Description

Coder un script Python capable de générer une représentation d'images fluorescentes de microscope en 3D (translight sheet imaging) à partir des amas de fibres de matière blanche générés avec nos outils, dans le but de fournir cet extrant aux algorithmes du LINUM.

Basé sur le projet TRAIT2D de Joël. Ceci est donc à faire nous-mêmes.
Il n'existe probablement pas d'outil déjà existant, selon Joël Lefebvre et Maxime Descoteaux.

Voir la discussion PSF pour le générateur

Buts

Produire une représentation d'images fluorescentes de microscope en 3D (confocal) à partir des fichiers .fib générés par le projet.

Étapes

1. Mesurer ou générer la PSF (point spread function). Celle-ci permet de simuler l'imagerie du microscope confocal (3D) à partir fichiers .fib générés par le projet. On peut soit la mesurer en laboratoire à partir du microscope confocal ou la générer à partir de modèles physiques. L'outil PSF generator permet d'en générer.
2. Supporter en entrée de programme la PSF.
3. Copier-coller la classe movie_simulator de TRAIT2D dans le projet. La classe Python movie_simulator génère des données de microscopie 2D.
4. Modifier la classe movie_simulator de TRAIT2D pour qu'elle génère des données de microscopie 3D.
5. Fournir la PSF à la classe movie_simulator.
6. Produire en tant qu'extrant du programme les données de microscopie 3D.
7. Visionner l'image 3D générée avec Fiji.

Paramètres de génération

• PSF

Références

• Discussion PSF pour le générateur
• TRAIT2D
• movie_simulator
• PSF generator
• Fiji
• Discussion PSF pour le générateur
• Stage : Orientation 3D et LSI; Gaël De Oliveira-Sicard