diff --git a/docs/.zt/zanata.xml b/docs/.zt/zanata.xml deleted file mode 100644 index 37c98318..00000000 --- a/docs/.zt/zanata.xml +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ - - - https://translate.zanata.org - tikon - 1.0 - gettext - build/locale - source/_local - - {locale}/{path}/LC_MESSAGES/{filename}.po - - diff --git a/docs/.zt/zt.sh b/docs/.zt/zt.sh deleted file mode 100644 index 882b2196..00000000 --- a/docs/.zt/zt.sh +++ /dev/null @@ -1,26 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env bash - -if [ "$TRAVIS_BRANCH" = "master" ]; then - # cd .misc - instalar_zanata - jalar_de_zanata - mandar_a_zanata -fi - -instalar_zanata() { - if [ ! -f ./zanata-cli-3.6.0/bin/zanata-cli ]; then - echo Descargando Zanata... - wget http://search.maven.org/remotecontent?filepath=org/zanata/zanata-cli/3.6.0/zanata-cli-3.6.0-dist.zip -O dist.zip -o /dev/null - echo Extraendo Zanata... - unzip dist.zip >/dev/null - rm dist.zip - fi -} - -jalar_de_zanata() { - -} - -mandar_a_zanata() { - zanata-cli-3.6.0/bin/zanata-cli -B push --key $ZANATA_API --username julienmalard --url https://translate.zanata.org/zanata/ -} diff --git a/docs/source/tutorial/insectos.rst b/docs/source/tutorial/insectos.rst index 2e006241..0529c8be 100644 --- a/docs/source/tutorial/insectos.rst +++ b/docs/source/tutorial/insectos.rst @@ -64,7 +64,8 @@ fase juvenil se desarrolla adentro de su huésped. avispa = Parasitoide('avispa') - avispa.parasita(mosca, etps_entra='juvenil', etp_emerg='pupa') + with RedAE([avispa, mosca]) as red: + avispa.parasita(mosca, etps_entra='juvenil', etp_emerg='pupa') Esfécidos --------- @@ -81,7 +82,8 @@ adulta. esfécido = Esfécido('esfécido') - esfécido.captura(araña, etps_presa='adulto') + with RedAE([araña, esfécido]) as red: + esfécido.captura(araña, etps_presa='adulto') Cambiar ecuaciones @@ -94,4 +96,6 @@ Puedes modificar las ecuaciones empleadas para un insecto en particular. araña.activar_ec(categ='Edad', subcateg='Ecuación', ec='Días grados') - esfécido.captura(araña, etps_presa='adulto') + with RedAE([araña, esfécido]) as red: + esfécido.captura(araña, etps_presa='adulto') + diff --git a/docs/source/tutorial/intro.rst b/docs/source/tutorial/intro.rst index be7a050f..0ab7b7f1 100644 --- a/docs/source/tutorial/intro.rst +++ b/docs/source/tutorial/intro.rst @@ -27,14 +27,13 @@ para la lista completa de clases disponibles). Paras_larvas = Parasitoide('Parasitoide larvas', pupa=True) Paras_pupa = Parasitoide('Parasitoide pupa') - # El parasitoide de larvas parasita las fases 3, 4, y 5 de O. arenosela y emergen después de la quinta - Paras_larvas.parasita(Oarenosella, ['juvenil_3', 'juvenil_4', 'juvenil_5'], etp_emerg='juvenil_5') - - # El parasitoide de pupas parasita y emerge de la pupa - Paras_pupa.parasita(Oarenosella, 'pupa', etp_emerg='pupa') - # Juntamos todo en una red - red = RedAE([Oarenosella, Paras_larvas, Paras_pupa]) + with RedAE([Oarenosella, Paras_larvas, Paras_pupa]) as red: + # El parasitoide de larvas parasita las fases 3, 4, y 5 de O. arenosela y emergen después de la quinta + Paras_larvas.parasita(Oarenosella, ['juvenil_3', 'juvenil_4', 'juvenil_5'], etp_emerg='juvenil_5') + + # El parasitoide de pupas parasita y emerge de la pupa + Paras_pupa.parasita(Oarenosella, 'pupa', etp_emerg='pupa') A prioris diff --git a/pruebas/test_central/test_modelo_calib.py b/pruebas/test_central/test_modelo_calib.py index 2b09362d..010dc60c 100644 --- a/pruebas/test_central/test_modelo_calib.py +++ b/pruebas/test_central/test_modelo_calib.py @@ -134,7 +134,7 @@ def test_calib_exluir_inic(símismo): # para