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2023-07-30 |
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这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。
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苍穹巨灵——麋鹿。麋鹿是我国特有物种、世界珍稀动物。图片来源 - 新华社
本周话题：如何做亮眼的研究生？
近日，颜宁在面试 20 余位研究生后公开评价没有让她眼前一亮的。
她的面试问题是：
假设时间来到10年后，你已经成为一名PI（Principal Investigator， 即独立带领一个实验室的博导），你拥有所需要的所有资源（优秀的科研团队、充足的经费、完善的实验设备、大把的时间），那你最想探索的科学问题是什么？换一种说法，这一辈子有什么科学问题或者技术难题，你能解答或者突破，就觉得今生无憾了？
这样的评价是否正确？又如何做亮眼的研究生呢？
@ShixiangWang：我觉得可能颜教授在国外呆的太久，又全是在顶级高校中呆着，所以对学生产生了不合理的预期。我们国家当前的文化、环境往往在多个方面消磨人的兴趣和耐心，社会又进入了“卷”时代，恐怕不能做太多的要求吧？不要说学生，颜教授大可以问问国内的 PI 们，有多少人在研究生的时候想过这个问题？目前是否还在想这个问题？还在实际探索这种问题？我个人觉得研究生阶段最重要的是培养自我的独立思考能力和专注工作的能力，兴趣可以培养、大部分人也到不了领域金字塔的尖端，但这两项能力是扎根科技工作的根本，无论到哪里，终究会“亮眼”。
1、Nat Rev Clin Oncol | 肠道肿瘤微生物组标签(GOMS)是癌症免疫治疗的下一代生物标志物
来自法国巴黎-萨克雷大学的Laurence Zitvogel教授课题组讨论了各种亚型的癌症患者如何与看似无关的慢性炎症性疾病患者共享几个GOMS，而这些患者的GOMS又往往不同于健康个体。作者讨论了上述在不同癌症类型(808例患者)中与ICI临床获益或耐药相关的GOMS模式荟萃分析的结果，重点关注肠道生态失调的代谢和免疫学替代标志物，并提出了在免疫肿瘤学前瞻性临床试验决策中纳入GOMS的实用指南。
2、Nature | 基于空间分辨转录组学分析良、恶性组织拷贝数状态，揭示全基因组CNV的独特克隆模式
发表在Nature上面的一篇文章，研究团队利用空间组学技术系统地研究了前列腺器官的原位基因组的完整性，并描述了先前未被确定的克隆关系，同时推测了良性和恶性组织中多个器官约12万个区域的空间拷贝数变化，揭示了全基因组拷贝数变异（CNV）在肿瘤和附近的良性组织中独特的克隆模式。
3、Scientific Reports | 群体遗传研究中基于主成分分析（PCA）的结果存在高度偏倚，必须重新评估
主成分分析 （PCA） 是一种多变量分析，可在保留数据协方差的同时降低数据集的复杂性。结果可以在彩色散点图上可视化，理想情况下只有最小的信息损失。PCA应用程序在EIGENSOFT和PLINK等被广泛引用的软件包中实现，被广泛用作群体遗传学和相关领域（例如，动物和植物或医学遗传学）中最重要的分析。PCA结果用于塑造研究设计，识别和表征个体和人群，并得出有关起源，进化，分散和相关性的历史和种族生物学结论。科学中的可复制性危机促使研究人员评估PCA结果是否可靠，稳健和可复制。作者的结论是，PCA可能在遗传调查中具有偏倚作用，相关的32000到216000项遗传研究应重新评估。同时，作者讨论了另一种混合混合群体遗传模型。
4、Nature | 揭开p53基因与癌症发生之间的全新关系，为广谱抗癌药物开发指明方向
纪念斯隆凯特琳癌症研究所的研究人员发现当细胞缺失p53后，并不是单纯地引起基因混乱，而是促进一种可预测的、有序而确定的癌症基因组进化。这种出人意料的发现提供了一种新的方式来思考治疗癌症的可能性。
