diff --git a/.gitignore b/.gitignore index b68bf7e..797a039 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -122,3 +122,4 @@ tests/data/prg_builder/write_prg/sample.bin tests/data/prg_builder/write_prg/sample.prg.fa tests/integration_tests/data/output/ tests/integration_tests/data/output_update/ +debugging \ No newline at end of file diff --git a/make_prg/utils/io_utils.py b/make_prg/utils/io_utils.py index c594d4c..88d6eba 100644 --- a/make_prg/utils/io_utils.py +++ b/make_prg/utils/io_utils.py @@ -1,26 +1,51 @@ import gzip import os import tempfile +from io import StringIO from pathlib import Path from typing import Dict, Union from zipfile import ZipFile from Bio import AlignIO +from Bio.Seq import Seq from make_prg import MSA from make_prg.subcommands.output_type import OutputType +from make_prg.utils.seq_utils import get_majority_consensus_from_MSA -def load_alignment_file(msa_file: Union[str, Path], alignment_format: str) -> MSA: - msa_file = str(msa_file) - if msa_file.endswith(".gz"): - handle = gzip.open(msa_file, "rt") - alignment = AlignIO.read(handle, alignment_format) - handle.close() - else: +def load_alignment_file( + msa_file: Union[str, Path, StringIO], alignment_format: str +) -> MSA: + if isinstance(msa_file, StringIO): alignment = AlignIO.read(msa_file, alignment_format) + else: + msa_file = str(msa_file) + if msa_file.endswith(".gz"): + with gzip.open(msa_file, "rt") as handle: + alignment = AlignIO.read(handle, alignment_format) + else: + with open(msa_file, "r") as handle: + alignment = AlignIO.read(handle, alignment_format) + + # upper case seqs for record in alignment: record.seq = record.seq.upper() + + # Compute the consensus sequence + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(alignment) + + # Replace 'N' with the consensus sequence in each record + for record in alignment: + record.seq = Seq( + "".join( + [ + consensus[i] if nucleotide == "N" else nucleotide + for i, nucleotide in enumerate(str(record.seq)) + ] + ) + ) + return alignment diff --git a/make_prg/utils/seq_utils.py b/make_prg/utils/seq_utils.py index 1c4c732..a8d0279 100644 --- a/make_prg/utils/seq_utils.py +++ b/make_prg/utils/seq_utils.py @@ -1,5 +1,8 @@ import copy +import hashlib import itertools +import random +from collections import Counter from typing import Generator, List, Tuple import numpy as np @@ -234,3 +237,51 @@ def get_consensus_from_MSA(alignment: MSA) -> str: consensus_string_as_list.append(column.pop()) consensus_string = "".join(consensus_string_as_list) return consensus_string + + +def convert_to_upper(sequences: Generator) -> Generator: + return (s.upper() for s in sequences) + + +def generate_random_seed(sequences: List[str]) -> bytes: + return hashlib.sha256("".join(sequences).encode()).digest() + + +def get_consensus_residue(position: int, sequences: List[str]) -> str: + # Count the residues at this position, ignoring gaps and Ns + pos_counts = Counter( + seq[position] + for seq in sequences + if seq[position] != GAP and seq[position] != "N" + ) + + # If there are no residues other than gaps and Ns at this position, use a random base + if len(pos_counts) == 0: + return random.choice("ACGT") + + # Find the residue(s) with the highest count + max_count = pos_counts.most_common(1)[0][1] + max_residues = [res for res, count in pos_counts.items() if count == max_count] + + # Randomly select a residue from the residues with the highest count + return random.choice(max_residues) + + +def get_majority_consensus_from_MSA(alignment: MSA) -> str: + """ + Produces a consensus string (composed only of ACGT) just based on the major base for each column. + """ + all_seqs = get_alignment_seqs(alignment) + all_seqs = list(convert_to_upper(all_seqs)) + random_seed_for_this_alignment = generate_random_seed(all_seqs) + random.seed(random_seed_for_this_alignment) + + # Initialize the consensus sequence as an empty string + consensus = "" + + # Loop over the positions in the alignment + for i in range(alignment.get_alignment_length()): + # Add the residue to the consensus sequence + consensus += get_consensus_residue(i, all_seqs) + + return consensus diff --git