From d31468732e95c5e08fb97bb64caf29efce4a2d46 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Julien Malard Date: Fri, 9 Dec 2016 14:30:34 -0500 Subject: [PATCH] Correcciones de algunos errores y cambios de nombres para algunos directorios. --- CULTIVO/__init__.py | 1 - {CLIMA => Clima}/CLIMA.py | 16 ++++++++-------- .../Datos/Concepci\303\263n.csv" | 0 {CLIMA/DATOS => Clima/Datos}/Estaciones.csv | 0 {CLIMA => Clima}/Estad_diario.py | 0 {CLIMA => Clima}/Estad_futuro.py | 0 {CLIMA => Clima}/Manejo.py | 0 {CLIMA => Clima}/PyKrige/__init__.py | 0 {CLIMA => Clima}/PyKrige/core.py | 0 {CLIMA => Clima}/PyKrige/uk.py | 4 ++-- {CLIMA => Clima}/PyKrige/variogram_models.py | 0 {CLIMA => Clima}/__init__.py | 0 {CULTIVO => Cultivo}/CULTIVO.py | 6 +++--- {CULTIVO => Cultivo}/Controles.py | 2 +- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py | 10 +++++----- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py | 4 ++-- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py | 2 +- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py | 2 +- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py | 2 +- .../MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv | 0 .../MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv | 0 {CULTIVO => Cultivo}/NuevoCultivo.py | 6 +++--- {CULTIVO => Cultivo}/SUELO.py | 0 {CULTIVO => Cultivo}/VARIEDAD.py | 0 NuevaParcela.py | 2 +- PAISAJE.py | 6 +++--- PARCELA.py | 2 +- .../O. arenosella_Sri Lanka.py | 13 ++++++++----- RAE/Planta.py | 4 ++-- RAE/RedAE.py | 4 ++-- setup.py | 2 +- 43 files changed, 45 insertions(+), 43 deletions(-) delete mode 100644 CULTIVO/__init__.py rename {CLIMA => Clima}/CLIMA.py (95%) rename "CLIMA/DATOS/Concepci\303\263n.csv" => "Clima/Datos/Concepci\303\263n.csv" (100%) rename {CLIMA/DATOS => Clima/Datos}/Estaciones.csv (100%) rename {CLIMA => Clima}/Estad_diario.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/Estad_futuro.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/Manejo.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/PyKrige/__init__.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/PyKrige/core.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/PyKrige/uk.py (99%) rename {CLIMA => Clima}/PyKrige/variogram_models.py (100%) rename {CLIMA => Clima}/__init__.py (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/CULTIVO.py (97%) rename {CULTIVO => Cultivo}/Controles.py (94%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py (97%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py (97%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py (99%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py (99%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py (99%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/NuevoCultivo.py (93%) rename {CULTIVO => Cultivo}/SUELO.py (100%) rename {CULTIVO => Cultivo}/VARIEDAD.py (100%) diff --git a/CULTIVO/__init__.py b/CULTIVO/__init__.py deleted file mode 100644 index 2e72e1e2..00000000 --- a/CULTIVO/__init__.py +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -__author__ = 'Julien Malard' diff --git a/CLIMA/CLIMA.py b/Clima/CLIMA.py similarity index 95% rename from CLIMA/CLIMA.py rename to Clima/CLIMA.py index f47a1981..9f27abca 100644 --- a/CLIMA/CLIMA.py +++ b/Clima/CLIMA.py @@ -1,7 +1,7 @@ -from CLIMA.Estad_diario import eval_estaciones as eval_estaciones -from CLIMA.Estad_diario import krigear as krigear -from CLIMA.Estad_futuro import generarmeteo as generarmeteo -from CLIMA.Manejo import * +from Clima.Estad_diario import eval_estaciones as eval_estaciones +from Clima.Estad_diario import krigear as krigear +from Clima.Estad_futuro import generarmeteo as generarmeteo +from Clima.Manejo import * from COSO import Coso @@ -18,7 +18,7 @@ def __init__(símismo, nombre='', coord=()): nombre = '%sN_%sW' % (coord[0], coord[1]) # Esta variable se initializa como Coso - super().