-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 8
/
main.nf
131 lines (107 loc) · 3.96 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
#!/usr/bin/env nextflow
import Constants
import Utils
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/oncoanalyser
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/oncoanalyser
Website: https://nf-co.re/oncoanalyser
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/oncoanalyser
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
IMPORT NF-CORE UTILITY FUNCTIONS / SUBWORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'
include { getGenomeAttribute } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
SET DEFAULT VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
params.ref_data_genome_fasta = getGenomeAttribute('fasta')
params.ref_data_genome_fai = getGenomeAttribute('fai')
params.ref_data_genome_dict = getGenomeAttribute('dict')
params.ref_data_genome_bwamem2_index = getGenomeAttribute('bwamem2_index')
params.ref_data_genome_gridss_index = getGenomeAttribute('gridss_index')
params.ref_data_genome_star_index = getGenomeAttribute('star_index')
WorkflowMain.setParamsDefaults(params, log)
WorkflowMain.validateParams(params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
CREATE PLACEHOLDER FILES FOR STUB RUNS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
// NOTE(SW): required prior to workflow import
if (workflow.stubRun && params.create_stub_placeholders) {
Utils.createStubPlaceholders(params)
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
IMPORT WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { TARGETED } from './workflows/targeted'
include { WGTS } from './workflows/wgts'
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
run_mode = Utils.getRunMode(params.mode, log)
workflow NFCORE_ONCOANALYSER {
if (run_mode === Constants.RunMode.WGTS) {
WGTS()
} else if (run_mode === Constants.RunMode.TARGETED) {
TARGETED()
} else {
log.error("received bad run mode: ${run_mode}")
Nextflow.exit(1)
}
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
workflow {
//
// SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
//
PIPELINE_INITIALISATION(
params.version,
params.help,
params.validate_params,
params.monochrome_logs,
args,
params.outdir,
)
//
// WORKFLOW: Run main workflow
//
NFCORE_ONCOANALYSER()
//
// SUBWORKFLOW: Run completion tasks
//
PIPELINE_COMPLETION(
params.email,
params.email_on_fail,
params.plaintext_email,
params.outdir,
params.monochrome_logs,
params.hook_url,
)
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/