From 6793bdec2fcd6078a907460c68cd1bdec3e65da3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: julienmalard Date: Wed, 14 Sep 2022 13:24:38 +0200 Subject: [PATCH] Progreso con tipos MyPy --- .gitignore | 4 + poetry.lock | 161 ++++++++++-------- pruebas/test_central/test_modelo_calib.py | 2 +- pruebas/test_central/test_modelo_funcs_ecs.py | 4 +- pruebas/test_ecs/test_dists.py | 41 ++--- pyproject.toml | 11 +- tikon/__init__.py | 5 +- "tikon/central/par\303\241ms_exper.py" | 3 +- tikon/central/res.py | 3 +- tikon/datos/valid.py | 2 +- tikon/ecs/aprioris.py | 17 +- tikon/ecs/dists/__init__.py | 2 +- tikon/ecs/dists/anlt.py | 153 ++++++++++------- tikon/ecs/dists/dibs.py | 8 +- tikon/ecs/dists/dists.py | 107 +++++++----- tikon/ecs/dists/trz.py | 53 +++--- tikon/ecs/dists/utils.py | 45 +++-- "tikon/ecs/par\303\241ms.py" | 58 ++++--- tikon/ecs/utils.py | 2 +- "tikon/ecs/\303\241rb_coso.py" | 16 +- "tikon/ecs/\303\241rb_m\303\263d.py" | 12 +- .../proyectos/lotka_volterra/__init__.py | 0 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a/pruebas/test_ecs/test_dists.py b/pruebas/test_ecs/test_dists.py index 94981494..13c8c50e 100644 --- a/pruebas/test_ecs/test_dists.py +++ b/pruebas/test_ecs/test_dists.py @@ -1,5 +1,6 @@ import unittest import warnings +from typing import cast import numpy as np import numpy.testing as npt @@ -7,9 +8,9 @@ from matplotlib.figure import Figure as Figura from numpy import exp from scipy.special import expit -from tikon.ecs.dists import DistAnalítica, DistTraza, Dist, MnjdrDists, dibujar_dist +from tikon.ecs.dists import DistAnalítica, DistTraza, Dist, ManejadorDists, dibujar_dist from tikon.ecs.dists.anlt import TransfDist -from tikon.utils import proc_líms +from tikon.ecs.dists.utils import proc_líms class PruebaDistAnalítica(unittest.TestCase): @@ -187,7 +188,7 @@ def test_conv_dic(): class PruebaDistTraza(unittest.TestCase): @classmethod def setUpClass(cls): - cls.n = n = 10000 + cls.n = n = 100000 trz = np.random.normal(0, 1, n) cls.dist = DistTraza(trz) @@ -217,65 +218,65 @@ def test_obt_vals_índ_matr(símismo): npt.assert_equal(símismo.dist.obt_vals_índ(índs), símismo.dist.trz[índs]) def test_conv_dic(símismo): - dist = Dist.de_dic(símismo.dist.a_dic()) + dist = cast(DistTraza, Dist.de_dic(símismo.dist.a_dic())) npt.assert_allclose(dist.trz, símismo.dist.trz) npt.assert_allclose(dist.pesos, símismo.dist.pesos) def test_error_pesos(símismo): with símismo.assertRaises(ValueError): - DistTraza(trz=np.arange(12), pesos=np.random.random(símismo.n + 1)) + DistTraza(trz=np.arange(12), pesos=np.random.rand(símismo.n + 1)) class PruebaMnjdrDists(unittest.TestCase): def test_base(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) mnjdr.actualizar(dist) símismo.assertIs(dist, mnjdr.obt_val()) def test_borrar(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) mnjdr.actualizar(dist) mnjdr.actualizar(None) símismo.assertIsNone(mnjdr.obt_val()) def test_índs(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) - mnjdr.actualizar(dist, índs=['a', 'b']) + mnjdr.actualizar(dist, índices=['a', 'b']) símismo.assertIs(dist, mnjdr.obt_val(['a', 'b'])) def test_índs_no_existen(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) mnjdr.actualizar(dist) - símismo.assertIsNone(mnjdr.obt_val(índs=['hola'], heredar=False)) - símismo.assertIs(dist, mnjdr.obt_val(índs=['hola'])) + símismo.assertIsNone(mnjdr.obt_val(índices=['hola'], heredar=False)) + símismo.assertIs(dist, mnjdr.obt_val(índices=['hola'])) def test_índs_herencia(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) - mnjdr.actualizar(dist, índs='a') + mnjdr.actualizar(dist, índices='a') símismo.assertIs(dist, mnjdr.obt_val(['a', 'b'])) def test_índs_sin_herencia(símismo): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist = DistAnalítica(estad.norm()) - mnjdr.actualizar(dist, índs=['a']) + mnjdr.actualizar(dist, índices=['a']) símismo.assertIsNone(mnjdr.obt_val(['a', 'b'], heredar=False)) @staticmethod def test_conv_dic(): - mnjdr = MnjdrDists() + mnjdr = ManejadorDists() dist0 = DistAnalítica(estad.norm()) dista = DistAnalítica(estad.gamma(1)) distb = DistAnalítica(estad.norm(3, 4)) mnjdr.actualizar(dist0) - mnjdr.actualizar(dista, índs=['a']) - mnjdr.actualizar(distb, índs=['a', 'b']) - nuevo = MnjdrDists.de_dic(mnjdr.a_dic()) + mnjdr.actualizar(dista, índices=['a']) + mnjdr.actualizar(distb, índices=['a', 'b']) + nuevo = ManejadorDists.de_dic(mnjdr.a_dic()) p = .95 npt.assert_equal(mnjdr.obt_val().aprox_líms(p), nuevo.obt_val().aprox_líms(p)) npt.assert_equal(mnjdr.obt_val('a').aprox_líms(p), nuevo.obt_val('a').aprox_líms(p)) diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index 44e52f65..719aa969 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -6,7 +6,7 @@ authors = ["Julien Jean Malard-Adam "] license = "AGPL-v3.0" [tool.poetry.dependencies] -python = "^3.9,<3.11" +python = ">=3.10,<3.12" numpy = "^1.23.2" scipy = "^1.9.1" pandas = "^1.4.4" @@ -31,7 +31,14 @@ bibtexparser = "^1.2.0" frozendict = "^2.3.4" [tool.poetry.group.dev.dependencies] -mypy = "^0.971" +mypy = {git = "https://github.com/python/mypy.git"} +data-science-types = "^0.2.23" +pyright = "^1.1.270" + +[tool.mypy] +plugins = "numpy.typing.mypy_plugin" +follow_imports = "silent" +ignore_missing_imports = true [build-system] requires = ["poetry-core>=1.0.0"] diff --git a/tikon/__init__.py b/tikon/__init__.py index f76558ba..f3813cc4 100644 --- a/tikon/__init__.py +++ b/tikon/__init__.py @@ -5,8 +5,5 @@ with open(resource_filename('tikon', 'versión.txt')) as archivo_versión: __versión__ = __version__ = archivo_versión.read().strip() -# Numpy nos da un montón de errores que no nos importan en Tiko'n. -np.warnings.filterwarnings('ignore') - -__autor__ = 'Julien Malard' +__autor__ = 'Julien Malard-Adam' __correo__ = 'julien.malard@mail.mcgill.ca' diff --git "a/tikon/central/par\303\241ms_exper.py" "b/tikon/central/par\303\241ms_exper.py" index 87a9c2df..336587d1 100644 --- "a/tikon/central/par\303\241ms_exper.py" +++ "b/tikon/central/par\303\241ms_exper.py" @@ -5,7 +5,8 @@ from tikon.ecs.aprioris import APrioriDens, APrioriDist from tikon.ecs.paráms import ValsParámCoso, ValsParámCosoInter, MatrParám from tikon.ecs.