a/tests/integration_tests/data/amira_MSAs/alsB.fasta b/tests/integration_tests/data/amira_MSAs/alsB.fasta new file mode 100644 index 0000000..1ce6494 --- /dev/null +++ b/tests/integration_tests/data/amira_MSAs/alsB.fasta @@ -0,0 +1,1578 @@ +>11657_5.16;1_26_18 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaaccctctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacactgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgctccattatcctcagtgaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggttaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagctggcggcaatgtggaagcttttgtcaccaccgataacgttgctgtcggggcgaaaggcgcgtcgttcattattgacaaattgggcgctgaaggtggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgcattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggcagtcgcaaacgccggaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggcgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_5.18;2_3_215 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgccgtcgtattgaaaacactctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcgccattatcctcagtaaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggtcaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagcaggcggtaatgtggaaggttttgtcaccaccgataacgttgccgtcggggcgaaaggcgcgtcattcattattgacaagctgggtgccgaagggggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgtattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggctgtcgcaaacgccagaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggtgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_5.30;5_17_60 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgccgtcgtattgaaaacactctccaatccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcaccattatcctcagtgaacctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggtatttatctggtcaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagcaggcggtaatgtggaaggttttgtcaccaccgataatgttgccgtcggggcgaaaggcgcgtcattcattattgacaagctgggtgccgaagggggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgtattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggctgtcgcaaacgccggaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggcgcaacgggtctgaaactgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_5.4;7_66_18 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaaccctctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacactgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgctccattatcctcagtgaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggttaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagctggcggcaatgtggaagcttttgtcaccaccgataacgttgctgtcggggcgaaaggcgcgtcgttcattattgacaaattgggcgctgaaggtggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgcattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggcagtcgcaaacgccggaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggcgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_5.63;8_5_137 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaacactctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcgccattatcctcagtaaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggtcaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagcaggcggtaatgtggaaggttttgtcaccaccgataacgttgccgtcggggcgaaaggcgcgtcattcattattgacaagctgggtgccgaagggggtgaagttgcaattattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaaaccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgcattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggctgtcgcaaacgccggaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggcgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgaaaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_5.77;10_0_302 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaacactctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcgccattatcctcagtaaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggtcaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagcaggcggtaatgtggaaggttttgtcaccaccgataacgttgccgtcggggcgaaaggcgcgtcattcattattgacaagctgggtgccgaagggggtgaagttgcaattattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaaaccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgcattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggctgtcgcaaacgccggaa-aaacgggaaaagtgctggtcgtcggtacagatggcattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggcgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgaaaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_6.12;13_15_84 