r-programming.Rmd

# R 语言 {#rprogramming}

```{r echo=FALSE}
library(magrittr)
```

## 安装和配置

### 安装

- ubuntu 安裝 R
  
  参考https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html
  
  ```sh
  # 添加源 以 16.04 xenial 为例，根据自己的ubuntu版本添加相应源
  deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
  # 密匙
  sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
  sudo apt-get update
  sudo apt-get install r-base r-base-dev
  ```

- CentOS 安装 R

  ```sh
  yum install epel-release
  yum install R-core R-core-devel
  ```
  
- 升级 R 版本后装, minor 以上的升级需要重新安装包(`x.y.z`中的`y`).

  参考[这里](https://rstats.wtf/maintaining-r.html#how-to-transfer-your-library-when-updating-r).
  
### 配置

- 设置cran和bioconductor国内源

  可以在用户主目录下新建`.Rprofile`文件，添加:
  
  ```r
  # cran mirror
  options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  # bioconductor mirror
  options(BioC_mirror = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  ```

### 安装包

- centos 7 安装 hdf5r

  见[这](https://www.choyang.me/zh/post/centos-7-r-install-hdf5r/)

- cenos 7 安装 stringr

  stringr 依赖 [stringi](https://cran.r-project.org/web/packages/stringi/), 
  stringi 要求 ICU4C >= 55, 而centos 7 中 icu版本为50.2。我们可以从 stringi 的
  [github 仓库](https://github.com/gagolews/stringi)下载源代码，里面包含ICU安装
  包，直接安装即可。
  
  ```r
  wget https://github.com/gagolews/stringi/archive/v1.4.6.tar.gz - O stringi-1.4.6.tar.gz
  install.packages("stringi-1.4.6.tar.gz")
  install.packages("stringr")
  ```

- `install_github()`安装包的时候出现错误`Error in file.copy(file.path(R.home("doc"), "html", "R.css"), outman)`,
  系统是centos
  
  因为安装 R 的时候缺少`file.path(R.home("doc"), "html", "R.css")`，需要手动创建,
  参考[这](https://github.com/r-lib/devtools/issues/2084)
  
  ```R
  if (!file.exists(x)) {
    dir.create(x, recursive=TRUE)
    file.copy(system.file("html/R.css", package="stats"), x)
  }
  ```
  
- ubuntu 20.04 安装 Cairo 出现错误, `lib-backend.c:34:10: fatal error: X11/Intrinsic.h: No such file or directory`

  已经安装了包的系统依赖 libcairo2-dev, 安装 `libxt-dev`即可，参见 [这里](https://stackoverflow.com/questions/23642353/error-message-installing-cairo-package-in-r?answertab=active#tab-top)
  
## R 包开发

##### 1. github中添加包的 code coverage {-}
  
  1. 使用`usethis::use_coverage()`, 添加test coverage，
  2. 运行后会创建文件`codecov.yml`控制台会显示类似下面markerdown文本，粘贴至
      README文件添加badage
      
        ```
        [![Codecov test coverage](https://codecov.io/gh/yiluheihei/rlatexmath/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/yiluheihei/rlatexmath?branch=master)
        ```
    
  3. 用github账号登录[codecov.io](codecov.io), 添加该仓库至codecov赋予其权限，
      然后会弹出一个token (如下图所示)
          
        ```{r codecov-token,echo=FALSE}
        knitr::include_graphics("image/codecov-token.png")
        ```
  4. 利用`covr::codecov`检测包的test coverage并上传至codecov
       
        ```r
        covr::codecov(token = "YOUR_TOKEN_GOES_HERE")
        ```
        
##### 2. 包中 README.md 中用到的图片存放位置 {-}

因为 cran 中生成 readme 只允许放在少数文件夹下，如`man/figures/`
[**pkgdown**](https://github.com/ropensci/rotemplate/issues/19#issuecomment-506315565) 
跟 cran 保持一致。所以 README.md 中图片建议存放在`man/figures/`，
如果是由 Rmd 文件生成，设置 knitr 图片保存路径
`knitr::opts_chunk(fig.path = "man/figures/")`
 
##### 3. 写 unit test 的时候如果需要读取用`save()`或者`saveRDS()`保存外部数据，出现warning {-}

    Added dependency on R >= 3.5.0 because serialized objects in  serialize/load 
    version 3 cannot be read in older versions of R
    
这是因为 R 在 3.5.0 版本后修改了这两个函数的参数`version`默认为`3`, 保存数据的时候设置参数`version = 2`即可。

##### 4. 按照[r-pkgs](https://r-pkgs.org/data.html#documenting-data)建议写导出`data`的文档，check 的时候出现warning (`Lazyload: TRUE`) {-}

    > "Variables with usage in documentation object '<data-name>' but not in 
    code: '<data-name>'
  
  写成如下形式解决问题，手动指定文档的`name`，最后一行用`NA`替代`"<data-name>"`:  
  
  ```R
  #' title
  #'
  #' Description
  #' 
  #' @name <data-name>
  NA
  ```
##### 5. 帮助文档中公式 {-}

采用<code>\\eqn{*latex*}{*ascii*}</code>(行内公式), 和 
<code>\\deqn{*latex*}{*ascii*}</code>(以段落显示的公式). 
其中 *`latex`* 表示 **LATEX** 公式, *`ascii`* 表示帮助中想要展示的公式,
如$\frac{\lambda^x e^{-\lambda}}{x!}$, 应写成:

```
\eqn{\frac{\lambda^x e^{-\lambda}}{x!}}{%
     \lambda^x exp(-\lambda)/x!}
```
此外，也可以采用 <code>\\eqn{*latexascii*}</code>, 表示 <code>*latex*</code> 和 
<code>*ascii*</code>表示方法相同的时候写一个参数即可。参考
[这里](https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-exts.html#Mathematics).

##### 6. 依赖其他包中的数据 {-}

参考[这里](https://stackoverflow.com/questions/48715141/how-do-i-load-data-from-another-package-from-within-my-package).

1. 直接使用`::`, `<pkg>::<data>`;
2. 如果多次用到该数据，减少多次使用`::`的开销，可以直接复制数据到自己的包中
`<mydata> <- <pkg>::<data>`;
3. 如果可以修改源数据的包，可以导出数据, 在 `<pkg>` 的 `NAMESPACE` 中添加
`@export(<data>)`, 或`roxygen2`添加`@export`字段。然后`@importFrom <pkg> <data>`
就可直接使用数据。(然而老哈的 [r-pkgs](https://r-pkgs.org/data.html#documenting-data)
中说:

    > Never \@export a data set.


##### 7. Mac升级 Big Sur后R 包开发环境被破坏，改进方法 {-}

参考[这里](https://stackoverflow.com/questions/65251887/clang-7-error-linker-command-failed-with-exit-code-1-for-macos-big-sur)

1. 升级 xcode
2. 从这里安装gfortran：https://github.com/fxcoudert/gfortran-for-macOS
3. 修改`~/.R/Makevars`

```sh
# 备份~/.R/Makevars, 如果没有直接新建即可
mv ~/.R/Makevars ~/.R/Makevars.bak

vi ~/.R/Makevars # 添加
FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin19/10.2.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
CXX1X=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX98=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX11=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX14=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX17=/usr/local/gfortran/bin/g++

LLVM_LOC = /usr/local/opt/llvm
CC=/usr/local/gfortran/bin/gcc -fopenmp
CXX=/usr/local/gfortran/bin/g++ -fopenmp
CFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe
CXXFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=c++11 -mtune=native -pipe
LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L$(LLVM_LOC)/lib -Wl,-rpath,$(LLVM_LOC)/lib
CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I$(LLVM_LOC)/include -I/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include
```

## Rstudio

- rstudio git 选择所有文件add并commit

  在commit界面，`ctrl/command + A`全选,然后回车即可，参考[这里
  ](https://stackoverflow.com/a/33913671/3993246)

- ubuntu rstudio不支持中文
  
  这是因为 rstudio 自带的QT5不支持 fctix (搜狗拼音就是依赖fctix)，设置 rstuido 使用系统自带的QT即可，步骤如下
  ```
  # 1.系统自带 qt 的 fctix 插件链接到 rstudio 相应文件夹下
  sudo ln -s /usr/lib/$(dpkg-architecture -qDEB_BUILD_MULTIARCH)/qt5/plugins/platforminputcontexts/libfcitxplatforminputcontextplugin.so /usr/lib/rstudio/plugins/platforminputcontexts/
  ```
  重启 Rstudio 即可


### snippet

在编写脚本的时候，在脚本开始写上该脚本的信息（如作者，时间，脚本说明）