__init__(nombre=nombre, ext='día', dic=dic, directorio=os.path.join('CLIMA', 'DATOS')) + super().__init__(nombre=nombre, ext='día', dic=dic, directorio=os.path.join('Clima', 'Datos')) # Una función para buscar y, si necesario, estimar datos diarios def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin): @@ -34,7 +34,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin): estaciones = {} dic = dict(Coord=(), Elev='', Datos=dict(Fecha=[], Precip=[], Rad_sol=[], Temp_máx=[], Temp_mín=[])) # Buscar en los datos de clima de Python - with open(os.path.join('CLIMA', 'Estaciones.csv')) as d: + with open(os.path.join('Clima', 'Estaciones.csv')) as d: doc = d.readlines() datos = doc[0].split(',') col_estación = datos.index('Estación') @@ -70,7 +70,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin): if encontrado: símismo.nombre = estación['Estación'] símismo.dic['Lugar'] = símismo.nombre - directorio = os.path.join('CLIMA', 'DATOS', símismo.nombre, '.csv') + directorio = os.path.join('Clima', 'Datos', símismo.nombre, '.csv') dic, faltan, faltan_pt, faltan_por = cargar_estación(directorio, (estación['Lat'], estación['Long']), estación['Elev'], fecha_inic, fecha_fin) if not faltan: @@ -79,7 +79,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin): # Si no encontramos la estación, o si faltan datos if not encontrado or faltan: # Buscar a ver si ya tenemos datos generados para la estación - for doc_meteogen in os.listdir(os.path.join('CLIMA', 'DATOS', 'Generados')): + for doc_meteogen in os.listdir(os.path.join('Clima', 'Datos', 'Generados')): if doc_meteogen.lower() == lugar.lower() + ".día": símismo.nombre = estación['Estación'] símismo.dic['Lugar'] = símismo.nombre diff --git "a/CLIMA/DATOS/Concepci\303\263n.csv" "b/Clima/Datos/Concepci\303\263n.csv" similarity index 100% rename from "CLIMA/DATOS/Concepci\303\263n.csv" rename to "Clima/Datos/Concepci\303\263n.csv" diff --git a/CLIMA/DATOS/Estaciones.csv b/Clima/Datos/Estaciones.csv similarity index 100% rename from CLIMA/DATOS/Estaciones.csv rename to Clima/Datos/Estaciones.csv diff --git a/CLIMA/Estad_diario.py b/Clima/Estad_diario.py similarity index 100% rename from CLIMA/Estad_diario.py rename to Clima/Estad_diario.py diff --git a/CLIMA/Estad_futuro.py b/Clima/Estad_futuro.py similarity index 100% rename from CLIMA/Estad_futuro.py rename to Clima/Estad_futuro.py diff --git a/CLIMA/Manejo.py b/Clima/Manejo.py similarity index 100% rename from CLIMA/Manejo.py rename to Clima/Manejo.py diff --git a/CLIMA/PyKrige/__init__.py b/Clima/PyKrige/__init__.py similarity index 100% rename from CLIMA/PyKrige/__init__.py rename to Clima/PyKrige/__init__.py diff --git a/CLIMA/PyKrige/core.py b/Clima/PyKrige/core.py similarity index 100% rename from CLIMA/PyKrige/core.py rename to Clima/PyKrige/core.py diff --git a/CLIMA/PyKrige/uk.py b/Clima/PyKrige/uk.py similarity index 99% rename from CLIMA/PyKrige/uk.py rename to Clima/PyKrige/uk.py index c19cbd47..bba41679 100644 --- a/CLIMA/PyKrige/uk.py +++ b/Clima/PyKrige/uk.py @@ -22,8 +22,8 @@ import scipy.linalg from scipy.spatial.distance import cdist -import CLIMA.PyKrige.core as core -import CLIMA.PyKrige.variogram_models as variogram_models +import Clima.PyKrige.core as core +import Clima.PyKrige.variogram_models as variogram_models class UniversalKriging: diff --git a/CLIMA/PyKrige/variogram_models.py b/Clima/PyKrige/variogram_models.py similarity index 100% rename from CLIMA/PyKrige/variogram_models.py rename to Clima/PyKrige/variogram_models.py diff --git a/CLIMA/__init__.py b/Clima/__init__.py similarity index 100% rename from CLIMA/__init__.py rename to Clima/__init__.py diff --git a/CULTIVO/CULTIVO.py b/Cultivo/CULTIVO.py similarity index 97% rename from CULTIVO/CULTIVO.py rename to Cultivo/CULTIVO.py index 63593341..ed09e2a9 100644 --- a/CULTIVO/CULTIVO.py +++ b/Cultivo/CULTIVO.py @@ -1,10 +1,10 @@ import os import subprocess -import CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.DSSAT as DSSAT +import Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.DSSAT as DSSAT from COSO import Simulable -from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT -from CULTIVO.Controles import sacar_modelos_disp +from Cultivo.Controles import dir_DSSAT +from Cultivo.Controles import sacar_modelos_disp """ Notar que un Cultivo no se inicia como una instancia de un COSO, porque solamente es un objecto intermediario diff --git a/CULTIVO/Controles.py b/Cultivo/Controles.py similarity index 94% rename from CULTIVO/Controles.py rename to Cultivo/Controles.py index 5639f8de..18b334ca 100644 --- a/CULTIVO/Controles.py +++ b/Cultivo/Controles.py @@ -10,7 +10,7 @@ def sacar_modelos_disp(cultivo): modelos_disp = {} # Modelos_pl.csv contiene información sobre los modelos disponibles - with open(os.path.join('CULTIVO', 'MODELOS_EXTERNOS', 'Modelos_pl.csv')) as d: + with open(os.path.join('Cultivo', 'MODELOS_EXTERNOS', 'Modelos_pl.csv')) as d: doc = d.readlines() variables = doc[0].replace("\n", "").replace(';', ',').split(',') for núm_línea, línea in enumerate(doc[1:]): diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py similarity index 97% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py index 11887d60..5bf9015b 100644 --- a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py +++ b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py @@ -1,10 +1,10 @@ import datetime as ft import os -from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileC import FileC -from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileS import FileS -from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileW import FileW -from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileX import FileX +from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileC import FileC +from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileS import FileS +from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileW import FileW +from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileX import FileX class Experimento(object): @@ -21,7 +21,7 @@ def gen_ingresos(símismo): # Una función para convertir objetos TIKON de suelos, clima y variedades a objetos de documentos DSSAT def convertir(obj, documento_conv): conversiones = {} - with open(os.path.join(os.getcwd(), "CULTIVO", 'MODELOS_EXTERNOS', documento_conv)) as d: + with open(os.path.join(os.getcwd(), "Cultivo", 'MODELOS_EXTERNOS', documento_conv)) as d: doc = d.readlines() col = doc[0].replace("\n", "").split(',').index('DSSAT') diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py similarity index 97% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py index cf865c26..e6a60568 100644 --- a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py +++ b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py @@ -1,7 +1,7 @@ import os -from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT -from CULTIVO.Controles import sacar_modelos_disp +from Cultivo.Controles import dir_DSSAT +from Cultivo.Controles import sacar_modelos_disp # Objeto para representar documentos de typo FILEC de DSSAT (información de variedades de cultivos) diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py similarity index 99% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py index bca2a7d7..9e3fcf85 100644 --- a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py +++ b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py @@ -1,6 +1,6 @@ import os -from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT +from Cultivo.Controles import dir_DSSAT # Objeto para representar documentos de datos de clima mensuales de DSSAT diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py similarity index 99% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py