From 0f66dbbee163f8362ae1b8114725f542ed6dec30 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Julien Malard Date: Tue, 7 Feb 2017 11:41:39 -0500 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?M=C3=A1s=20trabajo.?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- docs/source/Clima.rst | 4 ++-- docs/source/RAE.rst | 2 +- docs/source/docs_profund.rst | 2 +- docs/source/{ => docu_fuente}/Coso.rst | 0 docs/source/ejemplos.rst | 4 ++-- docs/source/index.rst | 2 +- docs/source/uso_sencillo.rst | 4 ++-- tikon/RAE/RedAE.py | 24 +++++++++++++----------- 8 files changed, 22 insertions(+), 20 deletions(-) rename docs/source/{ => docu_fuente}/Coso.rst (100%) diff --git a/docs/source/Clima.rst b/docs/source/Clima.rst index 6e3b6588..5fe30fb1 100644 --- a/docs/source/Clima.rst +++ b/docs/source/Clima.rst @@ -1,4 +1,4 @@ -Clima (Clima y y meteorología) -============================== +Clima y meteorología (Clima) +============================ Poner la documentación aquí. \ No newline at end of file diff --git a/docs/source/RAE.rst b/docs/source/RAE.rst index c92d5639..d29b948d 100644 --- a/docs/source/RAE.rst +++ b/docs/source/RAE.rst @@ -1,4 +1,4 @@ -Redes Agroecológicas (RAE) +RAE (Redes Agroecológicas) ========================== .. toctree:: diff --git a/docs/source/docs_profund.rst b/docs/source/docs_profund.rst index fcd96caf..59d4c404 100644 --- a/docs/source/docs_profund.rst +++ b/docs/source/docs_profund.rst @@ -4,6 +4,6 @@ Cosas complicadas .. toctree:: :maxdepth: 2 - Coso + docu_fuente/Coso Simulable mat \ No newline at end of file diff --git a/docs/source/Coso.rst b/docs/source/docu_fuente/Coso.rst similarity index 100% rename from docs/source/Coso.rst rename to docs/source/docu_fuente/Coso.rst diff --git a/docs/source/ejemplos.rst b/docs/source/ejemplos.rst index ef908543..c08b8b8d 100644 --- a/docs/source/ejemplos.rst +++ b/docs/source/ejemplos.rst @@ -1,4 +1,4 @@ -Ejemplos con Tiko'n -=================== +Ejemplos +======== Escribir ejemplos aquí. \ No newline at end of file diff --git a/docs/source/index.rst b/docs/source/index.rst index ba28224c..23cb312b 100644 --- a/docs/source/index.rst +++ b/docs/source/index.rst @@ -7,7 +7,7 @@ Tiko'n ====== .. toctree:: - :maxdepth: 3 + :maxdepth: 2 intro instal diff --git a/docs/source/uso_sencillo.rst b/docs/source/uso_sencillo.rst index c6dc0836..0588b825 100644 --- a/docs/source/uso_sencillo.rst +++ b/docs/source/uso_sencillo.rst @@ -1,5 +1,5 @@ -Uso normal de Tiko'n -==================== +Uso normal +========== .. toctree:: :maxdepth: 3 diff --git a/tikon/RAE/RedAE.py b/tikon/RAE/RedAE.py index f84015f6..42a8892d 100644 --- a/tikon/RAE/RedAE.py +++ b/tikon/RAE/RedAE.py @@ -44,7 +44,7 @@ def __init__(símismo, nombre, organismos=None, proyecto=None, fuente=None): super().__init__(nombre=nombre, proyecto=proyecto, fuente=fuente) # La información necesaria para recrear la Red - símismo.receta['estr']['Organismos'] ={} + símismo.receta['estr']['Organismos'] = {} # Unas referencias internas para facilitar el manejo de la red. símismo.organismos = {} # Para guardar una referencia a los objetos de los organismos en la red @@ -282,7 +282,7 @@ def actualizar(símismo): n_etp_hués = d_etp_hués['posición'] # El índice de la etapa fantasma - n_etp_fant = len(símismo.etapas) - 1 + n_etp_fant = len(símismo.etapas) # El nombre de la etapa hospedera original nombre_etp_hués = d_etp_hués['nombre'] @@ -609,10 +609,10 @@ def _calc_depred(símismo, pobs, extrn, paso): elif tipo_ec == 'Kovai': # Depredación de respuesta funcional de asíntota doble (ecuación Kovai). dens_depred = dens[:, :, :, n] # La población de esta etapa (depredador) - ratio = dens/dens_depred[..., np.newaxis] + ratio = dens / dens_depred[..., np.newaxis] - np.multiply(cf['a']*np.subtract(1, np.exp(-1/cf['a']*np.where(ratio == np.inf, [0], ratio))), - np.square(dens)/(np.square(dens)+cf['b']), + np.multiply(cf['a'] * np.subtract(1, np.exp(-1 / cf['a'] * np.where(ratio == np.inf, [0], ratio))), + np.square(dens) / (np.square(dens) + cf['b']), out=depred_etp) # Ajustar por la presencia de múltiples presas @@ -651,7 +651,6 @@ def _calc_depred(símismo, pobs, extrn, paso): if n in símismo.fantasmas: # Si la etapa tiene etapas fantasmas, hacer las transiciones apropiadas a cada etapa fantasma for n_fant in símismo.fantasmas[n]: - # Sacar el cohorte recipiente recip = símismo.predics['Cohortes'][n_fant] @@ -1810,6 +1809,9 @@ def _gen_dic_matr_predic(n_parc, n_rep_estoc, n_rep_parám, n_etps, n_pasos, i_c return dic + def especificar_apriori(símismo, **kwargs): + raise NotImplementedError('No hay parámetros para especificar en una Red.') + # Funciones auxiliares @@ -2016,15 +2018,15 @@ def añadir_a_cohorte(dic_cohorte, nuevos, edad=None): # SI no se especifica la edad, se supone una edad de 0. if edad is None: - ed = {'Trans': 0, 'Repr': 0} + edad = {'Trans': 0, 'Repr': 0} # Primero, hay que ver si hay suficientemente espacio en la matriz de cohortes. try: - primer_vacío = np.where(dic_cohorte['Pobs'] == 0)[0][0] # El primero vacío + primer_vacío = np.where(np.sum(dic_cohorte['Pobs'], axis=(1, 2, 3)) == 0)[0] # El primero vacío except IndexError: - # Si no había ligar, desdoblar el tañano de las matrices de cohortes + # Si no había lugar, desdoblar el tañano de las matrices de cohortes - primer_vacío = dic_cohorte['Pobs'].shape[0] # El primero vacío (que vamos a crear) + primer_vacío = dic_cohorte['Pobs'].shape[0] # El primer vacío (que vamos a crear) np.append(dic_cohorte['Pobs'], np.zeros_like(dic_cohorte['Pobs']), axis=0) # Extender cada matriz de edades también @@ -2131,7 +2133,7 @@ def probs_conj(matr, eje, pesos=1, máx=1): ratio = np.divide(ajustados, np.expand_dims(máx, eje)) np.multiply(np.expand_dims(np.divide(np.subtract(1, np.product( - np.subtract(1, np.where(np.isnan(ratio), 0, ratio)), axis=eje)), + np.subtract(1, np.where(np.isnan(ratio), [0], ratio)), axis=eje)), np.nansum(ratio, axis=eje) ), axis=eje),