Colossal 由“当代基因组学教父”George Church、新兴技术和软件企业家Ben Lamm和一众知名遗传学家共同创立。Colossal 在复活已灭绝物种猛犸象和塔斯马尼亚虎的工作吸引了业内人士的广泛关注。Colossal 团队认识到传统生物信息学流程在快速分析大量数据方面的不足以及市场上缺乏必要的软件功能。Form Bio最初是为了推进重现史前灭绝猛犸象而开发的，可解决数据泛滥的问题，同时满足行业对简单、用户友好的平台的迫切需求。目前，Form Bio由Colossal的内部工具转变为独立软件公司，旨在使科学家能够在更短的时间和更少的努力中获得发现和突破。
Form平台位于生物学和现实发现的交叉点。它将数据管理、工作流程、结果可视化和协作的核心组件整合到一个解决方案中。Form Bio包括了经过验证的工作流程的广泛目录，涵盖从古代DNA分析和转录组学到AAV基因治疗的广泛科学用例。该平台还为针对特定行业和学术领域的需求量身定制的基于人工智能的高级应用程序奠定了基础。
对比国内国外的生信发展感觉差距好大。国外的专业生信软件公司都出来了，还有这么大的风险投资，但国内的生信还不被研究机构认可。
近日，民间科学大奖揭晓，白洋、白凡等 10 人斩获今年的科学探索奖。
“科学探索奖”秉承“面向未来、奖励潜力、鼓励探索”的宗旨，鼓励青年科技工作者心无旁骛地探索科学“无人区”。奖项面向基础科学和前沿技术的十个领域，每年遴选不超过50位获奖人，每位获奖人将在5年内获得总计300万元人民币奖金，是目前国内金额最高的青年科技人才资助计划之一。科学探索奖设立于2018年，5年来一共资助248位青年科学家，他们来自26个城市，90所科研机构，平均年龄41岁。
本文图文并茂的介绍了如何绘制进化树，从最基础的软件下载、配置到最终的结果可视化（基于编码区DNA的系统发育分析）。
8、国自然“十四五”优先发展领域公布，生物医学领域节选近 50 项
可见生物医学领域的产业化价值很大的。这里节选跟生物信息学直接相关的条目：
- 机体功能活动的生物信息流：生物信息流是生命存在的基本特征和生物学的前沿科学问题，重点研究基因的结构、功能、变异、传递和表达规律，核酸修饰与调控，染色质装配及高级结构，表观遗传信息的建立与继承，发育与衰老相关的遗传和表观遗传调控，细胞对环境信号的响应与记忆，代谢信息流的产生与调控等问题，以揭示生物信息流基本规律，理解其在健康与疾病状态中的意义。
来自余老师实验室的R包aplot现在也支持绘制oncoplot图了，大家可以多多使用并提出自己的需求以完善这个功能。
本文罗列了生物信息学领域的有影响力的期刊，并从投稿角度推荐了一个投稿顺序。
11、Greed
Greed 是一个基于贝叶斯贪婪算法的聚类工具，能够使用不同类型的生成模型对网络、计数数据矩阵等进行基于模型的聚类。通过优化综合分类似然度，同时进行模型选择和聚类。
12、sioyek
Sioyek 基于键盘操作，可以快速搜索打开你之前交互过的文档，而且就算文档中的引用没有链接也可以直接跳转，特别适合阅读和研究论文、技术书籍。
React现在非常流行，并且基于react的生态系统也非常强大。 reactR 旨在让 R 用户更轻松地整合React到R语言中的R包。其提供了很多方便的功能，用于在 R 中使用 React，并且可以借由React生态的丰富组件来增强R Web 和 Shiny应用的使用体验。
15、joplin
Joplin 是一个免费、开源的笔记和待办事项应用程序，可以处理大量组织成笔记本的笔记。这些笔记可以进行搜索、复制、标记和修改，也可以直接在应用程序中或从使用者自己的文本编辑器中进行编辑。这些笔记采用 Markdown 格式进行信息记录。
顾祖光开发的一个 Shiny app，展示世界的学术引用大佬们，快去膜拜吧！
18、Mermaid | 在Markdown中创建与修改图表
Mermaid 是一个基于 Javascript 的图表绘制工具，通过解析类 Markdown 的文本语法来实现图表的创建和动态修改，其主要目的是让文档的更新能够及时跟上开发进度。
- 第 46 期：你的苹果M系列芯片电脑跑生信顺利么？
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）
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（完）