index 56d1ba4f..52c5ecbb 100644 --- a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py +++ b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py @@ -1,6 +1,6 @@ import os -from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT +from Cultivo.Controles import dir_DSSAT # Objeto para representar documentos de typo FILES de DSSAT (información de suelos) diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py similarity index 99% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py index f815ea59..c5702622 100644 --- a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py +++ b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py @@ -1,6 +1,6 @@ import os -from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT +from Cultivo.Controles import dir_DSSAT # Objeto para representar documentos de typo fileW (meteorología diaria) de DSSAT diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv b/Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv similarity index 100% rename from CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv rename to Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv diff --git a/CULTIVO/NuevoCultivo.py b/Cultivo/NuevoCultivo.py similarity index 93% rename from CULTIVO/NuevoCultivo.py rename to Cultivo/NuevoCultivo.py index 4d523029..fed5f0bc 100644 --- a/CULTIVO/NuevoCultivo.py +++ b/Cultivo/NuevoCultivo.py @@ -30,16 +30,16 @@ def _sacar_líms_coefs_interno(símismo): def _llenar_coefs(símismo, n_rep_parám, calibs, comunes, usar_especificados): raise NotImplementedError # Para hacer - def dibujar(símismo, mostrar=True, archivo=None, exper=None): + def dibujar(símismo, mostrar=True, archivo=None, exper=None, **kwargs): raise NotImplementedError # Para hacer def _procesar_validación(símismo): raise NotImplementedError # Para hacer - def _prep_args_simul_exps(símismo, exper, n_rep_estoc, n_rep_paráms): + def _prep_args_simul_exps(símismo, exper, n_rep_estoc, n_rep_paráms, **kwargs): raise NotImplementedError # Para hacer - def _actualizar_vínculos_exps(símismo, experimento, corresp): + def _actualizar_vínculos_exps(símismo): raise NotImplementedError # Para hacer def _sacar_coefs_interno(símismo): diff --git a/CULTIVO/SUELO.py b/Cultivo/SUELO.py similarity index 100% rename from CULTIVO/SUELO.py rename to Cultivo/SUELO.py diff --git a/CULTIVO/VARIEDAD.py b/Cultivo/VARIEDAD.py similarity index 100% rename from CULTIVO/VARIEDAD.py rename to Cultivo/VARIEDAD.py diff --git a/NuevaParcela.py b/NuevaParcela.py index e65dd2ac..a6dcca73 100644 --- a/NuevaParcela.py +++ b/NuevaParcela.py @@ -1,6 +1,6 @@ from Coso import Simulable from RAE.RedAE import Red -from CULTIVO.NuevoCultivo import Cultivo, ModeloCultivo +from Cultivo.NuevoCultivo import Cultivo, ModeloCultivo from Matemáticas.Experimentos import Experimento diff --git a/PAISAJE.py b/PAISAJE.py index 4ab0351d..b4b49411 100644 --- a/PAISAJE.py +++ b/PAISAJE.py @@ -3,10 +3,10 @@ from Parcela import Parcela from geopy.distance import vincenty as dist -from CLIMA.CLIMA import Diario +from Clima.CLIMA import Diario from COSO import Coso -from CULTIVO.SUELO import Suelo -from CULTIVO.VARIEDAD import Variedad +from Cultivo.SUELO import Suelo +from Cultivo.VARIEDAD import Variedad from RAE.REDES import Red diff --git a/PARCELA.py b/PARCELA.py index 31f7ba1d..af8c896f 100644 --- a/PARCELA.py +++ b/PARCELA.py @@ -1,6 +1,6 @@ import os -from CULTIVO.CULTIVO import Cultivo +from Cultivo.CULTIVO import Cultivo # Una parcela se refiere a una unidad de tierra homógena en sus suelo, cultivo(s) diff --git a/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py b/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py index 580d78a5..39ff3c28 100644 --- a/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py +++ b/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py @@ -10,12 +10,14 @@ # Empezamos las cosas serias ahora proyecto = 'Opisina_arenosella' +""" O_arenosella_senc = Ins.Sencillo(nombre='O. arenosella_senc', proyecto=proyecto) Parasitoide_senc = Ins.Sencillo(nombre='Parasitoide_senc', proyecto=proyecto) - +""" # Datos de desnsidad de coco: Agricultural Ecology and Environment, pg 321 + # https://books.google.com.gt/books?id=0gjoQ0OTpAYC&pg=PA318&lpg=PA318&dq=coconut+field+leaf+area&source=bl&ots=I9GJ8L88y2&sig=t0LUc7kUPDyDlniDdoipiYx84uU&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwiKqcqs_Y7OAhXLlB4KHSOrBAAQ6AEIMDAC#v=onepage&q=coconut%20field%20leaf%20area&f=false Coco = Plt.Constante(nombre='Palma de coco', densidad=40020e6, proyecto=proyecto) # Unidades: mm2 +""" O_arenosella_senc.secome(Coco) Parasitoide_senc.secome(O_arenosella_senc) @@ -23,13 +25,13 @@ Red_coco_senc = Red('Campos coco sencillo', organismos=[Coco, O_arenosella_senc, Parasitoide_senc], proyecto=proyecto) Red_coco_senc.guardar() - +""" Experimento_A = Experimento(nombre='Sitio A', proyecto=proyecto) Experimento_A.agregar_orgs(archivo='Oarenosella_A.csv', col_tiempo='Día', factor=655757.1429/500) Experimento_B = Experimento(nombre='Sitio B', proyecto=proyecto) Experimento_B.agregar_orgs(archivo='Oarenosella_B.csv', col_tiempo='Día', factor=655757.1429/500) - +""" Red_coco_senc.añadir_exp(Experimento_A, corresp={'O. arenosella_senc': {'adulto': ['Larva', 'Pupa']}, 'Parasitoide_senc': {'adulto': ['Para_larva_abs', 'Para_pupa_abs']} @@ -42,7 +44,7 @@ } ) -""" + ajuste_inic = Red_coco_senc.validar(exper=Experimento_A, n_rep_parám=40, n_rep_estoc=40) print('Ajuste inicial: ', ajuste_inic) @@ -56,7 +58,7 @@ utilizador='Julien Malard', contacto='julien.malard@mail.mcgill.ca') Red_coco_senc.guardar() -""" + # Especificar distribuciones a priori for a_priori in a_prioris[O_arenosella_senc.nombre]: @@ -104,6 +106,7 @@ utilizador='Julien Malard', contacto='julien.malard@mail.mcgill.ca') Red_coco_senc.guardar() +""" # Intentemos algo más interesante ahora. O_arenosella = Ins.MetamCompleta('O. arenosella', njuvenil=5) diff --git a/RAE/Planta.py b/RAE/Planta.py index a624c021..23101f07 100644 --- a/RAE/Planta.py +++ b/RAE/Planta.py @@ -1,10 +1,10 @@ -from CULTIVO.CULTIVO import Cultivo +from Cultivo.NuevoCultivo import Cultivo from RAE.Organismo import Organismo class Planta(Organismo): """ - Esta clase representa plantas o cultivos. Se puede contectar con un modelo de cultivo del módulo CULTIVO. + Esta clase representa plantas o cultivos. Se puede contectar con un modelo de cultivo del módulo Cultivo. """ # La extensión para plantas diff --git a/RAE/RedAE.py b/RAE/RedAE.py index 25bb8826..95240c85 100644 --- a/RAE/RedAE.py +++ b/RAE/RedAE.py @@ -264,11 +264,11 @@ def actualizar(símismo): # La segunda etapa existente del organismo que infecta (los individuos infectados terminarán por # transicionar a la esta etapa). - nombre_etp_recip = obj_org_inf.etapas[1] + nombre_etp_recip = obj_org_inf.etapas[1]['nombre'] n_recip = símismo.núms_etapas[org_hués][nombre_etp_recip] # Su posición absoluta en la Red # El nombre de la fase larval del organismo que infecta - nombre_etp_larva_inf = obj_org_inf.etapas[0] + nombre_etp_larva_inf = obj_org_inf.etapas[0]['nombre'] n_larva = símismo.núms_etapas[org_hués][nombre_etp_larva_inf] # Crear las etapas fantasmas para las etapas infectadas del huésped diff --git a/setup.py b/setup.py index 57e428bd..6594304e 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -3,7 +3,7 @@ setup( name='Tinamit', version='1.0.0', - packages=['', 'RAE', 'CLIMA', 'CLIMA.PyKrige', 'CULTIVO', 'CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT', 'Matemáticas'], + packages=['', 'RAE', 'Clima', 'Clima.PyKrige', 'Cultivo', 'Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT', 'Matemáticas'], url='https://github.com/julienmalard/Tikon', license='GNU 3', author='Julien Jean Malard',