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readRUN_doEOFs_GRID_LOG.m
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readRUN_doEOFs_GRID_LOG.m
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% readRUN_doEOFs_GRID_LOG(gridFile,outDir)
% read RUN BFM on grid43 and prepare EOFs on grid 72 on logaritmic value
function readRUN_doEOFs_GRID(gridFile,outDir)
% --------- i dati sono su mesh KB ----
dirdata='/myo1/Archive_DA/CH3_R29_KB' ;
V = KB_mask;
%-------------------------------------
% ----------------- nearest interpolation data --------------
filemask1=V.maskfile;
M1=ncread(filemask1,'nav_lon','nav_lat','nav_lev','tmask','gdept');% gdept altezza del centro cella
M2 = ncread(gridFile);
nx=size(M2.lon,2);
ny=size(M2.lon,1);
tmask1 = logical(squeeze(M1.tmask(1,:,:)));
tmask2 = logical(squeeze(M2.tmsk( 1,:,:)));
IND = getIndForFastinterp2(M1.nav_lon, M1.nav_lat, tmask1, M2.lon, M2.lat, tmask2);
z200_M1 =getDepthIndex(M1.nav_lev,200) + 1 ; % profondita fino a 208.4metri nella griglia 43
z200_M2 =getDepthIndex(M2.dep ,200) + 1 ; % il 26 livello e' a quota 209.5
%%% considerare solo i punti oltre 200 metri 14^lev (208.448)
%%% fare eof fino a 200 m
% profondita' delle 2 griglie fino a 200 metri
depth_1 = M1.gdept(1:z200_M1);
depth_2 = M2.dep( 1:z200_M2);
nlev_2 = numel(M2.dep);
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% verifico quante regioni ci sono
qualiregs = unique(M2.regs(:));
NREGIONI = length(qualiregs);
disp(['number of regions =' num2str(NREGIONI)]); %disp('regions: ');disp(qualiregs);
ndmese=[31 28 31 30 31 30 31 30 31 31 30 31];
% conto quanti profili ci sono per profondita' fino a 209.5 metri (26lev)
A01 = M2.tmsk(1:z200_M2,:,:); %
SUP = squeeze(sum(A01,1)); % numero di celle da 0 a z200_M2
REGSnoterra = M2.regs;
REGSnoterra(SUP<z200_M2) = 0;
vREGSnoterra = REGSnoterra(:); % vettore con le regioni solo acqua oltre 200 metri
nTimes=1000;
%%%%%%%LETTURA FILE RUN AND DO EOFs %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
for mm=1:12
ii = 0;
profiliREG = zeros(z200_M1, nTimes, NREGIONI) ;
for yyyy=1999:2005
for dd=1:ndmese(mm)
yyyytxt = num2str(yyyy);
mmtxt = num2str(mm,'%02d');
ddtxt = num2str(dd,'%02d');
filename = [dirdata '/ch3.' yyyytxt mmtxt ddtxt '.nc'];
if exist(filename,'file')
disp(['reading ...' filename(end-14:end)]);
STR = ncread(filename);
chl3D = STR.ch3; chl3D(chl3D >= 9.999E19)=NaN;
chl3D=log(chl3D);
% trasferisco la map43 su map72
Mv=zeros(z200_M1,ny*nx);
for ip=1:z200_M1
map_1=squeeze(chl3D(ip,:,:));
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% map72 = grid43togrid72(map43); % ricostruisco il campo 3D su grid72
map_2 = interp2_WetPoint_fast(map_1,tmask1,tmask2,IND);
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
Mv(ip,:)=map_2(:);
end %for ip (levs)
% attenzione mantengo i livelli di grid43 ... interpolero'