árb_coso import ParámCoso -from tikon.utils import proc_líms, EJE_PARÁMS, EJE_ESTOC, EJE_TIEMPO +from tikon.utils import EJE_PARÁMS, EJE_ESTOC, EJE_TIEMPO +from ..ecs.dists.utils import proc_líms from .datos import DatosVar, DatosMód diff --git a/tikon/central/res.py b/tikon/central/res.py index d8847b1b..8ec220ea 100644 --- a/tikon/central/res.py +++ b/tikon/central/res.py @@ -9,7 +9,8 @@ from tikon.datos.dibs import graficar_res from tikon.datos.valid import ValidÍnds, ValidRes from tikon.ecs.aprioris import APrioriDens -from tikon.utils import proc_líms, EJE_PARÁMS, EJE_ESTOC, EJE_TIEMPO, guardar_json, asegurar_dir_existe, asegurar_ext +from tikon.utils import EJE_PARÁMS, EJE_ESTOC, EJE_TIEMPO, guardar_json, asegurar_dir_existe, asegurar_ext +from tikon.ecs.dists.utils import proc_líms class Resultado(PlantillaSimul): diff --git a/tikon/datos/valid.py b/tikon/datos/valid.py index d765f78e..a1424279 100644 --- a/tikon/datos/valid.py +++ b/tikon/datos/valid.py @@ -29,7 +29,7 @@ def __init__(símismo, criterios, peso, índs): super().__init__(criterios, peso) def a_dic(símismo): - return {'índs': {ll: str(v) for ll, v in símismo.índs.items()}, **super().a_dic()} + return {'índices': {ll: str(v) for ll, v in símismo.índs.items()}, **super().a_dic()} class ValidRes(PlantillaValid): diff --git a/tikon/ecs/aprioris.py b/tikon/ecs/aprioris.py index 1ccaa86c..490a1307 100644 --- a/tikon/ecs/aprioris.py +++ b/tikon/ecs/aprioris.py @@ -1,31 +1,38 @@ +from typing import Optional + +from numpy.typing import ArrayLike +from scipy.stats._distn_infrastructure import rv_continuous_frozen + from .dists import DistAnalítica from .dists import líms_dist +from .dists.utils import Líms_Con_None from .utils import líms_compat +from ..tipos import Tipo_Valor_Numérico class APriori(object): - def dist(símismo, líms): + def dist(símismo, líms: Optional[Líms_Con_None]) -> DistAnalítica: raise NotImplementedError class APrioriDens(APriori): - def __init__(símismo, rango, certidumbre): + def __init__(símismo, rango: Optional[Líms_Con_None], certidumbre: Tipo_Valor_Numérico): símismo.rango = rango símismo.cert = certidumbre - def dist(símismo, líms): + def dist(símismo, líms: Optional[Líms_Con_None]) -> DistAnalítica: return DistAnalítica.de_dens(símismo.cert, símismo.rango, líms=líms) class APrioriDist(APriori): - def __init__(símismo, dist): + def __init__(símismo, dist: DistAnalítica | str | rv_continuous_frozen): símismo._dist = dist if isinstance(dist, DistAnalítica): símismo._líms_dist = dist.líms else: símismo._líms_dist = líms_dist(dist) - def dist(símismo, líms): + def dist(símismo, líms: Optional[Líms_Con_None]) -> DistAnalítica: líms_compat(símismo._líms_dist, líms) return símismo._dist if isinstance(símismo._dist, DistAnalítica) else DistAnalítica(símismo._dist) diff --git a/tikon/ecs/dists/__init__.py b/tikon/ecs/dists/__init__.py index eb4f85a7..f2ecb380 100644 --- a/tikon/ecs/dists/__init__.py +++ b/tikon/ecs/dists/__init__.py @@ -1,5 +1,5 @@ from .anlt import DistAnalítica -from .dists import Dist, MnjdrDists +from .dists import Dist, ManejadorDists from .trz import DistTraza from .utils import líms_dist, obt_nombre from .dibs import dibujar_dist diff --git a/tikon/ecs/dists/anlt.py b/tikon/ecs/dists/anlt.py index cdd91c79..7447fc04 100644 --- a/tikon/ecs/dists/anlt.py +++ b/tikon/ecs/dists/anlt.py @@ -1,20 +1,37 @@ +from typing import Union, Optional, TypedDict, Any, cast from warnings import warn as avisar import numpy as np +from matplotlib.axes import Axes from scipy import stats as estad from scipy.special import expit, logit from scipy.stats._continuous_distns import FitDataError +from scipy.stats._distn_infrastructure import rv_continuous_frozen +from typing_extensions import NotRequired from tikon.ecs.dists import utils -from tikon.ecs.dists.dists import Dist, _escl_inf, _dist_mu +from tikon.ecs.dists.dibs import dibujar_dist +from tikon.ecs.dists.dists import Dist, _escala_inf, _dist_mu, DicDist +from tikon.ecs.dists.utils import obt_scipy, obt_nombre, obt_prms_obj_scipy, líms_dist, clase_scipy, prms_dist, \ + proc_líms, \ + Líms_Con_None, Líms_Numéricas from tikon.ecs.utils import líms_compat -from tikon.utils import proc_líms -from .dibs import dibujar_dist -from .utils import obt_scipy, obt_nombre, obt_prms_obj_scipy, líms_dist, clase_scipy, prms_dist +from tikon.tipos import Tipo_Matriz_Numérica, Tipo_Matriz_Núm_Entero, Tipo_Valor_Numérico + + +class DicDistAnalítica(DicDist, TypedDict): + transf: Optional["DicTransfDist"] + paráms: tuple[tuple, Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Valor_Numérico] + dist: str class DistAnalítica(Dist): - def __init__(símismo, dist, transf=None): + dist: rv_continuous_frozen + _transf: Optional["TransfDist"] + paráms = tuple[tuple, int | float, int | float] + líms: tuple[Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Valor_Numérico] + + def __init__(símismo, dist: rv_continuous_frozen, transf: "TransfDist" = None): símismo.nombre_dist = obt_nombre(dist) paráms = obt_prms_obj_scipy(dist) @@ -31,16 +48,16 @@ def __init__(símismo, dist, transf=None): símismo.líms = tuple(símismo.transf_vals(np.array(líms_dist(símismo.dist)))) - def obt_vals(símismo, n): + def obt_vals(símismo, n: int) -> Tipo_Matriz_Numérica: return símismo.transf_vals(símismo.dist.rvs(n)) - def obt_vals_índ(símismo, í): + def obt_vals_índ(símismo, í: Tipo_Matriz_Núm_Entero) -> Tipo_Matriz_Numérica: return símismo.obt_vals(n=len(í)) - def tmñ(símismo): + def tmñ(símismo) -> Union[int, float]: return np.inf - def aprox_líms(símismo, prc): + def aprox_líms(símismo, prc) -> np.ndarray[Any, np.dtype[np.number]]: # Las superficies de las colas que hay que dejar afuera del rango de los límites colas = ((1 - prc) / 2, 0.5 + prc / 2) @@ -49,86 +66,93 @@ def aprox_líms(símismo, prc): return símismo.transf_vals(líms_d) - def transf_vals(símismo, vals): + def transf_vals(símismo, vals: Tipo_Matriz_Numérica) -> Tipo_Matriz_Numérica: if símismo._transf is not None: vals = símismo._transf.transf(vals) return vals - def dibujar(símismo, nombre=None, ejes=None, argsll=None): + def dibujar(símismo, nombre=None, ejes=None, argsll=None) -> Axes: return dibujar_dist(símismo, nombre=nombre or símismo.nombre_dist, ejes=ejes, argsll=argsll) - def a_dic(símismo): - return { - 'tipo': símismo.