diff --git a/.changeset/wild-trains-pay.md b/.changeset/wild-trains-pay.md
new file mode 100644
index 000000000..8f75961b4
--- /dev/null
+++ b/.changeset/wild-trains-pay.md
@@ -0,0 +1,7 @@
+---
+'myst-to-jats': patch
+---
+
+Improve MathML tagging, removing unnecessay mml:semantics and mml:mrow if there is only a single element.
+
+Clean up latex in the CDATA output.
diff --git a/packages/myst-to-jats/src/index.ts b/packages/myst-to-jats/src/index.ts
index b93e9e66c..b8f614e5d 100644
--- a/packages/myst-to-jats/src/index.ts
+++ b/packages/myst-to-jats/src/index.ts
@@ -121,6 +121,15 @@ function alternativesFromMinifiedOutput(output: MinifiedOutput, state: IJatsSeri
   state.closeNode();
 }
 
+function addMmlAndRemoveAnnotation(el?: Element) {
+  if (el?.name) el.name = `mml:${el.name}`;
+  if (!el?.elements) return;
+  el.elements = el.elements.filter((child: Element) => child.name !== 'annotation');
+  el.elements.forEach((child: Element) => {
+    addMmlAndRemoveAnnotation(child);
+  });
+}
+
 function mathToMml(math?: string, inline?: boolean) {
   const katexXml = katex.renderToString(math, { output: 'mathml', throwOnError: false });
   const katexJs = xml2js(katexXml, { compact: false }) as Element;
@@ -129,18 +138,29 @@ function mathToMml(math?: string, inline?: boolean) {
   if (!mathElement) return;
   if (inline) mathElement.attributes = { ...mathElement.attributes, display: 'inline' };
   delete mathElement.attributes?.xmlns;
-  function addMmlAndRemoveAnnotation(el?: Element) {
-    if (el?.name) el.name = `mml:${el.name}`;
-    if (!el?.elements) return;
-    el.elements = el.elements.filter((child: Element) => child.name !== 'annotation');
-    el.elements.forEach((child: Element) => {
-      addMmlAndRemoveAnnotation(child);
-    });
-  }
   addMmlAndRemoveAnnotation(mathElement);
+  // Remove the wrapping `<mml:semantics><mml:mrow>` if it is the only element
+  if (mathElement?.elements?.length === 1 && mathElement.elements[0].name === 'mml:semantics') {
+    mathElement.elements = mathElement.elements[0].elements;
+  }
+  if (mathElement?.elements?.length === 1 && mathElement.elements[0].name === 'mml:mrow') {
+    mathElement.elements = mathElement.elements[0].elements;
+  }
   return mathElement;
 }
 
+/**
+ * Remove comments and consolidate to one line
+ */
+function cleanLatex(value?: string): string | undefined {
+  if (!value) return;
+  return value
+    .split('\n')
+    .map((s) => s.replace(/%(.*)/, '').trim())
+    .join(' ')
+    .trim();
+}
+
 const handlers: Record<string, Handler> = {
   text(node, state) {
     state.text(node.value);
@@ -203,11 +223,15 @@ const handlers: Record<string, Handler> = {
     );
   },
   inlineMath(node, state) {
-    state.openNode('inline-formula');
+    const inlineFormulaAttrs: Attributes = {};
+    if (node.identifier) {
+      inlineFormulaAttrs.id = node.identifier;
+    }
+    state.openNode('inline-formula', inlineFormulaAttrs);
     state.openNode('alternatives');
     state.pushNode(mathToMml(node.value, true));
     state.openNode('tex-math');
-    state.addLeaf('cdata', { cdata: node.value });
+    state.addLeaf('cdata', { cdata: cleanLatex(node.value) });
     state.closeNode();
     state.closeNode();
     state.closeNode();
@@ -222,7 +246,7 @@ const handlers: Record<string, Handler> = {
     state.openNode('alternatives');
     state.pushNode(mathToMml(node.value));
     state.openNode('tex-math');
-    state.addLeaf('cdata', { cdata: node.value });
+    state.addLeaf('cdata', { cdata: cleanLatex(node.value) });
     state.closeNode();
     state.closeNode();
     state.closeNode();
diff --git a/packages/myst-to-jats/tests/basic.yml b/packages/myst-to-jats/tests/basic.yml
index dc117fc12..f86b972a6 100644
--- a/packages/myst-to-jats/tests/basic.yml
+++ b/packages/myst-to-jats/tests/basic.yml
@@ -189,7 +189,7 @@ cases:
               value: Ax=b
             - type: text
               value: .