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+atgaataaatatctgaaatatttcagtggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaacactctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcgccattatcctcagtaaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggtcaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagctggcggtaatgtggaaggttttgtcaccaccgataatgttgccgtcggggcgaaaggcgcgtcattcattattgacaagctgggtgccgaagggggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgtattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggcagtcgcaaacgccggaa-aaacgggcaaagtgttggtcgtcggtactgacggcattccggaagcccgcaaaatggtggaaac-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggtgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_6.32;16_7_102 +atgaataaatatctgaaatatttcagcggcacactcgtgggcttaatgttgtcaaccagcgcttttgctgccgccgaatatgctgtcgtattgaaaacactctccaacccattttgggtagatatgaaaaaaggcattgaagatgaagcaaaaacgctgggcgtcagcgttgatatttttgcctctccttcagaaggcgattttcaatctcaattgcagttatttgaagatctcagtaataaaaattacaaaggtatcgccttcgcgccattatcctcagtgaatctggtcatgcctgtcgcccgcgcatggaaaaaaggcatttatctggttaatctcgatgaaaaaatcgacatggataatctga-aaaaagctggcggcaatgtggaaggttttgtcaccaccgataacgttgctgtcggggcgaaaggcgcgtcgttcattattgataaattgggcgctgaaggtggtgaagtcgcaatcattgagggtaaagccggtaacgcctccggtgaagcgcgtcgtaatggtgccaccgaagccttcaaaaaagca-agccagatcaagcttgtcgccagccagcctgccgactgggaccgcattaaagcactggatgtcgccactaacgtgttgcaacgtaatccgaatattaaagcgatctattgcgcgaatgacacgatggcaatgggtgttgctcaggcagtcgcaaacgccggaa-aaacgggcaaagtgttggtcgtcggtacagatggaattccggaagcccgcaaaatggtggaagc-cggacaaatgaccgcgacggttgcccag-aacccggcggatatcggtgcaacgggtctgaagctgatggttgacgctgagaaatccggcaaggttatcccgctggataaagcaccggaatttaaactggtcgattcaatcctggtcactcaataa +>11657_6.42;17_1_533 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b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.bin.zip new file mode 100644 index 0000000..2cb600a Binary files /dev/null and b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.bin.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.fa b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.fa new file mode 100644 index 0000000..3789bda --- /dev/null +++ b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.fa @@ -0,0 +1,6 @@ +>alsB + 5 ATGAATAAATATCT 7 G 8 A 7 AAATATTTCAGC 9 GGC 10 AGC 10 GGA 10 GAC 9 ACACTCGTGGGCTTAATGTTGT 11 C 12 T 11 AACCAGCGCTTTTGCTGCCGCCGAATATGCTGTCGTATTGAAAA 13 CC 14 CA 14 TA 13 CTCTCCAACCCATTTTGGGTAGATATGAAAAAAGGCATTGAAGAT 15 G 16 A 15 AAGCAAAAA 17 C 18 A 17 ACTGGGCGTCAGCGTTGATATTTTTGCCTC 19 T 20 G 19 CCTTCAGAA 21 G 22 C 21 GCGATTTTCAATCTCAA 6 ATGTTGTCAACCAGCGCTTTTGCTGCCGCCGAATATGC 23 C 24 T 23 GTCGTATTGAAAAC 25 A 26 C 25 CTCTCCAA 27 T 28 C 27 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AATGGGTGTTGCTCAGGC 117 AGTCGCAAACGCCGGAA 118 TGTCGCAAACGCCAGAA 118 TGTCGCAAACGCCGGAA 118 AGTCGCAAACGCTGGAA 118 TGTCGCAAACGTCGGAA 118 AGTCACAAACGCCGGAA 118 AGTCGCAAACGCCGGAAA 118 TGTCGCAAACGCTGGAA 118 AGCCGCAAACGCCGGAA 117 AAACGGG 119 AAAAGTGCTGGTCGT 121 CGGTACAGAT 122 CGGTACTGAC 122 TGGTACAGAT 121 GGCATTCCGG 123 AAG 124 AAA 124 GAG 123 CCCGCAAAAT 125 G 126 A 125 GTGGAAGCCGGACAAATGAC 127 C 128 T 127 GCGACGGTTGCCCA 129 GAAC 130 GAGC 130 GAAG 129 CCGGCGG 131 ATATCGGCGCAACGGGTCTGAAGC 132 ATATCGGTGCAACGGGTCTGAAGC 132 ATATCGGCGCAACGGGTCTGAAAC 132 ATATCGGCGCTACGGGTCTAAAGC 132 ATATCGGCACAACGGGTCTGAAGC 132 ATATCGGCGCAACGAGTCTGAAGC 132 ATATCGGCGCAACGGGTTTGAAGT 132 GTATCGGCGCAACGGGTCTGAAGC 131 TGATGGTTGACGC 133 TGAG 134 TGAA 134 GGAG 133 AAATCCGGCAAGGTTATCCCG 135 C 136 T 135 TGGATAAAGCAC 137 C 138 G 137 GGAATTTAAACTGGTCGATTCAATCCTG 139 G 140 A 139 TCACTCAATAA 120 141 CAAAGTGT 142 AAAAGTGC 141 TGGTCGTCGGTACAGATGG 143 C 144 A 143 ATTCCGGAAGCCCGCAAAATGGTGGAAG 145 CCGGACA 146 CCGGACT 145 AATGACCGCGACGGTTGCCCAGAACCCGGCGGATATCGG 147 T 148 C 147 GCAACGGGTCTGAAGCTGATGGTTGACGCTGAAAAATCCGGCAAGGTTATCCCGC 149 T 150 A 150 C 149 GGATAAAGCACCGGAATTTAAACTGGTCGATTCAATCCTGGTCACTCAATAA 120 CAAAATATTGGT 151 C 152 A 151 GTCGGTACAGATGGAATTCCGGAAGCCCGCAAAATGGTGGAAGCCGGACAAATGACCGCGACGGTTGCCCA 