Merge remote-tracking branch 'origin/develop'

.env.sample

@@ -34,13 +34,6 @@ USERSHUB_HOST="${HOST}"
 USERSHUB_HOSTPORT="${HOSTPORT}"
 USERSHUB_PREFIX="/usershub"
 
-TAXHUB_IMAGE="ghcr.io/pnx-si/taxhub:latest"
-TAXHUB_PROTOCOL="${BASE_PROTOCOL}"
-TAXHUB_HOST="${HOST}"
-TAXHUB_HOSTPORT="${HOSTPORT}"
-TAXHUB_PREFIX="/taxhub"
-TAXHUB_API_PREFIX="${TAXHUB_PREFIX}/api"
-
 GEONATURE_BACKEND_EXTRA_IMAGE="ghcr.io/pnx-si/geonature-backend-extra:latest"
 GEONATURE_BACKEND_PROTOCOL="${BASE_PROTOCOL}"
 GEONATURE_BACKEND_HOST="${HOST}"

.github/workflows/docker.yml

@@ -51,7 +51,7 @@ jobs:
           push: ${{ github.event_name != 'pull_request' }}
           tags: ${{ steps.meta.outputs.tags }}
           labels: ${{ steps.meta.outputs.labels }}
-          build-args: GEONATURE_BACKEND_IMAGE=ghcr.io/pnx-si/geonature-backend:2.14.2
+          build-args: GEONATURE_BACKEND_IMAGE=ghcr.io/pnx-si/geonature-backend:2.15.0
 
   frontend:
     name: Build geonature frontend docker image
@@ -92,4 +92,4 @@ jobs:
           push: ${{ github.event_name != 'pull_request' }}
           tags: ${{ steps.meta.outputs.tags }}
           labels: ${{ steps.meta.outputs.labels }}
-          build-args: GEONATURE_FRONTEND_IMAGE=ghcr.io/pnx-si/geonature-frontend:2.14.2
+          build-args: GEONATURE_FRONTEND_IMAGE=ghcr.io/pnx-si/geonature-frontend:2.15.0

.gitmodules

@@ -1,24 +1,16 @@
 [submodule "GeoNature"]
 	path = sources/GeoNature
-	url = https://github.com/PnX-SI/GeoNature.git
-	branch = feat/docker-action
-[submodule "TaxHub"]
-	path = sources/TaxHub
-	url = https://github.com/PnX-SI/TaxHub.git
-	branch = develop
+	url = ../GeoNature.git
 [submodule "UsersHub"]
 	path = sources/UsersHub
-	url = https://github.com/PnX-SI/UsersHub.git
+	url = ../UsersHub.git
 	branch = develop
 [submodule "gn_module_export"]
 	path = sources/gn_module_export
-	url = https://github.com/PnX-SI/gn_module_export.git
-[submodule "gn_module_import"]
-	path = sources/gn_module_import
-	url = https://github.com/PnX-SI/gn_module_import.git
+	url = ../gn_module_export.git
 [submodule "gn_module_dashboard"]
 	path = sources/gn_module_dashboard
-	url = https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard.git
+	url = ../gn_module_dashboard.git
 [submodule "gn_module_monitoring"]
 	path = sources/gn_module_monitoring
-	url = https://github.com/PnX-SI/gn_module_monitoring
+	url = ../gn_module_monitoring

README.md

@@ -1,9 +1,7 @@
 # GeoNature Docker Services
 
-Ce dépôt permet de déployer automatiquement et facilement GeoNature, UsersHub et TaxHub dans un environnement dockerisé et accessible en HTTPS.  
-De plus, celui-ci fournit une image Docker de GeoNature contenant, outre les modules du cœur (Occtax, Occhab, Validation), les modules suivants :
+Ce dépôt permet de déployer automatiquement et facilement GeoNature, UsersHub dans un environnement dockerisé et accessible en HTTPS. De plus, celui-ci fournit une image Docker de GeoNature contenant, outre les modules du cœur (Occtax, Occhab, Validation, Import), les modules suivants :
 
-- [Import](https://github.com/PnX-SI/gn_module_import)
 - [Export](https://github.com/PnX-SI/gn_module_exports)
 - [Dashboard](https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard)
 - [Monitorings](https://github.com/PnX-SI/gn_module_monitorings)
@@ -19,19 +17,16 @@ De plus, celui-ci fournit une image Docker de GeoNature contenant, outre les mod
 - Lancer la commande `./init-config.sh` afin de créer les fichiers de configuration suivants, avec des clés secrètes générées aléatoirement :
   - `config/geonature/geonature_config.toml`
   - `config/usershub/config.py`
-  - `config/taxhub/config.py`
 - Lancer les conteneurs : `docker compose up -d`
 
 Les logs de tous les services sont accessibles avec la commande `docker compose logs -f`.
 Pour n'afficher que les 100 dernières lignes, on utilise l'option `--tail 100` et donc la commande `docker compose logs -f --tail 100`.
 Pour n'afficher les logs que d'un service en particulier, on utilise la commande `docker compose logs -f <nom du service>`.
 
