README.md

2eme école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM Niveau 2 (EBAIIn2 2023)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 04-06-2023 au 09-06-2023 à la station biologique de Roscoff

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2023/ebaiin2/

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

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Accéder au Jupyter Hub IFB :

https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

• prendre 4 cpu et 15Go

Supports de cours

Visualisation en R

Thématique	Intervenant	Lien vers la présentation
Programme	Vincent Guillemot	[PDF]
Packages	Vincent Guillemot	[PDF]
dplyr	Vincent Guillemot	[PDF]
ggplot2	Vincent Guillemot	[PDF]
couleurs	Vincent Guillemot	[PDF]
pheatmap	Vincent Guillemot	[PDF]
upset	Vincent Guillemot	[PDF]

Lien vers le script partagé du cours de R.

Lien vers les données fruits.

FAIR

Cours	Intervenants	Supports
Sciences ouvertes et principes FAIR	Charlotte Berthelier & Thomas Denecker	pdf

ChIP-seq

Cours	Intervenants	Supports
ChIPseq Workshop (Rendu HTML)	Lucie Khamvongsa, Rachel Legendre	html
ChIPseq Workshop (Rmarkdown)	Lucie Khamvongsa, Rachel Legendre	Rmd
Diaporama	Lucie Khamvongsa, Rachel Legendre	Google doc

RNA-seq

Fichier	Intervenant	Lien
Script Rmarkdown vide	Hugo Varet	Rmd
Script Rmarkdown complet	Hugo Varet	Rmd
Rendu HTML	Hugo Varet	HTML
Données	Hugo Varet	ZIP

DNAseq

Fichier	Intervenant	Supports
Introduction et rappel	Nadia Bessoltane / Vivien Deshaies	[Slides]
Analyse des variants post-VCF : small variants	Nadia Bessoltane / Vivien Deshaies	[Rmd] [html] [ZIP]
Analyse des variants post-VCF : structural variants	Nadia Bessoltane / Vivien Deshaies	[Rmd] [html] [ZIP]

Intégration de données

Thématique	Intervenant·e·s.	Lien vers la présentation
INTRO	VG + CP + RL + LK	[PDF]
ACP	VG + CP + RL + LK	[PDF]
CCA	VG + CP + RL + LK	[PDF]
RGCCA	VG + CP + RL + LK	[PDF]

Lien vers le script partagé du cours de R.

Lien vers les données.

Une proposition d'analyse des données "Gliome".