肿瘤体细胞突变检测流程（组织、重复DNA均可，需要有对照）
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{体细胞突变检测流程}
特点：
1)使用sentieon TNscope流程，准确、高效、快速
2)关联cosmic、www.cancergenomeinterpreter.org靶药数据库
3)分析SV，常见的融合基因一目了然
4)分析CNV，可检测拷贝数变异
输入：fastq
输出：somatic_mut.xlsx/tsv,SV,CNV,QC metrics...
使用方法：
perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t -t1 -t2 -n -n1 -n2 -b
默认提交到cn-medium分区，如果没有资源了，你可以指定作业提交到cn-fast，如下所示：
perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t -t1 -t2 -n -n1 -n2 -b -part cn-fast
如果你想在比对前，对fastq文件做一个trimming，可以这样：
perl /gpfs/users/yanghao/project/somatic_pipeline/somatic.sentieon.fq.pipeline.pl -t -t1 -t2 -n -n1 -n2 -b -trim 1
Last Updated:2017/12/29
Change Log
2017/12/29
支持trim（可选的，只要用了-trim 1，就会trim）
fix了一些perl环境变量、还有mosdepth的问题
如果使用过程中发生任何问题，请联系[email protected]
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