```r
snippet header_script
	################################################################################
	## Description: 
	## Author: 
	## Create Time: `r paste(date())`
	## Updated Time: 
	################################################################################
```

脚本的分段注释, 描述该段代码的作用

```r
snippet header_section
	################################################################################
	################################################################################
```



### Rstudio 常用快捷键

#### Navigating code (代码导航)

##### 跳转到project中的文件/函数(定义)

- `ctrl + .`, 在弹出框中输入文件名或者函数名, 也可以在工具栏的`Go to File/Function` 搜索框中输入要搜索的文件名或者函数名
- `F2`
- 按住`ctrl`, 点击左键

##### 源文件导航

- 跳转到指定行， `Alt+Shift+G` (Mac: `Option+Shift+Cmd+G`).
- 点击源代码编辑器(source editor)下方的状态栏从函数列表中选择函数会跳转到该函数
的源码.

##### 前进和后退

`Ctrl+F9/Ctrl+F10` (Mac: `Cmd+F9/Cmd+F10`)或者是源代码编辑器上方工具栏最左边的方向
箭头。适用于以下情况:

- 不同source文件之间的切换
- 跳转到函数定义处
- 跳转到指定行

#### Code folding (代码折叠) 

以下几类代码可以折叠:大括号`{}`内的代码块(如函数或者条件语句); Rmarkdown 中代码
块 (code chunks) 和标题,及代码段 (code section);任何以四个以上的`-`或`=`或`#`字
符为结尾的注释行(注释行中开始`#`的个数可以为多个)。

```
# Section One ---------------------------------
 
# Section Two =================================
 
### Section Three ############################# 
```

- 折叠, `Alt+L`
- 展开, `Shit+Alt+L`
- 全部折叠, `Alt+O`
- 全部展开, `Shit+Alt+O`
- 插入代码块, `Ctrl+Shit+R` (Mac: `Cmd+Shift+R`)
- 代码块跳转, `Shit+Alt+J`


## R 基础

- 根据序列长度进行迭代（循环）的时候，`1:seq_along(y)`和`1:length(y)`有什么区别？

  应使用`1:seq_along(y)`。当`length(y) = 0 `时`seq_along(y)`返回`integer(0)`，基于`1:seq_along(y)`的循环会抛错； 而`1:length(y)`表示`1:0`的迭代，可能出现意想不到的结果。参见R for Data Science [@grolemund2019]
  
  >You might not have seen `seq_along()` before. It’s a safe version of the familiar `1:length(l)`, with an important difference: if you have a zero-length vector, `seq_along()` does the right thing
  
  ```{r seq-along, collapse=TRUE, error=TRUE}
  y <- vector("double", 0)
  # 抛错
  seq_along(y)
  sapply(1:seq_along(y), function(x) x + 1)
  