-
 ## Les services
 
 - `postgres` : la base de données
 - `usershub` : la gestion des utilisateurs
-- `taxhub` : la gestion du référentiel taxonomique
 - `geonature-backend` : l’API de GeoNature
 - `geonature-frontend` : l’interface web de GeoNature
 - `geonature-worker` : exécution de certaines tâches de GeoNature en arrière-plan (import, export, mail, etc...)
@@ -45,7 +40,6 @@ geonature-frontend   80/tcp
 geonature-worker     8000/tcp
 postgres             0.0.0.0:5435->5432/tcp, :::5435->5432/tcp
 redis                6379/tcp
-taxhub               5000/tcp
 traefik              0.0.0.0:80->80/tcp, 0.0.0.0:443->443/tcp, [::]:80->80/tcp, [::]:443->443/tcp
 usershub             5001/tcp
 ```
@@ -58,36 +52,37 @@ Voir la documentation des différentes applications pour renseigner les fichiers
 
 - GeoNature : `./config/geonature/geonature_config.toml` ([fichier d’exemple](https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/master/config/geonature_config.toml.sample))
 - UsersHub : `./config/usershub/config.py` ([fichier d’exemple](https://github.com/PnX-SI/UsersHub/tree/master/config/config.py.sample))
-- TaxHub : `./config/taxhub/config.py` ([fichier d’exemple](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/apptax/config.py.sample))
 
 Ces fichiers doivent contenir _a minima_ le paramètre `SECRET_KEY`.  
 Vous pouvez générer automatiquement des fichiers vierges contenant des clés secrètes aléatoires avec le script `./init-config.sh`.
 
-Si vous modifiez les fichiers de configuration de GeoNature, d'un de ses modules, de TaxHub ou de UsersHub, vous devez relancer les conteneurs Docker avec la commande `docker compose restart` (ou idéalement seulement le conteneur concerné, par exemple `docker compose restart usershub`).
+Si vous modifiez les fichiers de configuration de GeoNature, d'un de ses modules, de UsersHub, vous devez relancer les conteneurs Docker avec la commande `docker compose restart` (ou idéalement seulement le conteneur concerné, par exemple `docker compose restart usershub`).
 
 À noter que certaines variables seront fournies en tant que variables d'environnement (voir les fichiers [`.env`](./.env.sample) et [`docker-compose.yml`](./docker-compose.yml)), comme par exemple :
 
 - `URL_APPLICATION`
 - `SQLALCHEMY_DATABASE_URI`
 - ...
 
+Vous pouvez personnaliser la [politique de redémarrage automatique des services](https://github.com/compose-spec/compose-spec/blob/master/spec.md#restart) en paramétrant la variable `RESTART_POLICY` du fichier `.env` (valeur par défaut: `unless-stopped`)
+
 ### Dossiers de configuration et de customisation
 
-- Les fichiers de configuration de GeoNature et de ses modules, de TaxHub et de UsersHub sont donc dans le dossier `GeoNature-Docker-services/config/`
+- Les fichiers de configuration de GeoNature, de ses modules et de UsersHub sont donc dans le dossier `GeoNature-Docker-services/config/`
 - Les fichiers de customisation de GeoNature sont stockés dans le dossier `GeoNature-Docker-services/data/geonature/custom/`
 - Les fichiers des médias de GeoNature (photos, application mobile...) sont stockés dans le dossier `GeoNature-Docker-services/data/geonature/media/`
 
 ### Configuration par variable d’environnement
 
-Les applications peuvent être configurées par des variables d’environnement préfixées respectivement par `GEONATURE_`, `TAXHUB_` et `USERSHUB_` (voir [from_prefix_env](https://flask.palletsprojects.com/en/2.2.x/api/#flask.Config.from_prefixed_env)).  
