「服貿後門程式」爭議

說明

兩岸服貿談判的主要內容，便在於「投資限制的放寬」問題。

自經區明定中央得以自行公告示範事業，而配套修「大陸來台投資辦法」則讓大陸投資人可以在行政機關授權下任意放寬投資限制。由此可以達到如同服貿協議可能達到的開放範圍。

國發會澄清說明

在這裡雖有國安條款，但在台灣特殊的政治情勢下，涉及國家主權問題的國安問題卻不需要通過國會，將造成民間的擔憂與反彈。

國發會澄清說明

「大陸地區人民來臺投資許可辦法」的修正，原本就有送請立法院備查，且該辦法是依「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」(簡稱兩岸人民關係條例)第72條第2項及第73條第3項授權訂定，而兩岸人民關係條例原本就是國會審查通過。
示範區絕對沒有開放任何涉及國安的產業及投資項目，如電信。陸資如要在示範區投資，前提是不影響國家安全。任何有可能造成國安疑慮者，全部排除在示範區政策規劃之外，例如：不開放大陸人士來臺工作、管制性大陸產品不得內銷、不開放大陸醫事人員來臺等。
為降低國內對陸資的疑慮，政府對於陸資投資早已建立事前審查機制，由經濟部會同相關機關逐案進行實質審查，從實務層面衡酌對國內產業及經濟是否有負面影響。如有疑慮，政府都可禁止其投資。