153 GAACC 154 GAACT 153 CGGCAGATATTGGCGCAACGGG 155 T 156 G 155 CTGAAGCTGATGGTTGACGCTGAGAAATCCG 157 G 158 A 157 CAAGGTTAT 159 T 160 C 159 CCGCTGGATAAAGCACC 161 G 162 T 161 GAATTTAAACTGGTCGATTCAATCCTGGTCACTCAATAA 120 163 AAAAGTGC 164 CAAAATAT 163 TGGTCGTCGGTACAGATGG 165 C 166 A 165 ATTCCGGAAGCCCGCAAAATGGTGGAAG 167 C 168 CC 167 CGGACAAATGACCGCGACGGTTGCCCA 169 G 170 GA 169 AACCCGGC 171 GGATATC 172 AGATATT 171 GGCGCAACGGGTCTGAAGCTGATGGTTG 173 A 174 ACGCTGAGTAA 173 120 175 C 176 A 176 G 175 AAAGTGTTGGTCGTCGGTAC 177 TGAC 178 AGAT 177 GGCATTCCGGAAG 179 C 180 T 179 CCGCAAAATGGTGGAA 181 AC 182 GC 181 CGGACAAATGACCGCGACGGTTGC 183 CCAGAACCCGG 184 CCAGAACCCGA 184 TCAGAACCCGG 183 CGGATATCGGTGCAACGGGTCTGAAGCTGATGGTTGACGCTGAGAAATCCGG 185 C 186 T 185 AAGGTTATCCCGCTGGATAAAGCACCGGAATTTAAACTGGTCGATTCAA 187 T 188 C 187 CCTGGTCACTCAATAA 120 CAAAGTGTTGGTCGTCGGGGTAATGACTCCAACTTATTGA 120 CAAAATATTGGTCGTCGGTACAGATGGAATTCCGGAAGCCCGCAAAATGGTGGAAGCCGGACAAATGACCGCGACGGTTGCGCAGAACCCGGCAGATATTGGCGCAACGG 189 G 190 A 189 TCTGAAGCTGATGGTTAACGCTGAGAAATCCGGCAAGGTTATCCCGCTGGATAAAGCACCGGAATT 191 T 192 C 191 AAACTGGTCGATTCAATCCTGGTCACTCAATAA 120 193 CAAAGTG 194 CAAAGTA 193 TTGGTCGTCGGTACAGATGGAATTCCGGAAGCCCGCAAAATGGTGGAAGCCGGACAAATGACCGCGACGGTTGCCCAGAACCCGGCGGATA 195 TCGGT 196 TCGGC 196 CCGGT 195 GCAACGGGTCTGAA 197 G 198 A 197 CTGATGGTTGACGCTGAGAAATCCGGCAAGGTTATCCCGCTGGATAAAGCACCGGAATTTAAACTGGTCGATTCAATCCTGGTCACTCAATAA 120 199 CAAAATAT 200 AAAAGTGC 199 TGGTCGTCGGTACAGATGG 201 A 202 C 201 ATTCCGGAA 203 G 204 GC 203 CCGCAAAATGGTGGAAGCCGGACAAATGA 119 +>glpG +ATGTTGATGATTACCTCTTTTGCTAACCCCCGCGTGGCGCAGGCGTTTGTTGATTACATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATAACCAAAGCGATGTCTGGCTGGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTACGGGCGGAGCTGGCGCGGACTTGCGACTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGCCTGCATTATCGCCGTTATCCTTTCTTTGCCGCCTTGCGTGAACGCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCGTGGTGGTGTTTATTGCCATGCAAATTCTCGGCGATCAGGAAGTGATGTTATGGCTGGCCTGGCCATTCGATCCAGCACTGAAATTTGAGTTCTGGCGTTACTTCACCCACGCGTTAATGCACTTCTCGCTGATGCATATCCTCTTTAACCTGCTCTGGTGGTGGTATCTCGGCGGTGCGGTGGAAAAACGCCTCGGTAGCGGTAAGCTAATTGTCATTACGCTTATCAGCGCCCTGTTAAGCGGCTATGTGCAGCAAAAATTCAGCGGGCCGTGGTTTGGCGGGCTTTCTGGCGTGGTGTATGCGCTGATGGGCTACGTCTGGCTACGTGGCGAACGCGATCCGCAAAGTGGCATTTACCTGCAACGTGGGTTAATTATCTTTGCGCTGATCTGGATTGTCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGGGATGTCGATGGCGAACGGAGCACACATCGCCGGGTTAGCCGTGGGTTTAGCGATGGCTTTTGTTGATTCGCTCAATGCGCGAAAACGAAAATAA +>group_18516 + 5 ATGTTG 6 5 ATGATTACCTCTTTTGCTAA 7 9 CCCCCGC 10 TCCCCGC 9 8 CCCCCGA 8 TCCCCGA 7 GTGGCGCAGGC 11 G 12 A 11 TTTGTTGATTA 13 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACACAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATA 14 TATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGGGTTATCCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTTACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAAAATA 14 CATGGCGACGCAGGGGGTTATCCTTACGATTCAACAACATA 14 CATGGCAACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTTACGATTCAACAATATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTTACGATTCAACAGCATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATTCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTTACGATTCAACAAAATA 14 TATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATGCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTGATCCTCACGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCGCGATTCAACAACATA 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAACAACATC 14 CATGGCGACGCAGGGTGTTATCCTCACGATTCAAAAACATA 13 ACCAAAGCGA 15 T 16 C 15 GTCTGGCT 17 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTACGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAACGCGTGCGGGCG 18 AGCGGATGAGTCCCAGGCCGAACGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCACAGGCCGAGCGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCACGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTGCGGGTG 18 GGCAGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTACGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTACGGACG 18 