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README.Rmd
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output: github_document
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<!-- README.md is generated from README.Rmd. Please edit that file -->
<!-- badges: start -->
[](https://github.com/InseeFrLab/fmtsas/actions/workflows/check-release.yaml)
[](https://codecov.io/gh/InseeFrLab/fmtsas)
[](https://cran.r-project.org/package=fmtsas)
[](https://www.tidyverse.org/lifecycle/#experimental)
<!-- badges: end -->
```{r, echo = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>"
)
```
<!--  -->
# fmtsas
Le package R **fmtsas** permet d'importer dans R des données servant à
construire des formats SAS.
Pour cela, il construit une liste de vecteurs, à partir de tables SAS ou de
programmes SAS. Cette liste pourra ensuite être utilisée pour effectuer des
conversions ou agrégations.
_Le package ne gère (pour l'instant) que des formats caractères comportant un
nombre défini de modalités._
## Installation
```r
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("InseeFrLab/fmtsas")
```
## Chargement
```{r}
library(fmtsas)
```
## Exemples d'import des données
### Depuis une table : `from_tab`
En entrée un data.frame qui proviendra typiquement d'une table SAS servant dans
une `proc format` avec l'option `CNTLIN=`.
```{r}
format_data <-
data.frame(
FMTNAME = c( "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_", "sexe", "sexe"),
TYPE = c( "C", "C", "C", "C", "C", "C"),
START = c( "A", "B", "C", NA, "1", "2"),
LABEL = c( "A", "BC", "BC", "ERROR", "Homme", "Femme"),
HLO = c( NA, NA, NA, "O", NA, NA)
)
conv_t <- from_tab(format_data)
conv_t
```
### Depuis un programme : `from_pgm`
En entrée un programme SAS contenant une ou plusieurs `proc format` avec
`value(s)`.
```{r}
test_pgm <-
'PROC FORMAT;
VALUE $ sexe "1"="Homme" "2"="Femme" ;
value vnum
0-99 = "petit" 100-high = "grand" ;
value $rega /* (geographie) */
"01", "02", "03", "04", "06" = "Outre-mer"
"11", "24", "27", "28", "32",
"44", "52", "53", "75", "76",
"84", "93", "94" = "Métropole"
other = "ERREUR" ;
RUN;'
conv_p <- from_pgm(test_pgm)
conv_p
```
## Utilisation après import
### Format de l'objet
Les fonctions `from_tab` et `from_pgm` retournent toutes deux une liste de
vecteurs :
- les noms de la liste correspondent aux noms des formats SAS ;
- les éléments de la liste sont des vecteurs contenant les relations entre
valeurs initiales et valeurs converties ;
- chaque élément a un éventuel attribut `"other"` ;
- chaque élément est un objet de type `fmtsas_c`, ce qui permet notamment
d'utiliser `[]`
avec prise en compte des valeurs par défaut (`other`). Cf. infra pour plus de
détails sur cet opérateur.
### Exemple d'utilisation
Par exemple, si l'on a un jeu de données avec des codes pour lesquels on
souhaite avoir une correspondance en clair et/ou une agrégation.
```{r}
donnees <-
data.frame(
ID = c("001", "002", "003", "004", "005"),
SEXE = c( "1", "2", "1", "2", "#"),
REG = c( "04", "11", "##", NA, "24")
)
```
On utilise les listes générées par les fonctions `from_*` et l’opérateur `[]`
pour objet “fmtsas” :
```{r}
donnees$SEXE_LIB <- conv_t$sexe[donnees$SEXE]
donnees$REG2 <- conv_p$rega[donnees$REG]
donnees
```
> Utiliser `[]` sur un élément d'une liste créée par `from_tab` ou `from_pgm`
fonctionne comme une sélection sur des vecteurs _normaux_, à la différence que
d'éventuels `NA` seront remplacés par :
>
> - la valeur contenue dans l'attribut "other", si cet attribut est présent ;
> - la valeur initiale, s'il n'y a pas d'attribut "other".
>
> Ces modifications ont pour but de reproduire le comportement d'un format SAS.
>
> Pour que cet opérateur dédié soit utilisé, il faut que **le package soit
chargé**. Dans le cas contraire, l'opérateur `[]` de base sera utilisé.
### Conversion de code SAS
Le package offre également la possibilité de rechercher dans un programme SAS
les instructions qui créent des variables à partir de formats (de la forme
`NEW = put(OLD, $var.);`), pour générer le code R correspondant :
```{r convert_put}
pgm_sas <-
"data t2 ; set t1 ;
SEXE_LIB = put(SEXE, $sexe.) ;
REG2 = put(REG, $rega.) ;
run ;"
convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "dplyr")
convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "base")
```
Il ne reste plus qu'à copier ces instructions dans un programme R (après
quelques éventuels ajustements).