  # 正常计算
  1:length(y)
  sapply(1:length(y), function(x) x + 1)
  ```

- 如果我们在`~/.Rprofile`添加了初始化设置，那么如果当前工作目录中有含有`.Rprofile`的时候（如在github上fork的别人的项目中含有该文件），就会忽略`~/.Rprofile`中的设置。

  解决方法`# ~/.Renviron `中设置site profile变量`R_PROFILE=~/Rprofile.site`，然后把之前`.Rprofile`的设置拷贝到`~/Rprofile.site`即可。这是因为R的启动的时候会在读取`.Rprofile`之前读取`~/Rprofile.site`中的设置。

- 设置Alfred快捷打开rstudio的project

  *Preferences > Features > Default Results > Advanced*，然后把任何`.Rproj`文件拖入窗口，[参考于此](https://whattheyforgot.org/project-oriented-workflow.html#tricks-for-opening-projects)
  
- 安装rlang的时候出现错误`复制 C:\R-3.6.0\library\00LOCK-rlang\00new\rlang\libs\x64\rlang.dll到 C:\R-3.6.0\library\rlang\libs\x64\rlang.dll 时出了问题：Permission denied`

  因为如果R包如果包含c++/c/Fortran代码（如rlang），如果已经加载了这种包，在对其进行升级或者重装
  的时候就会出现类似上述错误。关掉加载这些包的R，才能继续重装或升级。

- 出现错误:`C stack usage xxxx is too close to the limit`

  可能是因为调用函数存在无限循环的递归调用
  
  ```r
  foo <- function(...) {
    foo(...)
  }
  ```

- `data.frame`作为list的一个元素
  
  在写函数的时候有时候需要利用参数列表(列表的名称表示参数名)加`do.call()`来调用
  执行函数。一般形如`c(list(arg1=value1, arg2=value2), arg3=value3)`,
  如果有参数的类别是`data.frame`的话(value3)，因为`data.frame`实际上也是列表, 
  这样`data.frame`的每一列都会成为列表的一个元素。为了保证`data.frame`作为列表的
  一个元素，对该参数在构建参数列表的时候要显式的使用`list(df)`,
  `c(list(arg1=value1, arg2=value2), arg3=list(value3))`
  
- `switch`中匹配`NA`, 使用用反引号

   ```r
   swithc(
       var, 
       var1 = ...,
       var2 = ...,
       `NA` = ...
  )
   ```

## tidyverse 数据分析

- `data.frame` 转置(transpose)
  
  tidyverse 中 默认操作数据结构为 `tibble`, 用于替代 R 中`data.frame`，`tibble`
  默认没有行名。下面对用`t()`和 tidyr 方法转置作比较：
  
  用`t()`函数
  
  ```{r t-transpose}
  # 有行名的数据
  df <- data.frame(a = 1:3, b = 4:6)
  row.names(df) <- paste0("r", 1:3)
  
  # as.data.frame(), 保持行名和列名
  t(df) %>% as.data.frame()
  
  # as_tibble, 默认删除行名
  t(df) %>% tibble::as_tibble()
  # 可以用`rowname = NA`保持行名, 左上角有个`*`表示这个tibble有行名
  t(df) %>% tibble::as_tibble(rownames = NA)
  ```
  
  用 tidyr 中函数
  
  ```{r tidyr-transpose}
  # 保持行名和列名, column_to_rownames用于设置行名，返回data.frame
  tibble::rownames_to_column(df) %>% 
    tidyr::pivot_longer(-rowname) %>% 
    tidyr::pivot_wider(names_from = "rowname", values_from = "value") %>% 
    tibble::column_to_rownames("name")
  ```
  
  此外还可以使用 `purrr::transpose`
  
  ```{r purrr-transpose}
  # 行名列名都丢失，transpose 去除了原有行名
  purrr::transpose(df) %>%
    purrr::map(unlist) %>% 
    dplyr::bind_cols()
  ```

## 可视化 {#visualization}

### 基础图形 {#base-plot}

- `par("pin")`, `par("usr")`

  `par("pin")`表示当前图形的尺寸用英寸表示(width * height)；`par("usr")`表示当前图形的坐标范围`c(xmin, xmax, ymin, ymax)`

- 颜色代码的可视化，以便观察颜色
  
  - `image(1, 1, as.matrix(1), col = "#E64B35")`
  - `scales::show_col("#E64B35")`

### ggplot

- 什么是**individal geom** 和 **collective geom**? 
  基于一行数据进行作图的`geom`称为**individal geom**，如`geom_point`每行数据映射到图形中的一个点；基于多行数据作图的`geom`称为**collective geom**, 如`geom_bar`对多行数据进行统计变换计算其频数，也就是说多行数据映射到图形中的一个**bar**.

- 如何正确使用 **ggplot** `aes(group)`

  见[这篇博客](https://www.choyang.me/zh/post/ggplot-aes-group-var/)

- 修改连续坐标轴的范围
  
  见[这篇博客](https://www.choyang.me/zh/post/ggplot-range-of-continuous-axis/)

- 坐标轴label移动到图形内部

  见[此](https://www.choyang.me/zh/post/moving-axis-label-left-justified-inside-plot-area/)

- 修改离散坐标的顺序
  见[这篇博文](https://www.choyang.me/zh/post/ggplot-reorder-discrete-axis/)

- 添加文本标注
  
  使用`Inf`或`-Inf`表征在边界添加文本