-    jats: <p>This math is a role, <inline-formula><alternatives><mml:math display="inline"><mml:semantics><mml:mrow><mml:mi>e</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mi>m</mml:mi><mml:msup><mml:mi>c</mml:mi><mml:mn>2</mml:mn></mml:msup></mml:mrow></mml:semantics></mml:math><tex-math><![CDATA[e=mc^2]]></tex-math></alternatives></inline-formula>, while this math is wrapped in dollar signs, <inline-formula><alternatives><mml:math display="inline"><mml:semantics><mml:mrow><mml:mi>A</mml:mi><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mi>b</mml:mi></mml:mrow></mml:semantics></mml:math><tex-math><![CDATA[Ax=b]]></tex-math></alternatives></inline-formula>.</p>
+    jats: <p>This math is a role, <inline-formula><alternatives><mml:math display="inline"><mml:mi>e</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mi>m</mml:mi><mml:msup><mml:mi>c</mml:mi><mml:mn>2</mml:mn></mml:msup></mml:math><tex-math><![CDATA[e=mc^2]]></tex-math></alternatives></inline-formula>, while this math is wrapped in dollar signs, <inline-formula><alternatives><mml:math display="inline"><mml:mi>A</mml:mi><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mi>b</mml:mi></mml:math><tex-math><![CDATA[Ax=b]]></tex-math></alternatives></inline-formula>.</p>
   - title: Display Math (label)
     tree:
       type: root
@@ -198,14 +198,14 @@ cases:
           identifier: my-equation
           enumerator: 1
           value: w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}
-    jats: <disp-formula id="my-equation"><label>(1)</label><alternatives><mml:math><mml:semantics><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:semantics></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
+    jats: <disp-formula id="my-equation"><label>(1)</label><alternatives><mml:math><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
   - title: Display Math (no label)
     tree:
       type: root
       children:
         - type: math
           value: w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}
-    jats: <disp-formula><alternatives><mml:math><mml:semantics><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:semantics></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
+    jats: <disp-formula><alternatives><mml:math><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
   - title: Display Math (not numbered)
     tree:
       type: root
@@ -215,7 +215,21 @@ cases:
           enumerated: false
           enumerator: 1
           value: w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}
-    jats: <disp-formula id="my-equation"><alternatives><mml:math><mml:semantics><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:semantics></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
+    jats: <disp-formula id="my-equation"><alternatives><mml:math><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>r</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mi>s</mml:mi><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:msub><mml:mi>w</mml:mi><mml:mi>t</mml:mi></mml:msub><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo><mml:mo>+</mml:mo><mml:msub><mml:mi>y</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>t</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msub></mml:math><tex-math><![CDATA[w_{t+1} = (1 + r_{t+1}) s(w_t) + y_{t+1}]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
+  - title: Display Math strips latex comments and is on a single line
+    tree:
+      type: root
+      children:
+        - type: math
+          identifier: my-equation
+          enumerated: false
+          enumerator: 1
+          value: |
+            A
+            x
+            = % some saucy comment
+            b
+    jats: <disp-formula id="my-equation"><alternatives><mml:math><mml:mi>A</mml:mi><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mi>b</mml:mi></mml:math><tex-math><![CDATA[A x = b]]></tex-math></alternatives></disp-formula>
   - title: Lists
     tree:
       type: root