__class__.__name__, - '_transf': símismo._transf.a_dic() if símismo._transf else None, - 'dist': símismo.nombre_dist, - 'paráms': símismo.paráms - } + def a_dic(símismo) -> DicDistAnalítica: + return DicDistAnalítica( + tipo=símismo.__class__.__name__, + transf=símismo._transf.a_dic() if símismo._transf else None, + dist=símismo.nombre_dist, + paráms=símismo.paráms + ) @classmethod - def de_dic(cls, dic): - transf = TransfDist.de_dic(dic['_transf']) if dic['_transf'] else None - dist_sp = obt_scipy(dic['dist'], dic['paráms']) + def de_dic(cls, dic: DicDist) -> "DistAnalítica": + if dic["tipo"] != "DistAnalítica": + raise ValueError(dic) + + dicDistAnalítica = cast(DicDistAnalítica, dic) + transf = TransfDist.de_dic(dicDistAnalítica['transf']) if dicDistAnalítica['transf'] else None + dist_sp = obt_scipy(dicDistAnalítica['dist'], dicDistAnalítica['paráms']) return cls(dist=dist_sp, transf=transf) @classmethod - def de_líms(cls, líms): + def de_líms(cls, líms: Optional[Líms_Con_None]) -> "DistAnalítica": líms = proc_líms(líms) if líms[0] == -np.inf: if líms[1] == np.inf: - return DistAnalítica(dist=estad.norm(), transf=TransfDist(None, ubic=0, escl=_escl_inf)) + return DistAnalítica(dist=estad.norm(), transf=TransfDist(None, ubic=0, escl=_escala_inf)) - return DistAnalítica(dist=estad.expon(), transf=TransfDist(None, ubic=líms[1], escl=-_escl_inf)) + return DistAnalítica(dist=estad.expon(), transf=TransfDist(None, ubic=líms[1], escl=-_escala_inf)) if líms[1] == np.inf: - return DistAnalítica(dist=estad.expon(), transf=TransfDist(None, ubic=líms[0], escl=_escl_inf)) + return DistAnalítica(dist=estad.expon(), transf=TransfDist(None, ubic=líms[0], escl=_escala_inf)) return DistAnalítica(dist=estad.uniform(), transf=TransfDist(None, ubic=líms[0], escl=líms[1] - líms[0])) @classmethod - def de_dens(cls, dens, líms_dens, líms): - líms_dens = np.array(proc_líms(líms_dens)) - líms = np.array(proc_líms(líms)) - líms_compat(líms_dens, líms) + def de_dens( + cls, dens: int | float, líms_dens: Optional[Líms_Con_None], + líms: Optional[Líms_Con_None] + ) -> "DistAnalítica": + líms_dens_resueltas = np.array(proc_líms(líms_dens)) + líms_resueltas = np.array(proc_líms(líms)) + líms_compat(líms_dens_resueltas, líms_resueltas) if dens == 1: - if np.isinf(líms_dens[0]) or np.isinf(líms_dens[1]): + if np.isinf(líms_dens_resueltas[0]) or np.isinf(líms_dens_resueltas[1]): raise ValueError( - 'No se puede especificar densidad de 1 con rango ilimitado como "{}".'.format(líms_dens) + 'No se puede especificar densidad de 1 con rango ilimitado como "{}".'.format(líms_dens_resueltas) ) return DistAnalítica( - dist=estad.uniform(), transf=TransfDist(None, ubic=líms_dens[0], escl=líms_dens[1] - líms_dens[0]) + dist=estad.uniform(), transf=TransfDist(None, ubic=líms_dens_resueltas[0], escl=líms_dens_resueltas[1] - líms_dens_resueltas[0]) ) elif dens <= 0 or dens > 1: raise ValueError('La densidad debe ser en (0, 1].') - if líms[0] == -np.inf: - if líms[1] == np.inf: + if líms_resueltas[0] == -np.inf: + if líms_resueltas[1] == np.inf: transf = None else: - escl = (líms[1] - líms_dens[1]) or ((líms[1] - líms_dens[0]) if líms_dens[0] != -np.inf else 1) - transf = TransfDist('LnExp', ubic=líms[1], escl=-escl) + escl = (líms_resueltas[1] - líms_dens_resueltas[1]) or ((líms_resueltas[1] - líms_dens_resueltas[0]) if líms_dens_resueltas[0] != -np.inf else 1) + transf = TransfDist('LnExp', ubic=líms_resueltas[1], escl=-escl) - elif líms[1] == np.inf: - escl = (líms_dens[0] - líms[0]) or ((líms_dens[1] - líms[0]) if líms_dens[1] != np.inf else 1) - transf = TransfDist('LnExp', ubic=líms[0], escl=escl) + elif líms_resueltas[1] == np.inf: + escl = (líms_dens_resueltas[0] - líms_resueltas[0]) or ((líms_dens_resueltas[1] - líms_resueltas[0]) if líms_dens_resueltas[1] != np.inf else 1) + transf = TransfDist('LnExp', ubic=líms_resueltas[0], escl=escl) else: - transf = TransfDist('Expit', ubic=líms[0], escl=líms[1] - líms[0]) + transf = TransfDist('Expit', ubic=líms_resueltas[0], escl=líms_resueltas[1] - líms_resueltas[0]) if transf is None: - líms_dens_intern = líms_dens + líms_dens_intern = líms_dens_resueltas else: - líms_dens_intern = transf.transf_inv(líms_dens) + líms_dens_intern = transf.transf_inv(líms_dens_resueltas) líms_dens_intern.sort() if líms_dens_intern[0] == -np.inf: if líms_dens_intern[1] == np.inf: raise ValueError( 'Rangos idénticos como {r1} y {r2} no pueden tener densidad inferior a ' - '1.'.format(r1=líms, r2=líms_dens) + '1.'.format(r1=líms_resueltas, r2=líms_dens_resueltas) ) mu = líms_dens_intern[1] - _dist_mu sg = -_dist_mu / estad.norm.ppf(1 - dens) @@ -144,7 +168,7 @@ def de_dens(cls, dens, líms_dens, líms): return DistAnalítica(estad.norm(loc=mu, scale=sg), transf=transf) @classmethod - def de_traza(cls, trz, líms, permitidas=None): + def de_traza(cls, trz: Tipo_Matriz_Numérica, líms: Líms_Con_None, permitidas: list[str] = None): permitidas = permitidas or list(utils.dists) líms = proc_líms(líms) @@ -152,7 +176,12 @@ def de_traza(cls, trz, líms, permitidas=None): raise ValueError('Valores en traza deben caber en los límites teoréticos de la distribución.') # Un diccionario para guardar el mejor ajuste - mejor_ajuste = {} + class DicMejorAjuste(TypedDict): + p: int | float + dist: rv_continuous_frozen + transf: TransfDist + + mejor_ajuste: DicMejorAjuste | None = None for nmbr in permitidas: líms_d = líms_dist(nmbr) @@ -199,12 +228,17 @@ def de_traza(cls, trz, líms, permitidas=None): if mejor_ajuste['p'] <= 0.10: avisar('El ajuste de la mejor distribución quedó muy mal (p = {:.6f}).'