- §54：經教育部評鑑優良的大學，可和國外「優質」大學合作，共同設立分校、學院或開設學位專班，且主管產生方式、教師聘用、學費收入、學位頒授程序、採購不受大學法等法規限制
- §55之1、之2：與大學合作設立的外國大學分校、學院，關於教師聘任辦法除原教師法規範，還可以在依外國母校的狀況和需求另行訂立規則
- §55之3、之4：該外國大學分校、學院的設立、組織和運作辦法、校長遴選等事項，不受現行的私立學校法、大學法、教育人員任用條例等相關規則規範，包括不需設立校務會議、也不需進行校長遴選
- §55之5、之6、之7：該外國大學分校、學院所需要的研究教學必需品，可以免徵關稅和營業稅，學校的不動產經地方政府同意後，也可免徵房屋稅、地價稅等稅金
- §56：國立大學和外國大學合作設立的教育單位，行政主管可採「契約」方式彈性聘雇。另外，其涉及使用的公有不動產，可不受國有財產法規定，以出租或設定地上權方式使用
- §57：對於大學是否有申請合作辦學的資格、設立學校或學院後的管理、招生、聘用教職員等辦法，由教育部擬定
「台灣高等教育產業工會」質疑，自經區「教育創新」相關設計並未是建立在對台灣高教現況的了解下所制定，甚至是進一步在破壞「教育公共性」。
自經區對「教育公共性」造成的破壞疑慮包含以下問題：
在國立大學和外國大學合作設立的教育單位中，行政主管可彈性聘雇，若被解聘或不續聘不需要經過校務會議「三級三審」。
另外，有關「教育創新」的自經區條例也明定，自經區學校的教師、教職員聘用，以及校長遴選，可不受現行教育法規的限制。
依自經區學校以符合全球化教育市場為目標的設定，高等教育從業者的勞動條件可能更加朝「彈性化」、「派遣化」的走向發展。
自經區為了「尊重國外學校現況」，幾乎將所有國內為高等教育設下的規範移除，包括可自由處理營收、販賣土地不動產，也包括不要求學校設立校務會議、也不需要進行校長遴選。這些大學，既不需要受到母國法令約束，亦不需要受到我國法令約束。這將有學校被商業利益宰制成為證照學店的疑慮，他們不以為公共服務為目的，而對高教體制、社會與產業體制造成衝擊。
| 國發會澄清說明 |
【沒有去除公共監理！】
- 示範區特別條例只有鬆綁少數教育法規項目，以示範區鬆綁的教育人員任用條例為例，涉及的條數僅6條，占14%，其餘仍應依現行法規辦理。而針對大學提出的合作申請案，都須經嚴謹審查，審查通過才可辦理，政府對大學的公共監督還是存在。
- 國立大學與國外大學合作時，可將經管的公有不動產出租或設定地上權，但不包括出售，也不能進行與合作辦學無關的使用。
【沒有去除校園民主！】
- 教育創新雖放寬外國大學可參考其既有傳統及校園民主機制，自訂合理方式取代大學法規定的校務會議，但也要求雙方合作學校成立「學校共管機制」，針對校地校舍、校務發展、招生修業、教學研究等統籌規劃；其成員組成及職權，教育部也會納入授權辦法，不會忽略校園民主。
- 放寬校長遴選規定，是因合作辦學的外國大學未必會成立校務會議，也應尊重外國合作學校的意願，讓校長遴選更有彈性。
【教育創新尊重教育品質適當反映成本，不是讓學校成為證照學店！】
- 外國名校赴海外辦學，均會確保海外據點引進的課程、師資及其他優質教育資源，與其母校一致，不會濫發文憑，以維持學術聲望及教育品質；如要求用國內大學現行收費基準來規範，並不恰當。
- 教育創新係尊重合作學校雙方，參考外國大學的收費，訂定合宜收費標準；教育部也將要求學校提供相當獎學金，協助清寒優秀學生入學。
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亦即，一切公共監理的設計都在自經區中被移除。教育部卻並未給出明確評估和規範，甚至以「修法太花時間」為由，進行便宜修法。