GGCGGATGAGCCCCAGGCCGAGCGCGTACGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGTCGAGCGCGTACGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCTCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAATCCCAGGCCGAACGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAATCCCTGGCCGAGCGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAGCGCGTGCGGGCA 18 GGCGGATGAGCCCCAGGCCGAGCGCGTGCGGGCG 18 GGCGGATGAGTCCCAGGCCGAACGCGTGCGGGTG 17 GAGCTGG 19 CG 20 CT 20 TG 19 CGTTTTCTCG 21 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGTCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCACGTTATCTCGCCGCCAGTTGGCAGTCCGGTCATACCGACAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATTCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTCGCCGCCAGTTGGCAGTCCGGTCATACCGACAGTGGC 22 GAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGTTGGCAGTCCGGTCATACCGACAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGCGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCGTACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAAATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCAGGCCATATCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAATGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCGCTTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGTTGGCAGTCCGGTCATACCGACAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGTAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCTGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCAAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCACGTTATCTCGCCGCCAGCTGGCAGTCCGGTCATACCGACAGTGGC 22 AAAACACGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGTCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGAAGTGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCAGCCAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGTGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCGTACCGGCAGTGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGTGGT 22 AAAACCCGGCAGATCCTCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGGCGGGCCATACCGGCAGCGGC 22 AAAACCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCCAGCTGGCAGTCGGGCCATACCGGCAGCGGC 22 AAAATCCGGCAGATCCGCGTTATCTGGCGGCGAGCTGGCAGGCAGGCCATACCGGCAGTGGC 21 CTGCATTATCGCCGTTATC 23 CTTTCTTTGCC 24 CTTTCTTTGCT 24 CCTTCTTTGCT 24 CTTTTTTTGCC 24 CCTTCTTGGCT 24 ATTTCTTTGCT 23 GCCTTGCGTGAAC 25 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGGTGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATTGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGTCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATAGCCTGCG 26 GCGCAGGCCCGGTGACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTGACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGCCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATTATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTTCGGTAACCTGGGTGGTGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACTTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTCACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGCCTGCA 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGGTGATGATCGCATGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGATGATGATCGCCTGTG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGATGATGATGATCGCCTGCG 26 GTGCAGGTCCGGTGACCTGGGTGATGATGATTGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCAGGGTGGTGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGCCCGGTAACCTGGGTGATGATGCTCGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGGGGGTGATGATCGCCTGCG 26 GCGCAGGCCCGGTAACCTGGGTGATGATGATTGCCTGCG 26 GCGCAGGTCCGGTAACCTGGTTGATGATGATCGCCTGCG 26 ACGCAGGTCCGGTAACCTGGGTGGTGATGATCGCCTGCG 25 TGGTGGTGTTTAT 27 CGCCATGC 28 TGCCATGC 28 TACCATGC 28 CGCAATGC 28 TGCCATAC 28 CTCCATGC 27 AAATTCTCGG 29 CGATCAGGAAGTGATGT 30 CGATCAAGAAGTGATGT 30 TGATCAGGAAGTGATGT 30 CGATCAGGAAGTGAGGT 30 CGATCAGGAAGTCATGT 30 CGATCAGGAAGTGATGC 30 CGAGCAGGAAGTGATGT 30 AGATCAGGAAGTGATGT 29 TATGGCTGG 31 CCTGGCCATTCGATCCAACACTGAAA 32 CCTGGCCATTCGATCCGACGCTGAAA 32 CCTGGCCATTCGATCCGACGCTGAAG 32 CCTGGCCATTCGATCCGACACTGAAA 32 CCTGGCCATTCGACCCAACACTGAAA 32 CTTGGCCATTCGATCCGACGCTGAAG 32 CCTGGCCATTCGATCCAGCACTGAAA 32 CCTGGGCCTTCGATCCAACACTGAAA 32 CTTGGCCATTCGATCCAACACTGAAA 32 CTTGGCCATTCGATCCAGCACTGAAA 32 TCTGGCCATTCGATCCAACACTGAAA 32 CCAGGCCATTCGATCCAACACTGAAA 32 CCTGGTCATTCGATCCAACACTGAAA 31 TTTGAGT 33 T 34 