.format(mejor_ajuste['p'])) - mejor_ajuste.pop('p') - return DistAnalítica(**mejor_ajuste) + return DistAnalítica(dist=mejor_ajuste["dist"], transf=mejor_ajuste["transf"]) + + +class DicTransfDist(TypedDict): + transf: Optional[str] + ubic: Tipo_Valor_Numérico + escl: Tipo_Valor_Numérico class TransfDist(object): - def __init__(símismo, transf, ubic=0, escl=1): + def __init__(símismo, transf: Optional[str], ubic: Tipo_Valor_Numérico = 0, escl: Tipo_Valor_Numérico = 1): """ Parameters @@ -230,24 +264,25 @@ def __init__(símismo, transf, ubic=0, escl=1): símismo._ubic = ubic símismo._escl = escl - def transf(símismo, vals): + def transf(símismo, vals: Tipo_Matriz_Numérica) -> Tipo_Matriz_Numérica: return símismo._f(vals) * símismo._escl + símismo._ubic - def transf_inv(símismo, vals): + def transf_inv(símismo, vals: Tipo_Matriz_Numérica) -> Tipo_Matriz_Numérica: return símismo._f_inv((vals - símismo._ubic) / símismo._escl) - def a_dic(símismo): + def a_dic(símismo) -> DicTransfDist: return { 'transf': símismo._transf, - 'ubic': símismo._ubic, 'escl': símismo._escl + 'ubic': símismo._ubic, + 'escl': símismo._escl } @classmethod - def de_dic(cls, dic): + def de_dic(cls, dic: DicTransfDist) -> "TransfDist": return TransfDist(dic['transf'], ubic=dic['ubic'], escl=dic['escl']) -def _gen_transf_sin_líms(trz, líms): +def _gen_transf_sin_líms(trz: Tipo_Matriz_Numérica, líms: Líms_Numéricas) -> TransfDist: if líms[0] == -np.inf: if líms[1] == np.inf: # noinspection PyTypeChecker @@ -260,7 +295,7 @@ def _gen_transf_sin_líms(trz, líms): return TransfDist('Expit', ubic=líms[0], escl=líms[1] - líms[0]) -def _gen_transf_1_lím(trz, líms, líms_d): +def _gen_transf_1_lím(trz: Tipo_Matriz_Numérica, líms: Líms_Numéricas, líms_d: Líms_Numéricas) -> TransfDist: if líms_d[0] == -np.inf: líms_d = (-líms_d[1], np.inf) líms = (-líms[1], -líms[0]) @@ -274,16 +309,18 @@ def _gen_transf_1_lím(trz, líms, líms_d): ubic = líms[0] - líms_d[0] * escl return TransfDist(None, ubic=ubic, escl=escl) + raise ValueError(líms) + -def lnexp(x): +def lnexp(x: Tipo_Matriz_Numérica) -> Tipo_Matriz_Numérica: return np.log(np.exp(x) + 1) -def invlnexp(x): +def invlnexp(x: Tipo_Matriz_Numérica) -> Tipo_Matriz_Numérica: return np.where(x >= 50, x, np.log(np.exp(x) - 1)) -def _líms_compat_teor(líms, ref): +def _líms_compat_teor(líms: Líms_Con_None, ref: Líms_Con_None) -> None: líms = proc_líms(líms) ref = proc_líms(ref) suma = sum([ref[0] == -np.inf, ref[1] == np.inf]) diff --git a/tikon/ecs/dists/dibs.py b/tikon/ecs/dists/dibs.py index d00db643..6526fc1f 100644 --- a/tikon/ecs/dists/dibs.py +++ b/tikon/ecs/dists/dibs.py @@ -1,10 +1,14 @@ -import seaborn as sns +from typing import Any +import seaborn as sns +from matplotlib.axes import Axes from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg as TelaFigura from matplotlib.figure import Figure as Figura +from .dists import Dist + -def dibujar_dist(dist, nombre, ejes=None, argsll=None): +def dibujar_dist(dist: Dist, nombre: str, ejes: Axes = None, argsll: dict[str, Any] = None) -> Axes: args_base = dict( color='#99CC00', cut=0, shade=True ) diff --git a/tikon/ecs/dists/dists.py b/tikon/ecs/dists/dists.py index 0c4e49d9..099be12e 100644 --- a/tikon/ecs/dists/dists.py +++ b/tikon/ecs/dists/dists.py @@ -1,28 +1,44 @@ -_escl_inf = 1e10 +from typing import Union, TypedDict, Optional, Iterable, Any + +import numpy as np + +from tikon.tipos import Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Matriz_Núm_Entero, Tipo_Matriz_Numérica + +_escala_inf = 1e10 _dist_mu = 1 +class DicDist(TypedDict): + tipo: str + + +class DicManejadorDists(TypedDict): + val: Optional[DicDist] + índices: dict[str, "DicManejadorDists"] + + +Tipo_Índices = Union[str, Iterable[str]] + + class Dist(object): - def obt_vals(símismo, n): + def obt_vals(símismo, n: int) -> Tipo_Matriz_Numérica: raise NotImplementedError - def obt_vals_índ(símismo, í): + def obt_vals_índ(símismo, í: Tipo_Matriz_Núm_Entero) -> Tipo_Matriz_Numérica: raise NotImplementedError - def tmñ(símismo): + def tmñ(símismo) -> Union[int, float]: raise NotImplementedError - def aprox_líms(símismo, prc): + def aprox_líms(símismo, prc: Tipo_Valor_Numérico) -> np.ndarray[Any, np.dtype[np.number]]: raise NotImplementedError - def a_dic(símismo): + def a_dic(símismo) -> DicDist: raise NotImplementedError @classmethod - def de_dic(cls, dic): - if not dic: - return + def de_dic(cls, dic: DicDist) -> "Dist": tipo = dic['tipo'] for x in cls.__subclasses__(): if x.__name__ == tipo: @@ -31,73 +47,80 @@ def de_dic(cls, dic): raise ValueError(tipo) -class MnjdrDists(object): +class ManejadorDists(object): + val: Optional[Dist] + índices: dict[str, "ManejadorDists"] + def __init__(símismo): símismo.val = None - símismo.índs = {} + símismo.índices = {} - def actualizar(símismo, dist, índs=None): - índs = símismo._proc_índs(índs) - if índs is None or not índs: + def actualizar(símismo, dist: Optional["Dist"], índices: Tipo_Índices = None) -> None: + índices = símismo._proc_índs(índices) + if índices is None or not índices: símismo.val = dist else: - í = str(índs.pop(0)) + í = str(índices.pop(0)) - if í not in símismo.índs: - símismo.índs[í] = MnjdrDists() + if í not in símismo.índices: + símismo.índices[í] = ManejadorDists() - símismo.índs[í].actualizar(dist, índs) + símismo.índices[í].actualizar(dist, índices) - def obt_val(símismo, índs=None, heredar=True): - índs = símismo._proc_índs(índs) + def obt_val(símismo, índices: Tipo_Índices = None, heredar: bool = True) -> Optional[Dist]: + índices = símismo._proc_índs(índices) - if índs is None or not len(índs): + if índices is None or not len(índices): return símismo.val - í = str(índs.pop(0)) - if í in símismo.