  ```{r text-annotation-position}
  # 例子源自https://r4ds.had.co.nz/graphics-for-communication.html
  library(ggplot2)
  label <- tibble::tibble(
    displ = Inf,
    hwy = Inf,
    label = "Increasing engine size is \nrelated to decreasing fuel economy."
  )

  ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
    geom_point() +
    geom_text(aes(label = label), data = label, vjust = "top", hjust = "right")
  ```

- 图形添加边框

  设置`theme(plot.background = element_rect())`
  
  ```{r round-rect}
  ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) +
    geom_point() +
    theme(plot.background = element_rect(color = "black"))
  ```

- 等高线图`geom_contour()`自定义levels
  
  手动指定参数`breaks`(帮助文档中找不到该参数说明)，参考[此](https://stackoverflow.com/questions/19658088/custom-levels-in-ggplot2-contour-plot).
  
- ggplot中文字体

  [见此](https://www.choyang.me/zh/post/ggplot-chinese-font/)
  
- ggplot分面添加tag (如A,B, C)，可参考[此问题](https://community.rstudio.com/t/how-to-automatically-add-text-annotations-or-tags-outside-of-faceted-plots/13700)

  ```{r facet-tag}
  p <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
    geom_point() +
    facet_wrap(vars(class))
  egg::tag_facet_outside(p)
  ```
## 字符 {#char}

### 正则表达式 {#rexpr}

- 正则表达式字符列表`[]`用法：`[]`中的字符匹配字符本身，如`[.]`匹配.,而不是任意字符，因此可以使用`[.]`代替`\\.`,一些在`[]`内有特殊意义的字符除外，如`-`表示范围，`^`不包含这些字符，`]`结束括号，`\`在字符串中表示转义。

- 正则表达式默认是进行贪婪匹配，即匹配最长字符串，在正则表达式后边加?表示最短匹配

  ```{r collapse=TRUE}
  # 匹配到两个a，然后删除
  sub("a+", "", "aac")
  
  # 匹配到一个a，然后删除
  sub("a+?", "", "aac")
  ```

- 表示重复次数的`*`(任意次)、`?`(0或1次)、`+`(一次以上)优先级较高

  ```{r collapse=TRUE}
  # b出现一次以上
  sub("ab+", "", "ababc")
  
  # ab出现一次以上
  sub("(ab)+", "", "ababc")
  ```

## 可重复性研究 {#reproducible-research}

### Rmarkdown - Knitr

- Rmarkdown 输出 pdf 支持中文
  
  使用[rticles](https://github.com/rstudio/rticles)包, 在 `yaml` 头文件中指定
  输出格式为`rticles::ctex`.  参考[这里](https://github.com/rstudio/rticles/blob/master/inst/rmarkdown/templates/ctex/skeleton/skeleton.Rmd)
  
  ```
  documentclass: ctexart
  output:
    rticles::ctex
  ```

- knitr多个代码块的输出折叠到一个pre块中

  `collapse = TRUE`
  
- 输出为github的markdown格式

  `github_document`产生github的markdown格式，比如`README.Rmd`生成`README.MD`

- knitr 数据较大时设置缓存

  `cache =TRUE`，对于较大数据可能会抛出错误；这时候设置`cache.lazy = FALSE`即可，答案在[这](https://stackoverflow.com/questions/39417003/long-vectors-not-supported-yet-error-in-rmd-but-not-in-r-script)和[这](https://github.com/yihui/knitr/issues/572)
  
- 代码块中的输出多个图形，怎么输出为一副图形？

  `figure.show`默认为`asis`图形位于产生图形代码后面，多个作图语句就会产生多幅图形，`figure.show='hold'`就代码块结尾显示所有图形，即一个代码块产生一个图形。

- Rmarkdown 中代码块内斜体(或其他 markdown 标记语法)

  把 一般的 markdown 标记放在代码外围，如``*`斜体代码`*``, 显示为*`斜体代码`*。
  如果是正常字体和斜体混合借助`<code>`元素: `<code>正常*斜体*</code>`，显示为
  <code>正常*斜体*</code>.

### bookdown

- 章节去除编号 章节后面添加 {-}
- 汉话：章节标题汉化，https://bookdown.org/yihui/bookdown/internationalization.html。配置文件`_bookdown.yml`

  ```
  language:
    ui:
  chapter_name: ["第", "章"]
  ```


  >The chapter_name field can be either a character string to be prepended to chapter numbers in chapter titles (e.g., 'CHAPTER '), or an R function that takes the chapter number as the input and returns a string as the new chapter number (e.g., `!expr function(i) paste('Chapter', i))`. If it is a character vector of length 2, the chapter title prefix will be `paste0(chapter_name[1], i, chapter_name[2])`, where `i` is the chapter number. 

- 出现错误`Error in split_chapters(output, gitbook_page, number_sections, split_by,  :Automatically generated filenames contain duplicated ones: -`
  
  表示由`split_by`自动生成章节标题出现重复标题而出现错误。中文标题会出现这种错误，章节标题手动添加`{$ID}`即可，参见[这](https://d.cosx.org/d/420172-bookdown-split-chapters)和[这](https://github.com/rstudio/bookdown/issues/520)
  
  如果问题还存在, 设置 `split_by`为`none`或`rmd`，参考[这里](https://github.com/rstudio/bookdown/issues/902).

##### github action 部署 bookdown 到 github page {-}

参考 https://github.com/r-lib/actions/blob/v2-branch/examples/bookdown.yaml.
使用[r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2](https://github.com/r-lib/actions/tree/v2-branch/setup-r-dependencies)根据 DESCRIPTION 安装依赖的包;如果要生成 PDF
文件安装 [TinyTex](https://github.com/r-lib/actions/tree/v2-branch/setup-tinytex).

```yaml
# Workflow derived from https://github.com/r-lib/actions/tree/master/examples
# Need help debugging build failures? Start at https://github.com/r-lib/actions#where-to-find-help
on:
  push:
    branches: [main, master]

name: bookdown

jobs:
  bookdown:
    runs-on: ubuntu-latest
    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
    steps:
      - uses: actions/checkout@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v1

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v1
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-renv@v1
      
      # 根据 DESCRIPTION 安装依赖的包
      # https://github.com/r-lib/actions/tree/v2-branch/setup-r-dependencies
      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2

      - name: Cache bookdown results
        uses: actions/cache@v2
        with:
          path: _bookdown_files
          key: bookdown-${{ hashFiles('**/*Rmd') }}
          restore-keys: bookdown-
      
      # 如果生成 pdf 安装TinyTex    
      - name: Install TinyTeX
        uses: r-lib/actions/setup-tinytex@v1
        env:
          # install full prebuilt version
          TINYTEX_INSTALLER: TinyTeX
      
      - name: Build site
        run: |
          Rscript -e 'bookdown::render_book("index.Rmd", quiet = TRUE)'
          Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::pdf_book')"

      - name: Deploy to GitHub pages 🚀
        uses: JamesIves/github-pages-deploy-action@4.1.4
        with:
          branch: gh-pages
          folder: _book
```



### tinytex

- pkgdown编译jss文档的时候出现，`! LaTeX Error: File `ae.sty'not found.` 说明缺少ae包，

  ```{r eval=FALSE}
  tlmgr_search('ae.sty')
  # 提示remote repository 版本太旧，2018 < 2019,这时候需要升级texlive
  tinytex::reinstall_tinytex()

  tlmgr_search('ae.sty')
  # ae:
  #	    texmf-dist/tex/latex/ae/ae.sty

  #安装即可
  tlmgr_install('ae')
  ```