+Les applications peuvent être configurées par des variables d’environnement préfixées respectivement par `GEONATURE_` et `USERSHUB_` (voir [from_prefix_env](https://flask.palletsprojects.com/en/2.2.x/api/#flask.Config.from_prefixed_env)).  
 Ces variables d’environnement doivent être renseignées directement dans le fichier `docker-compose.yml`, bien que certaines variables sont définies à partir d’une variable du même nom en provenance du fichier `.env`.
 
 ## Mettre à jour GeoNature et ses modules
 
 - Vérifiez si la [dernière version disponible](https://github.com/PnX-SI/GeoNature-Docker-services/releases) correspond aux versions des applications que vous souhaitez mettre à jour
 - Placez vous dans le dossier `GeoNature-Docker-services` de votre serveur
 - Mettez à jour le contenu du dossier dans sa dernière version : `git pull`
-- Lancez la commande qui va télécharger les dernières versions des différentes applications et les relancer : `docker compose pull && docker compose up -d`
+- Lancez la commande qui va télécharger les dernières versions des différentes applications et les relancer : `docker compose pull && docker compose up -d --remove-orphans`
 
 ## FAQ
 
@@ -116,8 +111,3 @@ Ces images sont le pendant de [celles publiées sur le dépôt de GeoNature](htt
 
 - [Dépôt](https://github.com/PnX-SI/UsersHub)
 - [`Dockerfile`](https://github.com/PnX-SI/UsersHub/blob/master/Dockerfile)
-
-### TaxHub
-
-- [Dépôt](https://github.com/PnX-SI/Taxhub)
-- [`Dockerfile`](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/Dockerfile)

assets/postgres/initdb/add-extensions.sql

@@ -2,6 +2,8 @@ CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "hstore";
 CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "uuid-ossp";
 CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "pg_trgm";
 CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";
+CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "ltree";
+
 
 
 CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "postgis";

build/Dockerfile-geonature-backend

@@ -7,11 +7,6 @@ RUN --mount=type=cache,target=/root/.cache \
     pip install --upgrade pip setuptools wheel
 
 
-FROM build AS build-import
-WORKDIR /build/
-COPY ./sources/gn_module_import .
-RUN python setup.py bdist_wheel
-
 FROM build AS build-export
 WORKDIR /build/
 COPY ./sources/gn_module_export .
@@ -33,7 +28,6 @@ WORKDIR /dist/geonature
 RUN --mount=type=cache,target=/var/cache/apt \
     --mount=type=cache,target=/var/lib/apt \
     apt-get update && apt-get install -y libproj-dev proj-bin
-COPY --from=build-import /build/dist/*.whl .
 COPY --from=build-export /build/dist/*.whl .
 COPY --from=build-dashboard /build/dist/*.whl .
 COPY --from=build-monitoring /build/dist/*.whl .

build/Dockerfile-geonature-frontend

@@ -3,11 +3,6 @@
 ARG GEONATURE_FRONTEND_IMAGE
 FROM ${GEONATURE_FRONTEND_IMAGE}-source AS source-extra
 
-WORKDIR /build/external_modules/import
-COPY ./sources/gn_module_import/frontend/ .
-RUN --mount=type=cache,target=/root/.npm \
-    npm ci --omit=dev --omit=peer
-
 WORKDIR /build/external_modules/exports
 COPY ./sources/gn_module_export/frontend/ .
 RUN --mount=type=cache,target=/root/.npm \

build/build.sh

@@ -29,8 +29,6 @@ docker build \
     -f ./build/Dockerfile-geonature-frontend \
     -t ${GEONATURE_FRONTEND_EXTRA_IMAGE} .
 
-# TaxHub
-docker build -f sources/TaxHub/Dockerfile -t ${TAXHUB_IMAGE} --target=prod sources/TaxHub/
 
 # UsersHub
 docker build -f sources/UsersHub/Dockerfile -t ${USERSHUB_IMAGE} --target=prod sources/UsersHub/

docker-compose.yml