índs: - return símismo[í].obt_val(índs, heredar) + í = str(índices.pop(0)) + if í in símismo.índices: + return símismo[í].obt_val(índices, heredar) if heredar: return símismo.val + return None - def borrar(símismo, índs=None): + def borrar(símismo, índs: list[str] = None) -> None: índs = símismo._proc_índs(índs) if índs is None or not índs: símismo.val = None - símismo.índs = {} + símismo.índices = {} else: í = str(índs.pop(0)) - símismo.índs[í].borrar(índs) + símismo.índices[í].borrar(índs) @staticmethod - def _proc_índs(índs): + def _proc_índs(índs: Optional[Tipo_Índices]) -> Optional[list[str]]: if isinstance(índs, str): return [índs] elif índs is not None: return list(índs) # generar copia + return None - def __getitem__(símismo, itema): - return símismo.índs[itema] + def __getitem__(símismo, itema: str) -> "ManejadorDists": + return símismo.índices[itema] - def a_dic(símismo): + def a_dic(símismo) -> DicManejadorDists: return { 'val': símismo.val.a_dic() if símismo.val else None, - 'índs': {str(ll): v.a_dic() for ll, v in símismo.índs.items()} + 'índices': {str(ll): v.a_dic() for ll, v in símismo.índices.items()} } @classmethod - def de_dic(cls, dic, mnjdr=None): - if mnjdr is None: - mnjdr = MnjdrDists() + def de_dic(cls, dic: DicManejadorDists, manejador: "ManejadorDists" = None) -> "ManejadorDists": + if manejador is None: + manejador = ManejadorDists() - def act_mnjdr(mnj, d, índs_ant=None): + def act_manejador( + mnj: ManejadorDists, d: DicManejadorDists, índices_anteriores: list[str] = None + ) -> None: val = d['val'] - índs = d['índs'] - mnj.actualizar(dist=Dist.de_dic(val), índs=índs_ant) - for í in índs: - act_mnjdr(mnj, d=índs[í], índs_ant=(índs_ant or []) + [í]) + índices = d['índices'] + mnj.actualizar(dist=Dist.de_dic(val) if val else None, índices=índices_anteriores) + for í in índices: + act_manejador(mnj, d=índices[í], índices_anteriores=(índices_anteriores or []) + [í]) - act_mnjdr(mnjdr, d=dic) + act_manejador(manejador, d=dic) - return mnjdr + return manejador diff --git a/tikon/ecs/dists/trz.py b/tikon/ecs/dists/trz.py index 1020e157..11d7195c 100644 --- a/tikon/ecs/dists/trz.py +++ b/tikon/ecs/dists/trz.py @@ -1,48 +1,63 @@ +from typing import Union, Any, cast + import numpy as np -from tikon.ecs.dists.dists import Dist + +from tikon.tipos import Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Matriz_Numérica +from tikon.ecs.dists.dists import Dist, DicDist + + +class DicDistTraza(DicDist): + trz: Tipo_Matriz_Numérica + pesos: Tipo_Matriz_Numérica class DistTraza(Dist): - def __init__(símismo, trz, pesos=None): + trz: Tipo_Matriz_Numérica + pesos: Tipo_Matriz_Numérica + + def __init__(símismo, trz: Tipo_Matriz_Numérica, pesos: Tipo_Matriz_Numérica = None): if pesos is None: pesos = np.ones_like(trz) - pesos = pesos / np.sum(pesos) + pesos_finales = pesos / np.sum(pesos) - if trz.size != pesos.size: + if trz.size != pesos_finales.size: raise ValueError('El tamaño de la traza y él de sus pesos deben ser iguales.') símismo.trz = trz - símismo.pesos = pesos + símismo.pesos = pesos_finales - def obt_vals(símismo, n): + def obt_vals(símismo, n: int) -> Tipo_Matriz_Numérica: return np.random.choice(símismo.trz, n, p=símismo.pesos) - def obt_vals_índ(símismo, í): + def obt_vals_índ(símismo, í: Union[int, Tipo_Matriz_Numérica]) -> Tipo_Matriz_Numérica: return símismo.trz[í] - def tmñ(símismo): + def tmñ(símismo) -> int: return símismo.trz.size - def aprox_líms(símismo, prc): + def aprox_líms(símismo, prc: Tipo_Valor_Numérico) -> Tipo_Matriz_Numérica: # Las superficies de las colas que hay que dejar afuera del rango de los límites colas = ((1 - prc) / 2, 0.5 + prc / 2) trz, pesos = símismo.trz, símismo.pesos return np.array([_centil_pesos(trz, pesos, colas[0]), _centil_pesos(trz, pesos, colas[1])]) - def a_dic(símismo): - return { - 'tipo': símismo.__class__.__name__, - 'trz': símismo.trz, - 'pesos': símismo.pesos - } + def a_dic(símismo) -> DicDistTraza: + return DicDistTraza( + tipo=símismo.__class__.__name__, + trz=símismo.trz, + pesos=símismo.pesos + ) @classmethod - def de_dic(cls, dic): - return DistTraza(trz=dic['trz'], pesos=dic['pesos']) + def de_dic(cls, dic: DicDist) -> "DistTraza": + if dic["tipo"] != "DistTraza": + raise ValueError(dic) + dicDistTraza = cast(DicDistTraza, dic) + return DistTraza(trz=dicDistTraza['trz'], pesos=dicDistTraza['pesos']) -def _centil_pesos(x, p, q): - # Mientras esparamos que numpy lo implemente +def _centil_pesos(x: Tipo_Matriz_Numérica, p: Tipo_Matriz_Numérica, q: float | int) -> Tipo_Matriz_Numérica: + # Mientras esperemos que numpy lo implemente # código de https://github.com/nudomarinero/wquantiles/blob/master/wquantiles.py índs_ord = np.argsort(x) x_ord = x[índs_ord] diff --git a/tikon/ecs/dists/utils.py b/tikon/ecs/dists/utils.py index e6f61276..d057c23f 100644 --- a/tikon/ecs/dists/utils.py +++ b/tikon/ecs/dists/utils.py @@ -1,11 +1,24 @@ from math import pi +from typing import TypedDict, Union, Optional import numpy as np import scipy.stats as estad -# Un diccionario de las distribuciones y de sus objetos de SciPy correspondientes. -from tikon.utils import proc_líms +from scipy.stats._distn_infrastructure import rv_continuous, rv_continuous_frozen + +from tikon.tipos import Tipo_Valor_Numérico + +Líms_Con_None = tuple[Union[Tipo_Valor_Numérico, None], Union[Tipo_Valor_Numérico, None]] +Líms_Numéricas = tuple[Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Valor_Numérico] + + +class DicEspecDistScipy(TypedDict): + scipy: rv_continuous + paráms: list[str] + límites: Líms_Con_None -dists = { + +# Un diccionario de las distribuciones y de sus objetos de SciPy correspondientes. +dists: dict[str, DicEspecDistScipy] = { 'Alpha': {'scipy': estad.alpha, 'paráms': ['a', 'loc', 'scale'], 'límites': (0, None) @@ -217,7 +230,6 @@ 'Triang': {'scipy': estad.triang, 'paráms': ['c', 'loc', 'scale'], 'límites': (0, 1), # El límite es ('a', 