Ensembl RDF 更新問題の代替案としてのBiomart RESTの利用

[hiromasaono]

• IDペア精査の過程で、ensembl_- の各ペアで膨大な重複行があることが判明。

• Ensembl RDFを修正しないといけない。

• ENSELUGとENSDCDGが, 100万行で切れているかもしれない

• ensembl_transcript-go エンドポイントがコケて(?)取得漏れあり　7129297　12737835　44174911　行目

• Ensembl RDF は今後本家で更新されない。

• 今使っているミラーはバージョン102。最新版は103。

• 最新版のミラーを作り続ける?

• Biomart のREST でそれぞれのIDペアは作成できる。

• 全生物種分、wget で取る。

[hiromasaono]

@skwsm @mitsuhashi TogoVarでも使うということで、RDF作成のご対応をよろしくおねがいします🙏。(4月中に間に合う感じでしょうか…)

[skwsm]

@hiromasaono @mitsuhashi 先程、小野さんと話したのですが、５月半ばまでにRDF化コンバータを作成することになりました（TogoIDも6月1日に正式公開のため）。