diff --git a/README.md b/README.md index 6865885..3a21ccb 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -59,6 +59,7 @@ save(txi,file="txi.rda") #txi.rda保存结果用于后续基因表达 ``` # 使用rmarkdown生成html报告 +以`/home/others/xli/RNA-Seq2`目录下数据为例。 安装`knitr`包: ``` install.packages('knitr', dependencies = TRUE) @@ -84,6 +85,17 @@ biocLite("KEGGgraph") biocLite("org.Mm.eg.db") ``` +准备样品信息文件`sample2.list`,格式如下: +``` +sample condition +lane1-1 T +lane1-2 T +lane1-3 T +lane1-4 W +lane1-5 W +lane1-6 W +``` + 运行rmarkdown报告模版: ``` /opt/apps/R/bin/R -e "rmarkdown::render('rnaseq_report.Rmd')"