'b') - 'tipo': 'cont' }, 'TukeyLambda': {'scipy': estad.tukeylambda, 'paráms': ['lam', 'loc', 'scale'], @@ -226,7 +238,6 @@ 'Uniforme': {'scipy': estad.uniform, 'paráms': ['loc', 'scale'], 'límites': (0, 1), - 'tipo': 'cont' }, 'Wald': {'scipy': estad.wald, 'paráms': ['loc', 'scale'], @@ -247,7 +258,7 @@ } -def _valid_nombre(nombre): +def _valid_nombre(nombre: str) -> str: try: return next(nmbr for nmbr in dists if nmbr.lower() == nombre.lower()) except StopIteration: @@ -257,16 +268,16 @@ def _valid_nombre(nombre): ) -def _obt_dic_dist(nombre): +def _obt_dic_dist(nombre: str) -> DicEspecDistScipy: nombre = _valid_nombre(nombre) return dists[nombre] -def clase_scipy(nombre): +def clase_scipy(nombre: str) -> rv_continuous: return _obt_dic_dist(nombre)['scipy'] -def líms_dist(dist): +def líms_dist(dist: Union[str, rv_continuous_frozen]) -> Líms_Numéricas: if isinstance(dist, str): return proc_líms(_obt_dic_dist(dist)['límites']) else: @@ -276,15 +287,15 @@ def líms_dist(dist): return líms[0] + ubic, (líms[1] - líms[0]) * escala + ((líms[0] + ubic) if líms[0] > -np.inf else 0) -def obt_prms_obj_scipy(dist): +def obt_prms_obj_scipy(dist: rv_continuous_frozen) -> tuple[tuple, Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Valor_Numérico]: return dist.dist._parse_args(*dist.args, **dist.kwds) -def prms_dist(nombre): +def prms_dist(nombre)->list[str]: return _obt_dic_dist(nombre)['paráms'] -def obt_scipy(nombre, paráms): +def obt_scipy(nombre: str, paráms: Union[dict[str, Tipo_Valor_Numérico], tuple[tuple, Tipo_Valor_Numérico, Tipo_Valor_Numérico]]): cls_dist = clase_scipy(nombre) if isinstance(paráms, dict): @@ -293,5 +304,13 @@ def obt_scipy(nombre, paráms): return cls_dist(*paráms[0], loc=paráms[1], scale=paráms[2]) -def obt_nombre(dist_sp): +def obt_nombre(dist_sp: rv_continuous_frozen)-> str: return next(nmb for nmb in dists if dists[nmb]['scipy'].name == dist_sp.dist.name) + + +def proc_líms(líms: Optional[Líms_Con_None]) -> Líms_Numéricas: + inf = np.inf + + if líms is None: + return -inf, inf + return -inf if líms[0] is None else líms[0], inf if líms[1] is None else líms[1] diff --git "a/tikon/ecs/par\303\241ms.py" "b/tikon/ecs/par\303\241ms.py" index 2483fe7d..affcc51a 100644 --- "a/tikon/ecs/par\303\241ms.py" +++ "b/tikon/ecs/par\303\241ms.py" @@ -1,28 +1,38 @@ +import typing +from typing import Iterable, Sequence, Optional + import numpy as np from frozendict import frozendict +from numpy.typing import ArrayLike from tikon.central.matriz import Datos - +from tikon.ecs.dists import Dist +from tikon.ecs.árb_coso import ParámCoso +from tikon.tipos import Tipo_Valor_Numérico_Entero, Tipo_Matriz_Núm_Entero from tikon.utils import EJE_PARÁMS +if typing.TYPE_CHECKING: + from tikon.central import Modelo, Módulo, Coso + from tikon.ecs import Parám + class MnjdrValsCoefs(object): - def __init__(símismo, modelo, mód, l_paráms, n_reps): - símismo._paráms = {str(pr): pr.gen_matr_parám(modelo=modelo, mód=mód, n_reps=n_reps) for pr in l_paráms} + def __init__(símismo, modelo: "Modelo", mód: "Módulo", paráms: Iterable["Parám"], n_reps: Tipo_Valor_Numérico_Entero): + símismo._paráms = {str(pr): pr.gen_matr_parám(modelo=modelo, mód=mód, n_reps=n_reps) for pr in paráms} - def vals_paráms(símismo): + def vals_paráms(símismo) -> list["ValsParámCoso"]: return [prm for matr in símismo._paráms.values() for prm in matr.vals_paráms()] - def act_vals(símismo): + def act_vals(símismo) -> None: for matr in símismo._paráms.values(): matr.act_vals() - def __getitem__(símismo, itema): + def __getitem__(símismo, itema) -> Datos: return símismo._paráms[itema].val class MatrParám(object): - def __init__(símismo, subs, eje, índice): + def __init__(símismo, subs: Sequence["MatrParám"], eje: str, índice: Optional["Coso"]): símismo._sub_matrs = subs símismo.eje = eje @@ -34,29 +44,35 @@ def __init__(símismo, subs, eje, índice): ) @property - def coords(símismo): + def coords(símismo) -> dict[str, list["Coso"]]: return {símismo.eje: [sub.índice for sub in símismo._sub_matrs], **_combin_coords(símismo._sub_matrs)} @property - def val(símismo): + def val(símismo) -> Datos: return símismo._datos - def act_vals(símismo): + def act_vals(símismo) -> None: for sub in símismo._sub_matrs: sub.act_vals() símismo._datos.loc[símismo._datos.codificar_coords({símismo.eje: sub.índice})] = sub.val - def vals_paráms(símismo): + def vals_paráms(símismo) -> list["ValsParámCoso"]: return [vls for mtr in símismo._sub_matrs for vls in mtr.vals_paráms()] class ValsParámCosoInter(MatrParám): - def __init__(símismo, vals_paráms_inter, eje, índice): + def __init__(símismo, vals_paráms_inter: list["ValsParámCoso"], eje: str, índice: Optional["Coso"]): super().__init__(vals_paráms_inter, eje=eje, índice=índice) class ValsParámCoso(MatrParám): - def __init__(símismo, tmñ, prm_base, índice, inter=None): + def __init__( + símismo, + tmñ: Tipo_Valor_Numérico_Entero, + prm_base: Optional["ParámCoso"], + índice: Optional["Coso"], + inter: Optional["Coso"] = None + ): símismo.tmñ = tmñ símismo.prm = prm_base símismo.inter = inter @@ -64,18 +80,18 @@ def __init__(símismo, tmñ, prm_base, índice, inter=None): super().__init__(subs=[], eje=EJE_PARÁMS, índice=índice) @property - def coords(símismo): + def coords(símismo) -> dict[str, list[int]]: return {símismo.eje: list(range(símismo.tmñ))} @property - def val(símismo): + def val(símismo) -> Datos: return símismo._datos @val.setter - def val(símismo, val): + def val(símismo, val: ArrayLike) -> None: símismo._datos[:] = val - def dists_disp(símismo, heredar): + def dists_disp(símismo, heredar: bool): return símismo.prm.dists_disp(símismo.inter, heredar) def dist_base(símismo): @@ -93,7 +109,7 @@ def apriori(símismo, heredar=True): def llenar_de_apriori(símismo, heredar=True): símismo.val = símismo.apriori(heredar).obt_vals(símismo.tmñ) - def llenar_de_dists(símismo, dists): + def llenar_de_dists(símismo, dists: list[tuple[Dist, Tipo_Valor_Numérico_Entero | Tipo_Matriz_Núm_Entero]]): val = [] for d, n in dists: @@ -102,7 +118,7 @@ def llenar_de_dists(símismo, dists): else: val.append(d.obt_vals_índ(n)) - símismo.val = np.ravel(val) + símismo.val = np.ravel(np.array(val)) def act_vals(símismo): """No necesario porque valores se establecen con las funciones `llenar_de...