-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 38
/
Makefile
66 lines (57 loc) · 2.33 KB
/
Makefile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
CC= gcc
CFLAGS= -g -Wall -Wc++-compat -std=c99 -msse4 -O3
CPPFLAGS=
INCLUDES=
OBJS= kalloc.o kthread.o algo.o sys.o gfa-base.o gfa-io.o gfa-aug.o gfa-bbl.o gfa-ed.o \
sketch.o misc.o bseq.o options.o shortk.o miniwfa.o \
index.o lchain.o gchain1.o galign.o gcmisc.o map-algo.o cal_cov.o \
format.o gmap.o ggsimple.o ggen.o asm-call.o
PROG= minigraph
LIBS= -lz -lpthread -lm
ifneq ($(asan),)
CFLAGS+=-fsanitize=address
LIBS+=-fsanitize=address -ldl
endif
.SUFFIXES:.c .o
.PHONY:all clean depend
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
all:$(PROG)
minigraph:$(OBJS) main.o
$(CC) $(CFLAGS) $^ -o $@ $(LIBS)
clean:
rm -fr gmon.out *.o a.out $(PROG) *~ *.a *.dSYM
depend:
(LC_ALL=C; export LC_ALL; makedepend -Y -- $(CFLAGS) $(DFLAGS) -- *.c)
# DO NOT DELETE
algo.o: kalloc.h algo.h miniwfa.h kvec-km.h ksort.h
asm-call.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h ggen.h bseq.h gfa-priv.h algo.h
bseq.o: bseq.h kvec-km.h kalloc.h kseq.h
cal_cov.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h gfa-priv.h algo.h kalloc.h
format.o: kalloc.h mgpriv.h minigraph.h gfa.h
galign.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h kalloc.h miniwfa.h
gchain1.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h ksort.h khashl.h kalloc.h gfa-priv.h
gcmisc.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h kalloc.h
gfa-aug.o: gfa-priv.h gfa.h ksort.h
gfa-base.o: gfa-priv.h gfa.h kstring.h khashl.h kalloc.h ksort.h
gfa-bbl.o: gfa-priv.h gfa.h kalloc.h ksort.h kvec.h
gfa-ed.o: gfa-priv.h gfa.h kalloc.h ksort.h khashl.h kdq.h kvec-km.h
gfa-io.o: kstring.h gfa-priv.h gfa.h kseq.h
ggen.o: kthread.h kalloc.h sys.h bseq.h ggen.h minigraph.h gfa.h mgpriv.h
ggen.o: gfa-priv.h
ggsimple.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h gfa-priv.h kalloc.h bseq.h algo.h
ggsimple.o: sys.h ggen.h kvec-km.h
gmap.o: kthread.h kalloc.h bseq.h sys.h mgpriv.h minigraph.h gfa.h gfa-priv.h
index.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h khashl.h kalloc.h kthread.h kvec-km.h
index.o: sys.h
kalloc.o: kalloc.h
kthread.o: kthread.h
lchain.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h kalloc.h krmq.h
main.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h gfa-priv.h sys.h ketopt.h
map-algo.o: kalloc.h mgpriv.h minigraph.h gfa.h khashl.h ksort.h
miniwfa.o: miniwfa.h kalloc.h
misc.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h ksort.h
options.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h sys.h
shortk.o: mgpriv.h minigraph.h gfa.h ksort.h kavl.h algo.h khashl.h kalloc.h
sketch.o: kvec-km.h kalloc.h mgpriv.h minigraph.h gfa.h
sys.o: sys.h