nextflow.config

params {
// Tool selections
// Nextflow QC, set to 'on' to see qc results
qc = 'on'

// Mapping
// smalt, for legacy mapping
// bwa-mem2, recommended for most processing and if run with Simon Harris' indel removals
// bowtie2, recommended if indels to be kept on small-medium runs
mapper = 'bwa-mem2'

// Variant Calling
// freebayes recommended for simple runs to recognised standards
// Simon Harris manipulations
snp = "freebayes"

// Mapping Stage //
mapper = ''
ref = ''

// Smalt
// Smalt Index
// k is k-mer length for index file, s is for word gap allowance
smltk = 13
smlts = 13
// Smalt Map
smlt = [
'-a unused',
'-c unused',
'-d unused',
'-f unused',
'-x unused',
'-F fastq',
'-q unused',
'-i unused',
'-j unused',
'-l unused',
'-m 25',
'-n unused',
'-o unused',
'-p unused',
'-q unused',
'-r unused',
'-S unused',
'-T unused',
'-w unused',
'-x unused'
]

// bwa-mem2
bwa = [
'-o unused',
'-t unused',
'-k unused',
'-w unused',
'-d unused',
'-r unused',
'-y unused',
'-c unused',
'-D unused',
'-W unused',
'-m unused',
'-S unused',
'-o unused',
'-P unused',
'-A unused',
'-B unused',
'-O unused',
'-E unused',
'-L unused',
'-U unused',
'-p unused',
'-R unused',
'-H unused',
'-j unused',
'-5 unused',
'-q unused',
'-K unused',
'-v unused',
'-T unused',
'-h unused',
'-a unused',
'-C unused',
'-V unused',
'-Y unused',
'-M unused',
'-I unused'
]

//Bowtie
bowt = [
'-flag unused'
]
// freebayes; r chromosome, g skip rd over g, require C observations per snp, p ploidy
bays = [
'-r unused', // region of chromosome <chrom>:<start-pos>-<end-pos>
'-g 300',
'-C 1',
'-p 2',
'-t unused', // targets limited to BED-format FILE
'--populations unused', // bayesian inference will be partitioned based on FILE of sample-population pairs
'-A unused',
'-l unused'
]


// RAxML-NG

}