hacer: opción sin aprioris únicamente para exper modelo.calibrar('calib', exper, n_iter=50, paráms=módulo, calibs=EspecCalibsCorrida(aprioris=False)) valid = modelo.simular('valid', exper, calibs=EspecCalibsCorrida(['calib'])).validar() - símismo.assertGreater(valid['ens'], 0.95) + símismo.assertGreater(valid['ens'], 0.90) def test_calib_solamente_inic(símismo): from .rcrs.modelo_calib_inic import generar diff --git "a/pruebas/test_m\303\263ds/test_rae/test_red/test_red.py" "b/pruebas/test_m\303\263ds/test_rae/test_red/test_red.py" index f8a0d8ab..c1288c64 100644 --- "a/pruebas/test_m\303\263ds/test_rae/test_red/test_red.py" +++ "b/pruebas/test_m\303\263ds/test_rae/test_red/test_red.py" @@ -25,6 +25,7 @@ def test_parasitismo(símismo): def test_esfécido(símismo): res = Modelo(r.red_esfécido).simular('esfécido', exper=r.exper, t=10, depurar=True) + @unittest.skip('Implementar') def test_hiperparasitismo(símismo): res = Modelo(r.red_hiperparasitismo).simular('esfécido', exper=r.exper, t=10, depurar=True) @@ -39,43 +40,61 @@ def test_parasitoide_generalista(símismo): # Verifica que múltiples transiciones a la misma etapa (de huéspedes al parasitoide adulto) funcionen res = Modelo(r.red_paras_generalista).simular('paras generalista', exper=r.exper, t=10, depurar=True) + @unittest.skip('Implementar') def test_canibalismo(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_depredador_y_parasitoide(símismo): + # Verificar que depredador come fantasma pass + @unittest.skip('Implementar') def test_depredador_e_hyperparasitoide(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_depredador_de_parasitoide(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') + def test_depredador_de_fantasma(símismo): + pass + + @unittest.skip('Implementar') def test_depredador_de_hyperparasitoide(símismo): pass class PruebaParasitismo(unittest.TestCase): + @unittest.skip('Implementar') def test_entra_auto_mútiples_juveniles(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_entra_auto_sin_juvenil(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_entra_auto_juvenil_único(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_entra_auto_huevo(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_emerg_auto(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_emerg_auto_entra_final(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_emerge_antes_entra(símismo): pass + @unittest.skip('Implementar') def test_sin_espec(símismo): - pass \ No newline at end of file + pass diff --git "a/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" "b/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" index f50ce74f..0d7e44fa 100644 --- "a/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" +++ "b/tikon/m\303\263ds/rae/orgs/organismo.py" @@ -1,3 +1,5 @@ +from itertools import product + from tikon.central.coso import Coso, SumaCosos from .ecs import EcsOrgs from .ecs.utils import ECS_EDAD, ECS_MRTE, ECS_TRANS, ECS_ESTOC @@ -65,11 +67,8 @@ def secome(símismo, presa, etps_presa=None, etps_símismo=None): if not contexto: raise ValueError('Debes especificar relaciones tróficas adentro de un bloque `with` con la red de interés.') - for red in contexto: - for e_p in etps_presa: - for e_s in etps_símismo: - obj_rel = RelaciónPresa(presa=presa, etp_presa=e_p, etp_depred=e_s) - red.agregar_relación(obj_rel) + for red, e_p, e_s in product(contexto, etps_presa, etps_símismo): + red.agregar_relación(RelaciónPresa(presa=presa, etp_presa=e_p, etp_depred=e_s)) def parasita(símismo, huésped, etps_entra, etp_emerg, etp_recip, etp_símismo=None): if not contexto: