鬆綁背後，都注明「由主管機關訂定」，這些總總可能涉及人民權益、權利分配等的法規事項，完全不需要經過立法民意機關審查，**(Note：並非如此！)**就連規範都並未交給民意機關進行立法授權，形成「空白授權」疑慮。
| 國發會澄清說明 |
- 立法機關對行政機關委任立法，是行政法立法通例，如銀行法、大學法都有授權行政機關訂定子法。示範區特別條例授權辦法多為技術性、細節性的行政執行事項，且在立法院審查時就已明訂授權目的與範圍，例如：示範區的資格條件、申請程序，就是在特別條例第9條第2項明確授權，符合行政法「授權明確性」原則，絕非空白授權。
- 授權辦法若有違反或牴觸法律的情況，立法院可使其失效，民意機關仍有監督權利。
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例如，在勞動方面，於「§ 6」中，明定管理機關在「勞工行政」方面的權責，將造成勞工管理「多頭馬車」的疑慮。特別是在國內原先就已經因「多頭馬車」而難以進行管理的勞檢與安全衛生管制權。
而在開放項目上，自經區並沒有產業行業與行業別限制，只有區域限制，也並未給出一個明確的產業政策發展方向；在申設單位上，則包含了科技部、經濟部、農委會、地方政府等跨部會、地方/中央的行政機關，空白授權問題將進一步成為產業政策多重指揮問題。
| 國發會澄清說明 |
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示範區是在小規模試驗法規鬆綁與制度創新，所有區域內的業者，都可適用較寬鬆的自由化措施。
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國內產業園區均可申設為示範區，故相關部會均有權責，如交通部(自貿港區)、科技部(科學園區)等，也不排除讓地方政府依其自身條件，發展需求提出申設規劃，如高雄市政府即規劃發展金融專區。
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空白授權的澄清已如前述，產業政策仍由目的事業主管機關研訂，不會有多重指揮的問題。
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