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FROM jupyter/scipy-notebook:2022-02-17
EXPOSE 8888
#############################################
## ROOT ##
## Install npm ##
#############################################
USER root
RUN apt-get update && apt-get install -y npm
#############################################
## $NB_USER ##
## Install python libraries ##
#############################################
USER $NB_USER
RUN conda install -c conda-forge jupyterlab=3.4 nodejs=16 && \
npm install -g yarn
#############################################
## $NB_USER ##
## install ipyuploads repo ##
#############################################
RUN pip install ipyuploads
#############################################
## $NB_USER ##
## install nbtools ##
#############################################
RUN pip install nbtools && \
jupyter nbextension install --py nbtools --sys-prefix && \
jupyter nbextension enable --py nbtools --sys-prefix
#############################################
## $NB_USER ##
## Install GiN ##
#############################################
RUN pip install bioblend && \
pip install galaxy-gin==0.1.0a8 && \
jupyter nbextension install --py --symlink --overwrite --sys-prefix GiN && \
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix GiN
#############################################
## $NB_USER ##
## Install genepattern-notebook ##
#############################################
RUN pip install genepattern-notebook
#############################################
## $NB_USER ##
## Launch lab by default ##
#############################################
ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
ENV TERM xterm