assocload.config

#format: sh
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#  assocload.config
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#  This file sets up environment variables that are needed for the
#  miRBASE/Marker data to be handled by the Association loader.
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#  GENERAL SETTINGS
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#  include mirbase.config in config file list

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#  DATABASE SETTINGS
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# include MGICONFIG/master.config.sh in config list

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#  LOAD SPECIFIC SETTINGS
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#  Path name of the archive, logs, reports and output directories
FILEDIR=${DATALOADSOUTPUT}/mgi/mrkcoordload/assocload
ARCHIVEDIR=${FILEDIR}/archive
LOGDIR=${FILEDIR}/logs
RPTDIR=${FILEDIR}/reports
OUTPUTDIR=${FILEDIR}/output

#  Complete path name of the input file
INPUTDIR=${DATALOADSOUTPUT}/mgi/mrkcoordload/input
INFILE_NAME=${INPUTDIR}/mirbase_assocload.txt

#  Set the size of the memory buffer used when reading an input file
INFILE_BUFFERSIZE=21000000

#  Complete path name of the log files
LOG_PROC=${LOGDIR}/assocload.proc.log
LOG_DIAG=${LOGDIR}/assocload.diag.log
LOG_CUR=${LOGDIR}/assocload.cur.log
LOG_VAL=${LOGDIR}/assocload.val.log

#  Send debug messages to the diagnostic log (true or false)
LOG_DEBUG=false

export FILEDIR ARCHIVEDIR LOGDIR RPTDIR OUTPUTDIR
export INPUTDIR INFILE_NAME INFILE_BUFFERSIZE
export LOG_PROC LOG_DIAG LOG_CUR LOG_VAL LOG_DEBUG

#  The J-Number for the load
J_NUMBER=J:105741

#  The name of the job stream for the load
JOBSTREAM=mirbase_assocload

export J_NUMBER JOBSTREAM

#  Association Loader settings
ASSOCLOAD_FROM_FILE=true
ASSOCLOAD_TARGET_MGI_TYPE=Marker
ASSOCLOAD_DELETE_RELOAD=false

export ASSOCLOAD_FROM_FILE
export ASSOCLOAD_TARGET_MGI_TYPE ASSOCLOAD_DELETE_RELOAD

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#  BCP MANAGER SETTINGS BY DATABASE
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#  Settings used to create a BCP manager for the RADAR database
#  additional settings are in mirbase.config
RADAR_BCP_PATH=${OUTPUTDIR}
RADAR_BCP_OK_TO_OVERWRITE=true

export RADAR_BCP_PATH RADAR_BCP_OK_TO_OVERWRITE

#  Settings used to create a BCP manager for the MGD database
#  additional settings are in mirbase.config
MGD_BCP_PATH=${OUTPUTDIR}
MGD_BCP_OK_TO_OVERWRITE=true

export MGD_BCP_PATH MGD_BCP_OK_TO_OVERWRITE

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#  BCP SETTINGS BY TABLE (OVERRIDE BCP MANAGER SETTINGS)
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#  RADAR database table settings
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MGI_ASSOCIATION_BCP_PRESQL="delete from MGI_Association where _JobStream_key in (select _JobStream_key from APP_JobStream where jobStreamName = '${JOBSTREAM}')"

export MGI_ASSOCIATION_BCP_PRESQL

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#  MISCELLANEOUS SETTINGS
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#  The name of the load for the subject of an email notification
MAIL_LOADNAME="miRBASE/Marker Association Load"

export MAIL_LOADNAME