@@ -1,5 +1,8 @@
 version: "3.9"
 
+x-restart-policy: &restart-policy
+  restart: ${RESTART_POLICY:-unless-stopped}
+
 x-defaults: &defaults
   user: ${UID}:${GID}
 
@@ -18,7 +21,6 @@ x-geonature-backend-env: &geonature-backend-env
   GEONATURE_SQLALCHEMY_DATABASE_URI: postgresql://${POSTGRES_USER}:${POSTGRES_PASSWORD}@${POSTGRES_HOST}:${POSTGRES_PORT:-5432}/${POSTGRES_DB}
   GEONATURE_URL_APPLICATION: ${GEONATURE_FRONTEND_PROTOCOL}://${GEONATURE_FRONTEND_HOSTPORT}${GEONATURE_FRONTEND_PREFIX}
   GEONATURE_API_ENDPOINT: ${GEONATURE_BACKEND_PROTOCOL}://${GEONATURE_BACKEND_HOSTPORT}${GEONATURE_BACKEND_PREFIX}
-  GEONATURE_API_TAXHUB: ${TAXHUB_PROTOCOL}://${TAXHUB_HOSTPORT}${TAXHUB_API_PREFIX}
   GEONATURE_CONFIG_FILE: ${GEONATURE_CONFIG_FILE:-/dist/config/geonature_config.toml}
   GEONATURE_CELERY__broker_url: ${GEONATURE_CELERY__broker_url:-redis://redis}
   GEONATURE_CELERY__result_backend: ${GEONATURE_CELERY__result_backend:-redis://redis}
@@ -37,6 +39,7 @@ x-geonature-backend-defaults: &geonature-backend-defaults
 
 services:
   traefik:
+    <<: *restart-policy
     image: traefik:2.10.4
     command:
       - "--providers.docker=true"
@@ -57,6 +60,7 @@ services:
       - ${HTTPS_PORT:-443}:443
 
   redis:
+    <<: *restart-policy
     image: ${REDIS_IMAGE:-redis:7-alpine}
     volumes:
       - redis:/data
@@ -67,6 +71,7 @@ services:
       retries: 5
 
   postgres:
+    <<: *restart-policy
     image: ${POSTGRES_IMAGE:-postgis/postgis:15-3.4}
     environment:
       POSTGRES_DB: ${POSTGRES_DB}
@@ -78,13 +83,23 @@ services:
       - postgres:/var/lib/postgresql/data
     healthcheck:
       # during db init, postgres is not listening on localhost so this avoid false healthy status
-      test: ["CMD", "pg_isready", "-d", "${POSTGRES_DB}", "-U", "${POSTGRES_USER}", "-h", "localhost"]
+      test:
+        [
+          "CMD",
+          "pg_isready",
+          "-d",
+          "${POSTGRES_DB}",
+          "-U",
+          "${POSTGRES_USER}",
+          "-h",
+          "localhost",
+        ]
       interval: 10s
       timeout: 5s
       retries: 5
 
   usershub:
-    <<: *defaults
+    <<: [*restart-policy, *defaults]
     image: ${USERSHUB_IMAGE}
     depends_on:
       postgres:
@@ -108,32 +123,6 @@ services:
       - "traefik.http.routers.usershub.entrypoints=websecure"
       - "traefik.http.routers.usershub.tls.certResolver=acme-resolver"
 
-  taxhub:
-    <<: *defaults
-    image: ${TAXHUB_IMAGE}
-    depends_on:
-      postgres:
-        condition: service_healthy
-      geonature-install-db:
-        condition: service_completed_successfully
-    volumes:
-      - ./config/taxhub:/dist/config
-      - ./data/taxhub/medias:${TAXHUB_STATIC_FOLDER:-/dist/static}/medias
-    environment:
-      <<: *env-defaults
-      TAXHUB_APPLICATION_ROOT: "${TAXHUB_PREFIX}"
-      TAXHUB_SQLALCHEMY_DATABASE_URI: postgresql://${POSTGRES_USER}:${POSTGRES_PASSWORD}@${POSTGRES_HOST}:${POSTGRES_PORT:-5432}/${POSTGRES_DB}
-      TAXHUB_SETTINGS: ${TAXHUB_SETTINGS:-/dist/config/config.py}
-      TAXHUB_UPLOAD_FOLDER: "medias"
-      TAXHUB_SQLALCHEMY_TRACK_MODIFICATIONS: False
-      TAXHUB_COOKIE_EXPIRATION: 3600
-      TAXHUB_PASS_METHOD: "hash"
-    labels:
-      - "traefik.enable=true"
-      - "traefik.http.routers.taxhub.rule=Host(`${TAXHUB_HOST}`) && PathPrefix(`${TAXHUB_PREFIX}`)"
-      - "traefik.http.routers.taxhub.entrypoints=websecure"
-      - "traefik.http.routers.taxhub.tls.certResolver=acme-resolver"
-
   geonature-install-db:
     <<: *geonature-backend-defaults
