fmtsas

Le package R fmtsas permet d’importer dans R des données servant à construire des formats SAS.

Pour cela, il construit une liste de vecteurs, à partir de tables SAS ou de programmes SAS. Cette liste pourra ensuite être utilisée pour effectuer des conversions ou agrégations.

Le package ne gère (pour l’instant) que des formats caractères comportant un nombre défini de modalités.

Installation

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("InseeFrLab/fmtsas")

Chargement

library(fmtsas)

Exemples d’import des données

Depuis une table : from_tab

En entrée un data.frame qui proviendra typiquement d’une table SAS servant dans une proc format avec l’option CNTLIN=.

format_data <- 
  data.frame(
    FMTNAME = c( "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_", "fmt1_",  "sexe",  "sexe"),
    TYPE    = c(     "C",     "C",     "C",     "C",     "C",     "C"),
    START   = c(     "A",     "B",     "C",      NA,     "1",     "2"),
    LABEL   = c(     "A",    "BC",    "BC", "ERROR", "Homme", "Femme"),
    HLO     = c(      NA,      NA,      NA,     "O",      NA,      NA)
  )

conv_t <- from_tab(format_data)

conv_t
#> $fmt1_
#> # a character `fmtsas` object
#>    A    B    C 
#>  "A" "BC" "BC" 
#> [other] "ERROR"
#> $sexe
#> # a character `fmtsas` object
#>       1       2 
#> "Homme" "Femme"

Depuis un programme : from_pgm

En entrée un programme SAS contenant une ou plusieurs proc format avec value(s).

test_pgm <-
  'PROC FORMAT;
     VALUE $ sexe "1"="Homme" "2"="Femme" ;
     value vnum
       0-99 = "petit" 100-high = "grand" ; 
     value $rega /* (geographie) */
       "01", "02", "03", "04", "06" = "Outre-mer"
       "11", "24", "27", "28", "32",
       "44", "52", "53", "75", "76",
       "84", "93", "94"             = "Métropole"
       other                        = "ERREUR" ;
   RUN;'

conv_p <- from_pgm(test_pgm)
#> Warning in from_pgm(test_pgm): 
#> Format(s) numerique(s) ignore(s) :
#>   vnum

conv_p
#> $sexe
#> # a character `fmtsas` object
#>       1       2 
#> "Homme" "Femme" 
#> 
#> $rega
#> # a character `fmtsas` object
#>          01          02          03          04          06          11 
#> "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Outre-mer" "Métropole" 
#>          24          27          28          32          44          52 
#> "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" 
#>          53          75          76          84          93          94 
#> "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" "Métropole" 
#> [other] "ERREUR"

Utilisation après import

Format de l’objet

Les fonctions from_tab et from_pgm retournent toutes deux une liste de vecteurs :

• les noms de la liste correspondent aux noms des formats SAS ;
• les éléments de la liste sont des vecteurs contenant les relations entre valeurs initiales et valeurs converties ;
• chaque élément a un éventuel attribut "other" ;
• chaque élément est un objet de type fmtsas_c, ce qui permet notamment d’utiliser [] avec prise en compte des valeurs par défaut (other). Cf. infra pour plus de détails sur cet opérateur.

Exemple d’utilisation

Par exemple, si l’on a un jeu de données avec des codes pour lesquels on souhaite avoir une correspondance en clair et/ou une agrégation.

donnees <-
  data.frame(
    ID   = c("001", "002", "003", "004", "005"),
    SEXE = c(  "1",   "2",   "1",   "2",   "#"),
    REG  = c( "04",  "11",  "##",    NA,  "24")
  )

On utilise les listes générées par les fonctions from_* et l’opérateur [] pour objet “fmtsas” :

donnees$SEXE_LIB <- conv_t$sexe[donnees$SEXE]
donnees$REG2 <- conv_p$rega[donnees$REG]

donnees
#>    ID SEXE  REG SEXE_LIB      REG2
#> 1 001    1   04    Homme Outre-mer
#> 2 002    2   11    Femme Métropole
#> 3 003    1   ##    Homme    ERREUR
#> 4 004    2 <NA>    Femme    ERREUR
#> 5 005    #   24        # Métropole

Utiliser [] sur un élément d’une liste créée par from_tab ou from_pgm fonctionne comme une sélection sur des vecteurs normaux, à la différence que d’éventuels NA seront remplacés par :

• la valeur contenue dans l’attribut “other”, si cet attribut est présent ;
• la valeur initiale, s’il n’y a pas d’attribut “other”.

Ces modifications ont pour but de reproduire le comportement d’un format SAS.

Pour que cet opérateur dédié soit utilisé, il faut que le package soit chargé. Dans le cas contraire, l’opérateur [] de base sera utilisé.

Conversion de code SAS

Le package offre également la possibilité de rechercher dans un programme SAS les instructions qui créent des variables à partir de formats (de la forme NEW = put(OLD, $var.);), pour générer le code R correspondant :

pgm_sas <-
  "data t2 ; set t1 ;
     SEXE_LIB = put(SEXE, $sexe.) ;
     REG2 = put(REG, $rega.) ;
   run ;"

convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "dplyr")
#> mutate(
#>   SEXE_LIB = conv_p$sexe[SEXE],
#>   REG2 = conv_p$rega[REG]
#> )
convert_put(pgm_sas, fmt_list = "conv_p", style = "base")
#> <donnees>$SEXE_LIB <- conv_p$sexe[<donnees>$SEXE]
#> <donnees>$REG2 <- conv_p$rega[<donnees>$REG]

Il ne reste plus qu’à copier ces instructions dans un programme R (après quelques éventuels ajustements).