` o de manera externa por @@ -117,7 +133,7 @@ def guardar_calibs(símismo, dist, nombre): class ValsParámCosoVacíos(ValsParámCoso): - def __init__(símismo, tmñ, índice): + def __init__(símismo, tmñ: Tipo_Valor_Numérico_Entero, índice): super().__init__(tmñ, prm_base=None, índice=índice, inter=None) def vals_paráms(símismo): @@ -138,7 +154,7 @@ def __bool__(símismo): return len(símismo.itemas) > 0 -def _combin_coords(grupo): +def _combin_coords(grupo: Sequence["MatrParám"]) -> dict[str, list["Coso"]]: coords = grupo[0].coords if not all(obj.coords == coords for obj in grupo): raise ValueError('Coordinadas deben ser iguales para cada miembro de un grupo.') diff --git a/tikon/ecs/utils.py b/tikon/ecs/utils.py index 5ff07af9..258c1e8f 100644 --- a/tikon/ecs/utils.py +++ b/tikon/ecs/utils.py @@ -1,4 +1,4 @@ -from tikon.utils import proc_líms +from tikon.ecs.dists.utils import proc_líms def líms_compat(líms, ref): diff --git "a/tikon/ecs/\303\241rb_coso.py" "b/tikon/ecs/\303\241rb_coso.py" index e5ec1246..cdfa0a22 100644 --- "a/tikon/ecs/\303\241rb_coso.py" +++ "b/tikon/ecs/\303\241rb_coso.py" @@ -1,7 +1,7 @@ from copy import copy from typing import Dict -from .dists import DistAnalítica, MnjdrDists +from .dists import DistAnalítica, ManejadorDists class PlantillaRamaEcCoso(dict): @@ -135,8 +135,8 @@ def __init__(símismo, pariente, coso): símismo.líms = pariente.líms símismo.inter = pariente.inter símismo.apriori_auto = pariente.apriori - símismo._calibs = {} # type: Dict[str, MnjdrDists] - símismo._apriori = MnjdrDists() + símismo._calibs = {} # type: Dict[str, ManejadorDists] + símismo._apriori = ManejadorDists() super().__init__(pariente, ramas=[], coso=coso) @@ -145,7 +145,7 @@ def activa(símismo, modelo, mód, exper, coso): def agregar_calib(símismo, id_cal, dist, inter=None): if id_cal not in símismo._calibs: - símismo._calibs[id_cal] = MnjdrDists() + símismo._calibs[id_cal] = ManejadorDists() símismo._calibs[id_cal].actualizar(dist, inter) @@ -157,7 +157,7 @@ def renombrar_calib(símismo, nombre, nuevo): def espec_apriori(símismo, apriori, inter=None): dist = apriori.dist(símismo.líms) - símismo._apriori.actualizar(dist=dist, índs=inter) + símismo._apriori.actualizar(dist=dist, índices=inter) def borrar_aprioris(símismo, *args, índs=None): if len(args): @@ -171,15 +171,15 @@ def calib_base(símismo): return DistAnalítica.de_líms(símismo.líms) def dists_disp(símismo, inter, heredar): - return {clb: dists.obt_val(índs=inter, heredar=heredar) for clb, dists in símismo._calibs.items()} + return {clb: dists.obt_val(índices=inter, heredar=heredar) for clb, dists in símismo._calibs.items()} def a_dic(símismo): return {ll: v for ll, v in {nmb: clb.a_dic() for nmb, clb in símismo._calibs.items()}.items() if len(v)} def de_dic(símismo, dic): for calib, d_dist in dic.items(): - símismo._calibs[calib] = MnjdrDists.de_dic( - d_dist, mnjdr=símismo._calibs[calib] if calib in símismo._calibs else None + símismo._calibs[calib] = ManejadorDists.de_dic( + d_dist, manejador=símismo._calibs[calib] if calib in símismo._calibs else None ) def __copy__(símismo): diff --git "a/tikon/ecs/\303\241rb_m\303\263d.py" "b/tikon/ecs/\303\241rb_m\303\263d.py" index fd36d721..c133d950 100644 --- "a/tikon/ecs/\303\241rb_m\303\263d.py" +++ "b/tikon/ecs/\303\241rb_m\303\263d.py" @@ -1,15 +1,17 @@ +from typing import Type, Sequence + from frozendict import frozendict from tikon.central.matriz import Datos from .paráms import MnjdrValsCoefs, MatrParám, ValsParámCoso, ValsParámCosoInter, ValsParámCosoVacíos -from .árb_coso import ÁrbolEcsCoso, CategEcCoso, SubcategEcCoso, EcuaciónCoso, ParámCoso +from .árb_coso import ÁrbolEcsCoso, CategEcCoso, SubcategEcCoso, EcuaciónCoso, ParámCoso, PlantillaRamaEcCoso class PlantillaRamaEc(object): - cls_ramas = [] + cls_ramas: Sequence[Type["PlantillaRamaEc"]] = [] - _cls_en_coso = NotImplemented - _nombre_res = NotImplemented + _cls_en_coso: "Type[PlantillaRamaEcCoso]" = NotImplemented + _nombre_res: str = NotImplemented def __init__(símismo, modelo, mód, exper, cosos, n_reps, ecs): @@ -216,7 +218,7 @@ def eval(símismo, paso, sim): class Parám(PlantillaRamaEc): _cls_en_coso = ParámCoso eje_cosos = None - cls_ramas = [] + cls_ramas: Sequence[Type["Parám"]] = [] # Éstos se pueden personalizar líms = (None, None) diff --git a/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/__init__.py b/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/__init__.py new file mode 100644 index 00000000..e69de29b diff --git a/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/modelo.py b/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/modelo.py new file mode 100644 index 00000000..e519b7f7 --- /dev/null +++ b/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/modelo.py @@ -0,0 +1,13 @@ +from tikon.central import Modelo +from tikon.móds.rae.orgs.insectos import LotkaVolterra +from tikon.móds.rae.red import RedAE + +presa = LotkaVolterra("presa") +depredador = LotkaVolterra("depredador") + +RedLotkaVolterra = RedAE([presa, depredador]) + +with RedLotkaVolterra: + depredador.secome(presa) + +modelo = Modelo(RedLotkaVolterra) diff --git a/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/simul.py b/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/simul.py new file mode 100644 index 00000000..3b27f1ac --- /dev/null +++ b/tikon/ejemplos/proyectos/lotka_volterra/simul.py @@ -0,0 +1,5 @@ +from tikon.central import Exper, Parcela, GeomParcela +from tikon.ejemplos.proyectos.lotka_volterra.modelo import modelo + +exper = Exper('P1', Parcela('P1', geom=GeomParcela((7.297, 79.865)))) +modelo.simular("base", exper) diff --git "a/tikon/m\303\263ds/cultivo/extrn.py" "b/tikon/m\303\263ds/cultivo/extrn.py" index 1407cbb6..40128b00 100644 --- "a/tikon/m\303\263ds/cultivo/extrn.py" +++ "b/tikon/m\303\263ds/cultivo/extrn.py" @@ -43,7 +43,7 @@ def __init__(símismo, sim, parcelas): símismo.instancias = [ símismo.cls_instancia( sim=símismo, índs=índs, reps=símismo.reps - ) for índs in símismo.combin.