     command: "geonature permissions supergrant --yes ${GEONATURE_SUPERGRANT_ARGS:---help}"
@@ -147,11 +136,9 @@ services:
       install_ref_sensitivity: ${GEONATURE_DB_INSTALL_REF_SENSITIVITY:-true}
       usershub: ${GEONATURE_DB_INSTALL_USERSHUB:-true}
       usershub_samples: ${GEONATURE_DB_INSTALL_USERSHUB_SAMPLES:-true}
-      taxhub: ${GEONATURE_DB_INSTALL_TAXHUB:-true}
-      taxhub_samples: ${GEONATURE_DB_INSTALL_TAXHUB_SAMPLES:-true}
 
   geonature-worker:
-    <<: *geonature-backend-defaults
+    <<: [*restart-policy, *geonature-backend-defaults]
     depends_on:
       <<: *geonature-depends-on-defaults
       geonature-install-db:
@@ -160,7 +147,7 @@ services:
     command: celery -A geonature.celery_app:app worker --beat --schedule-filename=/dist/media/celerybeat-schedule.db
 
   geonature-backend:
-    <<: *geonature-backend-defaults
+    <<: [*restart-policy, *geonature-backend-defaults]
     depends_on:
       <<: *geonature-depends-on-defaults
       geonature-install-db:
@@ -183,6 +170,7 @@ services:
       - "traefik.http.routers.geonature-backend.tls.certResolver=acme-resolver"
 
   geonature-frontend:
+    <<: *restart-policy
     image: ${GEONATURE_FRONTEND_EXTRA_IMAGE}
     environment:
       - NGINX_LOCATION=${GEONATURE_FRONTEND_PREFIX}

docs/changelog.md

@@ -1,8 +1,29 @@
 # CHANGELOG
 
+## 2.15.0
+
+**🏷️ Versions**
+
+- GeoNature 2.15.0
+- TaxHub 2.1.0
+- UsersHub 2.4.4
+- GeoNature-dashboard 1.5.0
+- GeoNature-export 1.7.2
+- GeoNature-monitoring 1.0.0
+
+**🚀 Nouveautés**
+
+- TaxHub est désormais intégré à GeoNature.
+
+**⚠️ Notes de version**
+
+- Avant d'effectuer la mise à jour de GeoNature, installer l'extension `ltree` dans le container `postgres` :
+  `docker compose exec postgres psql -U [user_postgres] -d [nom_db_geonature] -f /docker-entrypoint-initdb.d/add-extensions.sql`
+- La suppression du container TaxHub implique une modification du docker-compose, n'oubliez pas de récupérer les modifications de ce dernier ([Voir documentation](https://github.com/PnX-SI/GeoNature-Docker-services?tab=readme-ov-file#mettre-%C3%A0-jour-geonature-et-ses-modules))
+
 ## 2.14.2 (2024-06-03)
 
-- Geonature 2.14.2
+- GeoNature 2.14.2
 - TaxHub 1.14.1
 - UsersHub 2.4.3
 - GeoNature-dashboard 1.5.0
@@ -71,9 +92,7 @@
 - Comme indiqué dans la procédure classique de mise à jour, vous devez télécharger la nouvelle version du dépôt (notamment pour mettre à jour le fichier `docker-compose.yml` qui a évolué dans cette version)
 - Si vous l'aviez modifié localement, reportez les évolutions du fichier `docker-compose.yml` (#20), en y ajoutant les paramètres de TaxHub
 
-  2.13.2 (2023-09-28)
-
----
+## 2.13.2 (2023-09-28)
 
 **🏷️ Versions**
 
@@ -93,9 +112,7 @@
 
 - Correction du chargement de la customisation (au niveau de GeoNature)
 
-  0.2.0 (2023-09-19)
-
----
+## 0.2.0 (2023-09-19)
 
 **🏷️ Versions**
 
@@ -136,9 +153,7 @@ Les modifications suivantes ont été apportées au fichier `docker-compose.yml`
       command: celery -A geonature.celery_app:app worker --beat --schedule-filename=/dist/media/celerybeat-schedule.db
   ```
 
-  0.1.0 (2023-09-15)
-
----
+## 0.1.0 (2023-09-15)
 
 Première version fonctionnelle de GeoNature-Docker-services, permettant de déployer, avec un seul fichier `docker-compose`, GeoNature et ses 4 modules externes principaux, TaxHub, UsersHub et traefik (comme reverse proxy et pour gérer les certificats SSL, générés automatiquement pour que les applications soient accessibles en HTTPS lors de leur installation).