Webpack3.7.1で動作確認しました。jsはWebpackでscssとimgはGulpで処理しています。 PHPファイルでは、jsとcssの読み込み設定、不要なコードのremoveしているのみです。
head内にインラインでcssを埋め込む仕様にしていますのでheader.phpは「php/header.php」を編集してください。
Pjax遷移対応のため、jQueryとBarba.jsに依存。またスライダーはSlick、reset.cssはres.cssを使用しています。必要ない方は該当の箇所を削除してください。
# npmインストール
npm i
# ファイルをdistに出力
gulp
# ファイルを監視して適宜出力
gulp watch