C 33 CTGGCGTTACTTCAC 35 37 CCACGCG 38 CCATGCG 37 36 TCATGCA 35 TTAATGCA 39 CTTCTCGCTG 40 CTTCTCACTA 40 CTTCTTGCTG 40 TTTCTCGCTG 39 ATGCATA 41 TCCTC 42 TTCTC 42 TCCTT 42 TCCTA 42 GCCTC 41 TTTAACCTGCT 43 CTGGTGGTGG 45 T 46 A 45 44 CTGGTGGT 44 TTGGTGGTGGT 43 ATCTCGGC 47 49 GGTGCGG 50 GGAGCGG 49 48 GGCGCGG 48 GGTGCGA 48 AGCGCGG 47 TGGAAAA 51 ACGCCTC 52 ACGTCTC 52 ACGCCTT 52 GCGCCTC 51 GGTAGCGG 53 T 54 C 53 AAGCTAATTGT 55 TATTACTCTCATTAGCGC 56 CATTACTCTCATTAGCGC 56 CATTACGCTTATCAGCGC 56 CATTACTCTGATTAGCGC 56 CATTACGCTTATTAGTGC 56 TATTACTCTCATTAGTGC 56 CATCACTCTCATTAGCGC 56 TATTACTCTCATTAGCGG 56 TATTACTCTGATTAGCGC 55 CCTGTTAAG 57 CGGCTATGTGCAGCAAAAATTCAGCGGG 58 CGGCTATGTGCAGCAAAAGTTCAGCGGG 58 TGGCTATGTGCAGCAAAAATTCAGCGGG 58 CGGCTATGTGCAGCAAAAATTCAGCGGA 58 CGGATATGTGCAGCAAAAATTCAGCGGG 58 CGGCTATATGCAGCAAAAATTCAGCGGG 58 CGGCTATGTGCAACAAAAATTCAGCGGG 58 CGGCTATGTGCAGCAAAAATTTAGCGGG 58 CGGCTATGTGCAGCAAAAATTCAGTGGG 57 CCGTGGTT 59 T 60 C 59 GGCGGGCTTTCTGGC 61 GTGGTGTATGCGC 62 GTGGTGTATGCAC 62 GTGGTGTATGCGT 62 GTGGTGTATACGC 62 ATGGTGTATGCGC 62 GTGATGTATGCGC 61 TGATGGG 63 CTACGTCTGGCTACGTGGTGAACG 64 CTACGTCTGGCTACGTGGCGAACG 64 TTACGTCTGGCTACGCGGCGAACG 64 CTACGTCTGGCTACGTGGTGAGCG 64 CTACGTCTGGCTACGCGGCGAACG 64 CTATGTCTGGCTACGTGGCGAACG 64 CTACGTCTGGTTACGTGGCGAACG 64 TTACGTCTGGCTACGTGGCGAACG 64 GTACGTCTGGCTACGCGGCGAACG 64 CTACGTTTGGCTACGTGGCGAACG 64 CTACGTCTGGCTACGTGGTGAATG 64 CTACGTCTGGCTACGTGGCGAACT 64 CTACGTCTGGCTGCGTGGCGAACG 64 CTACGTCTGGCTACGTGGAGAACG 63 CGATCCGCAAAGTG 65 G 66 A 65 CATTTACCTGCAACG 67 TGGGTTAATT 68 AGGGTTAATT 68 TGGGATAATT 68 TGGGTTAATC 67 ATCTTTGC 69 GC 70 GT 70 AC 70 AT 69 TGATCTG 71 GATTG 72 GATTA 72 TATTG 71 TCGCCGGATGGTTTGATTTGTTTGG 73 GATGTCG 74 GATGTCA 74 TATGTCG 73 ATGGCGAACGGAGCACA 75 CATCGCCGGGTTAGCCGTGGGTTTA 76 TATCGCCGGGTTAGCCGTGGGTTTA 76 CATCGCCGGGTTAGCAGTGGGTTTA 76 CATCGCCGGGTTAGCCGTGGGGTTA 76 CATCGCCGGATTAGCCGTGGGTTTA 76 CATCGCCGGGTTAGCCGTGGGTTTC 76 CATCACCGGGTTAGCCGTGGGTTTA 76 CATAGCCGGGTTAGCCGTGGGTTTA 75 GCGATGGC 77 TTTTGTTGATTCGCTCAAT 78 TTTTGTTGATTCGCTTAAT 78 TTTTGTTGTTTCGCTCAAT 78 TTTTTTTGATTCGCTCAAT 78 TTTTGTTGATTCGCTCAAG 78 ATTTGTTGATTCGCTCAAT 77 GCGCGAAAACGAAAATAA diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.gfa.zip b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.gfa.zip new file mode 100644 index 0000000..e4b71e3 Binary files /dev/null and b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.prg.gfa.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.update_DS.zip b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.update_DS.zip new file mode 100644 index 0000000..c456732 Binary files /dev/null and b/tests/integration_tests/data/truth_output/amira_MSAs/amira_MSAs.update_DS.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n/contains_n.update_DS.zip b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n/contains_n.update_DS.zip index 24c8b7d..1e0c23a 100644 Binary files a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n/contains_n.update_DS.zip and b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n/contains_n.update_DS.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_and_RYKMSW/contains_n_and_RYKMSW.update_DS.zip b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_and_RYKMSW/contains_n_and_RYKMSW.update_DS.zip index 97f691d..b50b2ac 100644 Binary files a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_and_RYKMSW/contains_n_and_RYKMSW.update_DS.zip and b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_and_RYKMSW/contains_n_and_RYKMSW.update_DS.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_no_variants/contains_n_no_variants.update_DS.zip b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_no_variants/contains_n_no_variants.update_DS.zip index bcbb2a1..ef542c3 100644 Binary files a/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_no_variants/contains_n_no_variants.update_DS.zip and b/tests/integration_tests/data/truth_output/contains_n_no_variants/contains_n_no_variants.update_DS.zip differ diff --git a/tests/integration_tests/test_from_msa.py b/tests/integration_tests/test_from_msa.py index e121092..23c4980 100644 --- a/tests/integration_tests/test_from_msa.py +++ b/tests/integration_tests/test_from_msa.py @@ -516,3 +516,14 @@ def test___sample_example(self): data_dir / "output/sample_example", ) ) + + def test___amira(self): + options = self.prepare_options("amira_MSAs") + options.input = str(data_dir / "amira_MSAs") + from_msa.run(options) + self.assertTrue( + are_dir_trees_equal( + data_dir / "truth_output/amira_MSAs", + data_dir / "output/amira_MSAs", + ) + ) diff --git a/tests/utils/test_io_utils.py b/tests/utils/test_io_utils.py index 5d97a67..650e5fa 100644 --- a/tests/utils/test_io_utils.py +++ b/tests/utils/test_io_utils.py @@ -1,40 +1,114 @@ +from io import StringIO from pathlib import Path from unittest import TestCase from unittest.mock import patch +from Bio import AlignIO +from Bio.Align import MultipleSeqAlignment + from make_prg.utils.io_utils import ( get_temp_dir_for_multiprocess, load_alignment_file, zip_set_of_files, ) from make_prg.utils.misc import equal_msas +from make_prg.utils.seq_utils import get_majority_consensus_from_MSA from tests.test_helpers import are_zip_files_equal, make_alignment workdir = Path("tests/data/utils/io_utils/") class Test_load_alignment_file(TestCase): - def test___load_alignment_file___load_fasta(self): - expected = make_alignment( + def setUp(self): + # Define a couple of MSAs for testing purposes + self.msa1 = make_alignment( + ["ATGCN", "ATGCG", "ATGCT"], + ["seq1", "seq2", "seq3"], + ) + self.sample_msa = make_alignment( ["ACGT", "ACGT", "A--C", "A--G", "C---"], ["seq1", "seq2", "seq3", "seq4", "seq5"], ) + + def test___load_alignment_file___load_fasta(self): actual = load_alignment_file( workdir / "load_alignment_file/sample_msa.fa", "fasta" ) - self.assertTrue(equal_msas(expected, actual)) + self.assertTrue(equal_msas(self.sample_msa, actual)) def test___load_alignment_file___load_fasta_gz(self): - expected = make_alignment( - ["ACGT", "ACGT", "A--C", "A--G", "C---"], - ["seq1", "seq2", "seq3", "seq4", "seq5"], - ) actual = load_alignment_file( workdir / "load_alignment_file/sample_msa.fa.gz", "fasta" ) - self.assertTrue(equal_msas(expected, actual)) + self.assertTrue(equal_msas(self.sample_msa, actual)) + + def test___load_alignment_file___alignment_with_N(self): + # Convert the MSA to a string in FASTA format + msa_string = StringIO() + AlignIO.write(self.msa1, msa_string, "fasta") + msa_string.seek(0) + + # Load the alignment + alignment = load_alignment_file(msa_string, "fasta") + + # Check the type of the returned object + self.assertIsInstance(alignment, MultipleSeqAlignment) + + # Check that the sequences are upper case + for record in alignment: + self.assertEqual(record.seq, record.seq.upper()) + + # Check that 'N' has been replaced by the consensus + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(alignment) + for record in alignment: + for i, nucleotide in enumerate(str(record.seq)): + if nucleotide == "N": + self.assertEqual(nucleotide, consensus[i]) + + def test___load_alignment_file___invalid_format(self): + # Convert the MSA to a string in a format not supported by AlignIO + msa_string = StringIO() + msa_string.write(str(self.msa1)) + msa_string.seek(0) + + # Attempt to load the alignment + with self.assertRaises(ValueError): + load_alignment_file(msa_string, "invalid_format") + + def test___load_alignment_file___file_not_exists(self): + with self.assertRaises(FileNotFoundError): + load_alignment_file("nonexistent_file.fa", "fasta") + + def test___load_alignment_file___empty_alignment(self): + with self.assertRaises(ValueError): + msa_string = StringIO() + AlignIO.write(MultipleSeqAlignment([]), msa_string, "fasta") + msa_string.seek(0) + load_alignment_file(msa_string, "fasta") + + def test___load_alignment_file___all_Ns(self): + msa_string = StringIO() + AlignIO.write( + make_alignment(["NNNN", "NNNN"], ["seq1", "seq2"]), msa_string, "fasta" + ) + msa_string.seek(0) + alignment = load_alignment_file(msa_string, "fasta") + for record in alignment: + self.assertTrue(len(record.seq) == 4 and "N" not in record.seq) + for char in record.seq: + self.assertIn(char, "ACGT") + + def test___load_alignment_file___large_alignment(self): + msa_string = StringIO() + large_alignment = make_alignment( + ["ACGT" * 