dataset.yamlのFIXME対応

[hiromasaono]

affy_probeset:
label: Affymetrix probeset
catalog: FIXME
category: Probe
prefix: 'http://identifiers.org/affy.probeset/'

AffymetrixのマイクロアレイIDなので、NBDCデータベースカタログにエントリを作るのは適切ではない?
該当なしの場合の表記は、-? 　(dgidbのprefixも同様?)
UI上のDB説明は直書き?

[hiromasaono]

category 決めましょう〜　@inutano @chalkless

bioproject:
label: BioProject
catalog: nbdc00476
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/bioproject/'

sra_accession:
label: SRA accession
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'
sra_analysis:
label: SRA analysis
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'
sra_experiment:
label: SRA experiment
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'
sra_project:
label: SRA project
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'
sra_run:
label: SRA run
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'
sra_sample:
label: SRA sample
catalog: nbdc00687
category: FIXME
prefix: 'http://identifiers.org/insdc.sra/'

[chalkless]

SRAはNGSの実験結果のデータベースだからexperimentみたいなのかとは、個人的には思いました。
すると、上のAffymetrix probesetでも使える?
率直に他の人の意見も聞きたい。

[inutano]

SRXだけなら Experiment だけど Sample とか Run とかにはハマらないので、抽象化するなら DataSet かなあ。

[chalkless]

いっそOtherにまとめる（禁断）

[inutano]

ユーザはOtherを見ないので、、GEO, ArrayExpress とかを将来的に入れたいと思うと DataSet でないですかねえ、他にいいものを思いつかない。

[chalkless]

なら DataSet でいきましょう。

[chalkless]

せんせー、Affymetrix probeset も DataSet に入りますかー。

[hiromasaono]

Affymetrix probeset のcategoryはいちおう　Probe になっております。

[inutano]

probeset 難しい。実験キットに含まれるものの遺伝子に対応するIDなので、抗体の製品名/IDとかと扱いは一緒なのではという気がする。ExperimentalMaterial とかなのかなあ。

[hiromasaono]

SRAシリーズは、DataSetじゃわからん、そんなこと言ったら他もDataSetやんけ(大意) ということで 全体会議でrejectがでました。一周回って NGS とかでいいんじゃないすかね、とおもったんですが、どうですか? (bioproject以外)　@inutano

[inutano]

それはそう > 全部DataSetやんけ

NGSとかにしちゃうと似たようなGEOとかと括れないのがやだなー感あるけど、ユーザ的には一番わかりやすいんですかねー（ぐるぐる）。SRAのレコードは本質的には Metadata of archived measured raw data とかなんですけど。

• bioproject: ResearchProject
• SRA objects: NGS

でいい気がします（そんなに時間をかけるところではない）

[hiromasaono]

• FIXME: valid in RDF? 的なコメント行は残ってます(identifiers.orgでなくオリジナルのURLが書いてあるけどOK?)
  chembl_compound
  civic_gene
  clinvar
  hint
  human_protein_atlas
  instruct
  mbgd_gene
  mbgd_organism
  nando
  togovar
• TODO: Med2RDFを修正するときにidentifiers.orgのURLを使うようにする（必要ならIdentifiers.orgに登録する）
  その後、dataset.yamlを改訂する

[mitsuhashi]

1. clinvarはidentifiers.orgに修正しました。
   dataset.yamlのcommit
   対応表I21セルも修正しました。

2. togovarについて
   RDFの中でID(tgv48208871) は目的語のリテラルとして表現されています。 SPARQL検索
   http://identifiers.org/hco/13/GRCh37#32899264-AAATGG-A dct:indentifier "tgv48208871"
   IDにprefixがついていない形になっています。つまり、http://identifiers.org/togovar/tgv48208871 のような表現はありません。この場合はどのように対応すれば良いでしょうか。どこかで相談させてください。

  # FIXME: valid in RDF?
  prefix: 'http://togovar.biosciencedbc.jp/variation/'

[10nobu]

hintとinstructはタンパク質のIDをつなげているだけでオリジナルのIDを持つとは言えないため、今回TogoIDの変換対象から外したと思いますので、dataset.yamlからも除いて良いのではないでしょうか？