% poi i profili degli autovettori
% Mv(1:z200_M1, 1:nx72*ny72)=reshape(M,[z200_M1,nx72*ny72]);% vettorizzo la matrice
ii=ii+1 ;
% inan=0;
% ------------- ciclo sulle regioni, DEVE essere veloce -----------------------------------------
for ireg=1:NREGIONI,
quali = vREGSnoterra==ireg;
if any(quali),
Mv0 = Mv(:,quali);
%%%% ATTENZIONE USO il nanmean perche' nel trasferire map43 in map72 alcuni punti
%%%% hanno profili diversamente lunghi
TheProfile=nanmean(Mv0,2) ;
if ~isnan(TheProfile)
profiliREG(1:z200_M1,ii,ireg)=TheProfile; % profilo medio su tutta la regione
else
profiliREG(1:z200_M1,ii,ireg)=0;
% inan=inan+1;
end %if isnan
end
end %for ireg
% ------------------------------------------------------------------------------------------------
% disp(inan);
end %if exist
end %for dd
end %for yyyy
profiliREG = profiliREG(:,1:ii,:);
% tante EOFs quanti sono i profili
disp('calcolo anomalie')
E_2nc = zeros(NREGIONI, nlev_2 , z200_M1 ) ; % ma sul secondo indice lo riempio fino a z200_M2
Taunc = zeros(NREGIONI, z200_M1 ) ;
for ireg=1:NREGIONI
disp(['profili ' num2str(ireg)])
profili=squeeze(profiliREG(:,:,ireg));
[n m]=size(profili); % n e' uguale a z200_M1
Mprofili = mean(profili,2); % profilo medio per tutti casi di un mese
ANOprofili = profili-repmat(Mprofili,1,m); % anomalie % NON SONO normalizzate
[E psev V]=svd(ANOprofili,0);
[n nE]=size(E); % nE number of EOFs
E_2= interp1(depth_1, E, depth_2,'linear','extrap');
E_2nc(ireg,1:z200_M2,:)=E_2;
Taunc(ireg,:)=diag(psev/sqrt(m)); % eigenvalue diagional of Tau [np x np]
end
%% Save date in eof.NREGIONI.mm.nc file for 3dvar
caseNREG=NREGIONI ;
if NREGIONI>1000, caseNREG=100; end
switch caseNREG
case 1, eofFile=[outDir 'MED_LOG/eof.',num2str(NREGIONI),'.',num2str(mm,'%02d'),'.nc'];
case 2, eofFile=[outDir 'ESO_LOG/eof.',num2str(NREGIONI),'.',num2str(mm,'%02d'),'.nc'];
case 9, eofFile=[outDir 'SUB_LOG/eof.',num2str(NREGIONI),'.',num2str(mm,'%02d'),'.nc'];
case 100, eofFile=[outDir 'ALL_LOG/eof.',num2str(NREGIONI),'.',num2str(mm,'%02d'),'.nc'];
otherwise
disp('Region type should be 1, 2 or 3')
end
disp(eofFile)
% --------- scrittura su file -------------------------------------
cdfid = mexcdf('CREATE',eofFile, 'CLOBBER');
% Define dimensions.
nregdimid = mexcdf('DIMDEF', cdfid, 'nreg', NREGIONI);
nlevdimid = mexcdf('DIMDEF', cdfid, 'nlev', nlev_2 );
neofdimid = mexcdf('DIMDEF', cdfid, 'neof', nE );
% Define variables.
evaid = mexcdf('VARDEF', cdfid, 'eva', 'FLOAT', 2, [neofdimid nregdimid] );
evcid = mexcdf('VARDEF', cdfid, 'evc', 'FLOAT', 3, [neofdimid nlevdimid nregdimid] );
mexcdf('ENDEF', cdfid);
% Store data
mexcdf('VARPUT', cdfid, evaid, [0 0 ], [nE NREGIONI], Taunc);
mexcdf('VARPUT', cdfid, evcid, [0 0 0], [nE nlev_2 NREGIONI], E_2nc);
mexcdf('SYNC', cdfid);
% Close output file.
mexcdf('CLOSE', cdfid);
end