Reproduction de la méthode OCRT pour le projet de 4ᵉ année de baccalauréat : GBM8970 - Projet intégrateur de génie biomédical. Polytechnique Montréal.
- Papier original : https://www.nature.com/articles/s41566-019-0508-1
- Nature Supplementary Materials : PDF
- Code original : https://github.com/kevinczhou/optical-coherence-refraction-tomography
Les images sont trop volumineuses pour être directement téléchargées sur Github (limite > 100 Mo)
- Si ce n'est pas deja fait installez miniconda ou conda sur votre ordinateur
- Ouvrir Anaconda Prompt et cloner le dépôt GitHub dans le dossier de votre choix :
git clone https://github.com/PaulBautin/optical-coherence-refraction-tomography.git ocrt
cd ocrt- Les utilisateurs Windows, auront probablement besoin d'installer git avant de cloner le dépôt avec la commande :
conda install -c anaconda git
- Exécutez la commande suivante pour installer les packages nécessaires :
pip install -e . # Ne faire cette étape qu'une seule fois (peut prendre quelques minutes)- Assurez-vous d'etre dans le dossier
ocrtlorsque vous exécutez la commande ci-dessus.
**Pour être sûr que vous avez toujours la dernière version des fichiers, assurez-vous de toujours lancer la commande (git pull) avant chaque utilisation.
Le code a été exécuté avec python 3.8. Voici les informations importantes pour faire tourner le script principal image_correction.py
usage: image_correction [-h] -i I [-fig] [-o O] [-l]
Algorithme de correction des distorsions liées aux changements d'indices de réfractions.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
MANDATORY ARGUMENTS:
-i I Path to folder that contains input images. Example: "octr_data"
OPTIONAL ARGUMENTS:
-fig Generate figures
-o O Path where figures will be saved. By default, they will be saved in the current directory.
-l manually find borders of capillary- Mandats : GBM8970_P5_OCTTomo
- Document de spécifications : GBM8970-P5OCT.SpecFonc
- Document de design : GBM8970-P5OCT.Design