250] * 100, [f"seq{i}" for i in range(100)] + ) + AlignIO.write(large_alignment, msa_string, "fasta") + msa_string.seek(0) + alignment = load_alignment_file(msa_string, "fasta") + self.assertEqual(len(alignment), 100) class Test_get_temp_dir_for_multiprocess(TestCase): diff --git a/tests/utils/test_seq_utils.py b/tests/utils/test_seq_utils.py index 893a7ab..73ecbad 100644 --- a/tests/utils/test_seq_utils.py +++ b/tests/utils/test_seq_utils.py @@ -1,5 +1,6 @@ from unittest import TestCase +from make_prg import MSA from make_prg.utils.misc import equal_msas from make_prg.utils.seq_utils import ( GAP, @@ -10,6 +11,7 @@ count, get_alignment_seqs, get_consensus_from_MSA, + get_majority_consensus_from_MSA, get_number_of_unique_gapped_sequences, get_number_of_unique_ungapped_sequences, has_empty_sequence, @@ -481,7 +483,7 @@ def test___remove_columns_full_of_gaps_from_MSA___some_gaps___two_columns_remove class TestSeqIteration(TestCase): input_seqs = ["TTAGGTTT", "TTA--TTT", "GGA-TTTT"] - def test_get_seqs_from_alignment(self): + def test___get_seqs_from_alignment(self): msa = make_alignment(self.input_seqs) expected = self.input_seqs @@ -489,7 +491,7 @@ def test_get_seqs_from_alignment(self): self.assertEqual(expected, actual) - def test_count_alignment_seqs(self): + def test___count_alignment_seqs(self): msa = make_alignment(self.input_seqs) expected = 3 @@ -560,3 +562,68 @@ def test___get_consensus_from_MSA___all_gap_nonmatch(self): actual = get_consensus_from_MSA(alignment) self.assertEqual(expected, actual) + + +class TestGetMajorityConsensusFromMSA(TestCase): + def setUp(self): + # Create some sample alignments for testing + self.empty_alignment = MSA([]) + self.all_N_alignment = make_alignment(["NNNN", "NNNN"], ["seq1", "seq2"]) + self.one_N_one_base_alignment = make_alignment( + ["NNNN", "ACGT"], ["seq1", "seq2"] + ) + self.with_some_columns_full_of_gaps_and_Ns = make_alignment( + ["ANG-", "ANG-", "ANN-", "A---", "C---"], + ["seq1", "seq2", "seq3", "seq4", "seq5"], + ) + self.sample_alignment = make_alignment( + ["ACGT", "ACGT", "A--C", "A--G", "C---"], + ["seq1", "seq2", "seq3", "seq4", "seq5"], + ) + self.lower_case_sample_alignment = make_alignment( + ["acgt", "acgt", "a--c", "a--g", "c---"], + ["seq1", "seq2", "seq3", "seq4", "seq5"], + ) + self.equally_likely_bases = make_alignment( + ["AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA", "CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC"], + ["seq1", "seq2"], + ) + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___empty_alignment(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.empty_alignment) + self.assertEqual(consensus, "") + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___all_Ns(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.all_N_alignment) + for char in consensus: + self.assertIn(char, "ACGT") + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___one_N_one_base(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.one_N_one_base_alignment) + self.assertEqual(consensus, "ACGT") # The consensus should be the base sequence + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___with_some_columns_full_of_gaps_and_Ns( + self, + ): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA( + self.with_some_columns_full_of_gaps_and_Ns + ) + self.assertEqual(consensus, "AAGC") # The consensus should be the base sequence + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___sample_alignment(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.sample_alignment) + self.assertEqual( + consensus, "ACGT" + ) # The consensus should be the most common base at each position + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___lower_case_sample_alignment(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.lower_case_sample_alignment) + self.assertEqual( + consensus, "ACGT" + ) # The consensus should be the most common base at each position + + def test___get_majority_consensus_from_MSA___equally_likely_bases(self): + consensus = get_majority_consensus_from_MSA(self.equally_likely_bases) + self.assertEqual( + set(consensus), {"A", "C"} + ) # A and C should be chosen at random