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%LOC='/usr2/home/matlab/OPA-DA/V0-static-data/';
%LOC='/usr2/home/matlab/OPA-DA/V0_4.9-static-data/';
%LOC='/usr2/home/matlab/OPA-DA/V1_4.9-static-data/';
LOC='/home/matlab/OPA-DA/V4_4.9-static-data/CCI_CLIM_CMEMS/';
% IN LOC VANNO I RISULTATI (3D_VAR e MISFIT)
% bisogna avere le due griglie, fornite da fortran90
% per SUB e SUB_ALL
%% varSat
%verificare che non sia già esistente
%dirdata='/storage/matlab/Archive_satellite/CCI_CNR/';
%dirdata='/storage/matlab/Archive_satellite/CCI_CNR_CMEMS/CHECKED/';
dirdatasat='/storage/matlab/Archive_satellite/NEW_CCI_10days';
limstd=2; % Nella funzione usati solo
dayF=10; % per nomi dei file
%W=SWIFS_mask16;
W=V4_mask;
%climfile='/storage/matlab/MOVED/Archive_Climatologies/Satellite/CCI02/CLIMATOLOGY_15.mat';
%varsat_on_origmesh='/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/CCI_CMEMS/';
dirvarsat='/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/CCI_CMEMS/';
%var_sat_CCI_10gg(limstd,dayF,W,dirdata,climfile,varsat_on_origmesh)
var_sat_CCI_10gg(limstd,dayF,W,dirdatasat,dirvarsat)
%questa funzione al momento è qui
%/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT
%% Increase VarSat in summer
% the results should NOT be used for evaluation of varmod
VV=V4_mask;
dirVS = '/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/CCI_CMEMS';
outDIR = '/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/CCI_CMEMS/SUMMER_INCREASED50_100/';
% increasing factor hardcoded
increaseSummerSatVar(dirVS,outDIR,VV) %4 mappe mensili
% la funzione è qui
% /home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT
%% Interp
% Non serve perché medie a 10 gg sono già su griglia V4
% quindi lo ono anche le varianze calcolate al passo precedente
%limstd=2;
%dayF=10;
%DIR_ORIG ='/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/';
%DIR_INT ='/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/V4/INTERP_MAT/CCI_CMEMS/';
%VV=V4_mask;
%Interp_NC_SatelliteChl_offline(varsat_on_origmesh,DIR_INT,dayF,limstd,VV)
%questa funzione al momento è qui
% /home/matlab/annared/INTERP_NCSAT_MATLAB
% per CCI_CMEMS eseguito fino a qui
%% varErr
VV=V4_mask;
dirVE='/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT_MOD/V4/VARERR_CCINEW_RACARBO'; %the output
dirMod='/myo1/CMEMS/WEEKLY/CHL_SUP';
dirSat='/storage/matlab/Archive_satellite/CCI_CNR_CMEMS/WEEKLY_DATES_MODEL'; %calcolata altrove
% è da ricalcolare sui checked/
diff_CCINEW_RACMEMS(dirVE,dirMod,dirSat,VV)
%diff_CCI_RA3(dirOutput,dirMod,dirSat,VV)
% questa funzione al momento è qui
% /home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT_MOD/V4
%% creo i var2D.12.nc per le eof SUB_ALL
limGib=-4.9;
VV=V4_mask;
minMod=0.5;
%minModC=0.5; %coast v1
minModC=3/4; %coast v2
dirVS = '/home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT/CCI_CMEMS';
outDIR = [LOC 'VAR_MOD/RACARBO_CCI'];
varMod_RACARBO_CCINEW(dirVE,dirVS,limGib,VV,minMod,minModC,outDIR) %12 mappe mensili
% questa funzione al momento è qui
% /home/matlab/OPA-DA/VAR_SAT_MOD/V4
%varMod_RA3_CCI(dirVE, DIR_INT,limGib,VV,MaskVersion,minErrMod,outDIR) %12 mappe mensili
% questa funzione al momento è qui
% /home/matlab/annared/TESTVARMOD
%% creo gli eof.9.
% con KB
gridFile = [LOC '3D_VAR/GRID/SUB/BFM_grid.nc'];
outDIR = [LOC '3D_VAR/EOF/' ];
readRUN_doEOFs_GRID(gridFile,outDIR); % scrive in SUB/eof.9.01.nc
%%
%con rea OPEC
LOCV1 = '/usr2/home/matlab/OPA-DA/V1_4.9-static-data/';
gridVar = [LOCV1 '3D_VAR/GRID/SUB/BFM_grid.nc'];
outDir = [LOC '3D_VAR/EOF/SUB/RA03'];
inDir = '/myo1/OPEC/OPA_872_RA-R03/AVE';
readRUN_doEOFs(gridVar,inDir,outDir)
%%
% con rea CMEMS
gridVar = [LOC '3D_VAR/GRID/SUB/BFM_grid.nc'];
outDir = [LOC '3D_VAR/EOF/TEST_WEEKLY'];
inDir = '/myo1/CMEMS/WEEKLY/AVE';
readRUN_doEOFs(gridVar,inDir,outDir)
%%
% con rea CMEMS per float (EOF costanti per 15 subbasin)
gridVar = [LOC '3D_VAR/GRID/SUB15/BFM_grid.nc'];
outDir = [LOC '3D_VAR/EOF/TEST_WEEKLY/'];
inDir = '/myo1/CMEMS/WEEKLY/AVE';
var = ['P_i';'N3n';'O2o'];
readRUN_doEOFs(gridVar,inDir,outDir,var)
%% eof puntuali con rea CMEMS
gridVar = [LOC '3D_VAR/GRID/ALL/BFM_grid.nc'];
outDir = [LOC '3D_VAR/EOF/TEST_WEEKLY'];
inDir = '/myo1/CMEMS/WEEKLY/AVE';
readRUN_doEOFs(gridVar,inDir,outDir)
%% generazione degli EOF SUB-ALL
%coast on fluxus
inDIRvar = [LOC 'VAR_MOD/RACARBO_CCI/' ];
inDIReof = [LOC '3D_VAR/EOF/TEST_WEEKLY/SUB/' ];
% inDIReof = [LOC '3D_VAR/EOF/SUB/KB/' ];
outDIReof = [LOC '3D_VAR/EOF/TEST_WEEKLY/SUB_ALL/' ];
% outDIReof = [LOC '3D_VAR/EOF/SUB_ALL/KB' ];
coastv = 'v01';
VV='V4_mask';
generateSUB_ALL_Eofs(inDIRvar,inDIReof, outDIReof,VV,coastv);