índs(símismo.reps) + ) for índs in símismo.combin.índices(símismo.reps) ] @property @@ -94,7 +94,7 @@ def llenar_vals(símismo): def aplicar_daño(símismo, daño): daño = símismo.combin.agregar(daño) for inst in símismo.instancias: - inst.aplicar_daño(daño.loc[codificar_coords(inst.índs)]) + inst.aplicar_daño(daño.loc[codificar_coords(inst.índices)]) def cerrar(símismo): for inst in símismo.instancias: diff --git "a/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" "b/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" index efb0e738..f48aec90 100644 --- "a/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" +++ "b/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" @@ -12,7 +12,7 @@ class Organismo(Coso): Un organismo es la clase pariente para cualquier especie en una red agroecológica. """ - def __init__(símismo, nombre, etapas): + def __init__(símismo, nombre: str, etapas: Union["Etapa", Iterable["Etapa"]]): super().__init__(nombre, ecs=EcsOrgs) if ':' in símismo.nombre: @@ -24,7 +24,7 @@ def __init__(símismo, nombre, etapas): símismo.etapas = etapas - def activar_ec(símismo, categ: str, subcateg: str, ec: str, etapas=None): + def activar_ec(símismo, categ: str, subcateg: str, ec: str, etapas: "Tipo_Resolvable_A_Etapas" = None): etapas = símismo.resolver_etapas(etapas) for etp in etapas: @@ -45,7 +45,10 @@ def espec_apriori(símismo, apriori, categ, sub_categ, ec, prm, índs=None, etap for etp in etapas: etp.espec_apriori(apriori, categ, sub_categ, ec, prm, índs=índs) - def borrar_aprioris(símismo, categ=None, sub_categ=None, ec=None, prm=None, índs=None, etapas=None): + def borrar_aprioris( + símismo, categ: str = None, sub_categ: str = None, ec: str = None, prm: str = None, índs=None, + etapas=None + ): etapas = símismo.resolver_etapas(etapas) for etp in etapas: etp.borrar_aprioris(categ, sub_categ, ec, prm, índs=índs) diff --git "a/tikon/m\303\263ds/rae/red/red.py" "b/tikon/m\303\263ds/rae/red/red.py" index 30dc923f..a68d4b06 100644 --- "a/tikon/m\303\263ds/rae/red/red.py" +++ "b/tikon/m\303\263ds/rae/red/red.py" @@ -1,10 +1,12 @@ +from typing import Iterable + import numpy as np from frozendict import frozendict +from tikon.central.matriz import Datos from tikon.central.módulo import Módulo from tikon.central.simul import SimulMódulo from tikon.consts import CORREO_AUTOR -from tikon.central.matriz import Datos from tikon.ecs.paráms import Inter from tikon.móds.rae.utils import RES_POBS, RES_COHORTES, EJE_COH, EJE_ETAPA, EJE_VÍCTIMA, contexto from .res.cohortes import ResCohortes @@ -26,7 +28,7 @@ class SimulRed(SimulMódulo): res_red.ResMuerte, res_red.ResTrans, res_red.ResMov, res_red.ResEstoc, ResCohortes ] - def __init__(símismo, mód, simul_exper, ecs, vars_interés): + def __init__(símismo, mód: "RedAE", simul_exper, ecs, vars_interés): símismo.etapas = mód.etapas símismo.orgs = mód.orgs @@ -78,10 +80,10 @@ def verificar_estado(símismo): if símismo[RES_COHORTES].activa: pobs_coh = símismo[RES_COHORTES].datos[{'comp': 0}] - if np.any(~np.equal(pobs_coh.matr, np.round(pobs_coh.matr))): + if np.any(~np.array_equal(pobs_coh.matr, np.round(pobs_coh.matr))): raise ValueError('Población de cohorte fraccional.\n{mnsg}'.format(mnsg=mnsg)) pobs_corresp_coh = pobs.loc[frozendict({EJE_ETAPA: pobs_coh.coords_internas[EJE_ETAPA]})] - if np.any(np.not_equal(pobs_coh.suma(dim=EJE_COH).matr, pobs_corresp_coh.matr)): + if np.any(np.array_equal(pobs_coh.suma(dim=EJE_COH).matr, pobs_corresp_coh.matr)): raise ValueError('Población de cohorte no suma a población total.\n{mnsg}'.format(mnsg=mnsg)) @@ -90,7 +92,7 @@ class RedAE(Módulo): cls_simul = SimulRed eje_coso = EJE_ETAPA - def __init__(símismo, orgs=None): + def __init__(símismo, orgs: Iterable[Organismo] = None): super().__init__(cosos=orgs) símismo.relaciones = {'presa': [], 'paras': []} @@ -118,7 +120,7 @@ def agregar_relación(símismo, relación): raise ValueError('Organismo "{org}" no existe en red "{r}".'.format(org=org, r=símismo)) símismo.relaciones[relación.tipo].append(relación) - def inter(símismo, modelo, coso, tipo): + def inter(símismo, modelo, coso, tipo: str): if isinstance(tipo, str): tipo = [tipo] diff --git "a/tikon/m\303\263ds/rae/utils.py" "b/tikon/m\303\263ds/rae/utils.py" index 4ccc37d1..dafb41db 100644 --- "a/tikon/m\303\263ds/rae/utils.py" +++ "b/tikon/m\303\263ds/rae/utils.py" @@ -1,3 +1,8 @@ +import typing + +if typing.TYPE_CHECKING: + from tikon.móds.rae.red import RedAE + EJE_COH = 'coh' EJE_ETAPA = 'etapa' EJE_VÍCTIMA = 'víctima' @@ -13,4 +18,4 @@ RES_ESTOC = 'Estoc' RES_COHORTES = 'Cohortes' -contexto = [] +contexto: list['RedAE'] = [] diff --git a/tikon/tipos/__init__.py b/tikon/tipos/__init__.py new file mode 100644 index 00000000..25dbb00e --- /dev/null +++ b/tikon/tipos/__init__.py @@ -0,0 +1,10 @@ +from typing import Union + +import numpy as np +import numpy.typing as npty + +Tipo_Valor_Numérico = Union[int, float, np.number] +Tipo_Valor_Numérico_Entero = Union[int, np.integer] + +Tipo_Matriz_Numérica = npty.NDArray[np.number] +Tipo_Matriz_Núm_Entero = npty.NDArray[np.integer] diff --git a/tikon/utils.py b/tikon/utils.py index 670588b2..d0d30122 100644 --- a/tikon/utils.py +++ b/tikon/utils.py @@ -126,14 +126,6 @@ def detectar_codif(archivo, máx_líneas=None, cortar=None): return detector.result['encoding'] # Devolver el resultado -def proc_líms(líms): - inf = np.inf - - if líms is None: - return -inf, inf - return -inf if líms[0] is None else líms[0], inf if líms[1] is None else líms[1] - - EJE_PARÁMS = 'paráms' EJE_ESTOC = 'estoc' EJE_TIEMPO = 'tiempo'