diff --git a/devtools/createSoftForcefield.py b/devtools/createSoftForcefield.py
index 3f4daa6..97e9832 100644
--- a/devtools/createSoftForcefield.py
+++ b/devtools/createSoftForcefield.py
@@ -51,18 +51,21 @@
omitTypes = set()
omitClasses = set()
for atomType in forcefield._atomTypes:
- (atomClass, mass, element) = forcefield._atomTypes[atomType]
- if element is None or element == elem.hydrogen:
+ data = forcefield._atomTypes[atomType]
+ if data.element is None or data.element == elem.hydrogen:
omitTypes.add(atomType)
- omitClasses.add(atomClass)
+ omitClasses.add(data.atomClass)
else:
- print(' ' % (atomType, atomClass, element.symbol, mass))
+ print(' ' % (atomType, data.atomClass, data.element.symbol, data.mass))
print(' ')
# Print the residue templates.
print(' ')
+skipTemplates = ('ASH', 'CYM', 'GLH', 'HID', 'HIE', 'LYN')
for template in forcefield._templates.values():
+ if template.name in skipTemplates or template.name[1:] in skipTemplates:
+ continue
print(' ' % template.name)
atomIndex = {}
for i, atom in enumerate(template.atoms):
@@ -86,8 +89,8 @@
type1 = next(iter(bonds.types1[i]))
type2 = next(iter(bonds.types2[i]))
if type1 not in omitTypes and type2 not in omitTypes:
- class1 = forcefield._atomTypes[type1][0]
- class2 = forcefield._atomTypes[type2][0]
+ class1 = forcefield._atomTypes[type1].atomClass
+ class2 = forcefield._atomTypes[type2].atomClass
print(' ' % (class1, class2, bonds.length[i], bondK))
print(' ')
@@ -100,9 +103,9 @@
type2 = next(iter(angles.types2[i]))
type3 = next(iter(angles.types3[i]))
if type1 not in omitTypes and type2 not in omitTypes and type3 not in omitTypes:
- class1 = forcefield._atomTypes[type1][0]
- class2 = forcefield._atomTypes[type2][0]
- class3 = forcefield._atomTypes[type3][0]
+ class1 = forcefield._atomTypes[type1].atomClass
+ class2 = forcefield._atomTypes[type2].atomClass
+ class3 = forcefield._atomTypes[type3].atomClass
print(' ' % (class1, class2, class3, angles.angle[i], angleK))
print(' ')
@@ -110,31 +113,22 @@
print(' ')
torsions = [f for f in forcefield._forces if isinstance(f, ff.PeriodicTorsionGenerator)][0]
+wildcardType = forcefield._atomClasses['']
for torsion in torsions.proper:
- type1 = next(iter(torsion.types1))
- type2 = next(iter(torsion.types2))
- type3 = next(iter(torsion.types3))
- type4= next(iter(torsion.types4))
- if type1 not in omitTypes and type2 not in omitTypes and type3 not in omitTypes and type4 not in omitTypes:
- class1 = forcefield._atomTypes[type1][0]
- class2 = forcefield._atomTypes[type2][0]
- class3 = forcefield._atomTypes[type3][0]
- class4 = forcefield._atomTypes[type4][0]
- print(' ')
for torsion in torsions.improper:
- type1 = next(iter(torsion.types1))
- type2 = next(iter(torsion.types2))
- type3 = next(iter(torsion.types3))
- type4= next(iter(torsion.types4))
- if type1 not in omitTypes and type2 not in omitTypes and type3 not in omitTypes and type4 not in omitTypes:
- class1 = forcefield._atomTypes[type1][0]
- class2 = forcefield._atomTypes[type2][0]
- class3 = forcefield._atomTypes[type3][0]
- class4 = forcefield._atomTypes[type4][0]
- print(' ')
diff --git a/pdbfixer/soft.xml b/pdbfixer/soft.xml
index 78aa919..3944950 100644
--- a/pdbfixer/soft.xml
+++ b/pdbfixer/soft.xml
@@ -1,18 +1,172 @@
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